BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213K14
Chromosome9 (Build37)
Map Location 81,376,344 - 81,554,296
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039038, Htr1b
Upstream geneEG666534
Downstream geneLOC671392, 4930486G11Rik, LOC100039085
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213K14.bB6Ng01-213K14.g
ACCGA031120GA031121
length6561,087
definitionB6Ng01-213K14.b B6Ng01-213K14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,376,344 - 81,376,999)(81,553,237 - 81,554,296)
sequence
gaattctatagtacacgggtatatattaaaacatataatacttggtctaa
ttatgagcctttctaattcaccatgtgatgctgatgctgcagtcagtata
aaatattttcagaacaggtgagatgcacatacatcaaatactaaggatgt
ccagaacaactgtcatgaggtcagctaagaaacacttcaaggcagggtaa
agtctcccagttaagagcttcatttctctgcctcagtctcacagctgtac
atctttatcaacatttggattatgaataattctttgtttgaaataagaat
caaagaactctctaagataggtactggaggagttgccttccatactctta
tcaaacataaaatgcagcttatgtgttagctgagtattatgaccagatgc
aaacctaaaccaagtatttaactcaaaaaatttctgcaaccctataggtg
gaacaacattctgaactaaccagtaccccggagctcttgattctagctgc
atatgtatcaaaagatggcctagttggccatcactggaaagagaggccca
ttggacacgcaaactttatatgccccagtacaggggaatgccagggccaa
aaaaaaaaaaaaaaaaatgggaatggaatggtggacagggaagtgggggg
gggagg

gaattcagaaattgacaattttttaaagcacttttgatttgtctgacctg
gttaaacaaactatactcagttggttagtccagactacacatcctgaagt
agacactgctcatctctaaggccctcatgcctgactgctcagaaactatt
tgtaaagtgaggaaaaatgtgtgaacagagactttctaagcaaatgctgt
gaaatcagtcagttttgtgactactgtttgtaaaggaagaactaatacat
ttataactaaagtataattgtatttgatacgccaagggtgaagagtatga
cttaaatactttaagaattggttttggctgaaaatttgaaatctggaaat
aatagtgaccctaaaaatattgatgaaatctagagttaaattcaagtttg
agagagatgtttctcaggattagctggagtctaggcacttctgcctttgt
gacgtaacatcctagtgtgagttttcatttttcaggttcctcacagtttg
caggcttaggagaggctcacctatctacctaaattacaaaaattacaaaa
cagggttcctcaaagctctaaccgggaaccacttcatacacattattaaa
tttcttacaaaaagatctctccagtttctttaccagggcacttagtgcta
tgaactttcttcttagcattgctttcattgtgtcccataagtttgggtat
gatgtgtcaatatttttattaaattgcaggaagtctttaatttctttctt
tatttcttccctgaccatgttgtcactgagtagagaactgttcagttttc
atgtgtatgtggactttctgtagtttttgctgttattgaagaccagcctt
aggccatggtaatctgataggatgcatgggtattatttcaatcttcttgt
atctgttgagggttgttttgtgactaattatttggtcgattttggagaag
gtaccatgagaaacaggttatatccctttgttttaggtgaaatgtctgta
gataatatgttaaaacatttgcttcataacctccctttaatttcacctgt
gtctcttgttaagtttctgtttcaatactgtccactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_81376344_81376999
seq2: B6Ng01-213K14.b_42_697

seq1  GAATTCTATAGTACACGGGTATATATTAAAACATATAATACTTGGTCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAGTACACGGGTATATATTAAAACATATAATACTTGGTCTAA  50

seq1  TTATGAGCCTTTCTAATTCACCATGTGATGCTGATGCTGCAGTCAGTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGCCTTTCTAATTCACCATGTGATGCTGATGCTGCAGTCAGTATA  100

seq1  AAATATTTTCAGAACAGGTGAGATGCACATACATCAAATACTAAGGATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTCAGAACAGGTGAGATGCACATACATCAAATACTAAGGATGT  150

seq1  CCAGAACAACTGTCATGAGGTCAGCTAAGAAACACTTCAAGGCAGGGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACAACTGTCATGAGGTCAGCTAAGAAACACTTCAAGGCAGGGTAA  200

seq1  AGTCTCCCAGTTAAGAGCTTCATTTCTCTGCCTCAGTCTCACAGCTGTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCCCAGTTAAGAGCTTCATTTCTCTGCCTCAGTCTCACAGCTGTAC  250

seq1  ATCTTTATCAACATTTGGATTATGAATAATTCTTTGTTTGAAATAAGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTATCAACATTTGGATTATGAATAATTCTTTGTTTGAAATAAGAAT  300

seq1  CAAAGAACTCTCTAAGATAGGTACTGGAGGAGTTGCCTTCCATACTCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAACTCTCTAAGATAGGTACTGGAGGAGTTGCCTTCCATACTCTTA  350

seq1  TCAAACATAAAATGCAGCTTATGTGTTAGCTGAGTATTATGACCAGATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACATAAAATGCAGCTTATGTGTTAGCTGAGTATTATGACCAGATGC  400

seq1  AAACCTAAACCAAGTATTTAACTCAAAAAATTTCTGCAACCCTATAGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAAACCAAGTATTTAACTCAAAAAATTTCTGCAACCCTATAGGTG  450

seq1  GAACAACATTCTGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGATTCTAGCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACATTCTGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGATTCTAGCTGC  500

seq1  ATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTTGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTTGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCA  550

seq1  TTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAA  600

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAATGGGAATGGAATGGTGGACAGGGAAGTGGGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAATGGGAATGGAATGGTGGACAGGGAAGTGGGGGG  650

seq1  GGGAGG  656
      ||||||
seq2  GGGAGG  656


seq1: chr9_81553237_81554296
seq2: B6Ng01-213K14.g_91_1151 (reverse)

seq1  CAGTGGACAGGTTATTGAAACAGAAACTAAAC-AGAGACACA-GTGAAAT  48
      ||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||
seq2  CAGTGGACAG--TATTGAAACAGAAACTTAACAAGAGACACAGGTGAAAT  48

seq1  T-AAGGGAGGTTATGAAGCAAATGGTTTTAACATA-TATCTACAGAACAT  96
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  TAAAGGGAGGTTATGAAGCAAAT-GTTTTAACATATTATCTACAG-ACAT  96

seq1  TTCACCCTAAAACAAAAGGATAT-ACCTGTTTCTCATGGTACCTTCTCCA  145
      |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCA-CCTAAAACAAAGGGATATAACCTGTTTCTCATGGTACCTTCTCCA  145

seq1  AAATCGACCAAATAATTAGTCACAAAACAACCCTCAACAGATACAAGAAG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGACCAAATAATTAGTCACAAAACAACCCTCAACAGATACAAGAAG  195

seq1  ATTGAAATAATA-CCATGCATCCTATCAGATTACCATGGCCTAAGGCTGG  244
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAATAATACCCATGCATCCTATCAGATTACCATGGCCTAAGGCTGG  245

seq1  TCTTCAATAACAGCAAAAACTACAGAAAGTCCACATACACATGAAAACTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAATAACAGCAAAAACTACAGAAAGTCCACATACACATGAAAACTG  295

seq1  AACAGTTCTCTACTCAGTGACAACATGGTCAGGGAAGAAATAAAGAAAGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTCTCTACTCAGTGACAACATGGTCAGGGAAGAAATAAAGAAAGA  345

seq1  AATTAAAGACTTCCTGCAATTTAATAAAAATATTGACACATCATACCCAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAGACTTCCTGCAATTTAATAAAAATATTGACACATCATACCCAA  395

seq1  ACTTATGGGACACAATGAAAGCAATGCTAAGAAGAAAGTTCATAGCACTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATGGGACACAATGAAAGCAATGCTAAGAAGAAAGTTCATAGCACTA  445

seq1  AGTGCCCTGGTAAAGAAACTGGAGAGATCTTTTTGTAAGAAATTTAATAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCCTGGTAAAGAAACTGGAGAGATCTTTTTGTAAGAAATTTAATAA  495

seq1  TGTGTATGAAGTGGTTCCCGGTTAGAGCTTTGAGGAACCCTGTTTTGTAA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGAAGTGGTTCCCGGTTAGAGCTTTGAGGAACCCTGTTTTGTAA  545

seq1  TTTTTGTAATTTAGGTAGATAGGTGAGCCTCTCCTAAGCCTGCAAACTGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTAATTTAGGTAGATAGGTGAGCCTCTCCTAAGCCTGCAAACTGT  595

seq1  GAGGAACCTGAAAAATGAAAACTCACACTAGGATGTTACGTCACAAAGGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACCTGAAAAATGAAAACTCACACTAGGATGTTACGTCACAAAGGC  645

seq1  AGAAGTGCCTAGACTCCAGCTAATCCTGAGAAACATCTCTCTCAAACTTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGCCTAGACTCCAGCTAATCCTGAGAAACATCTCTCTCAAACTTG  695

seq1  AATTTAACTCTAGATTTCATCAATATTTTTAGGGTCACTATTATTTCCAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAACTCTAGATTTCATCAATATTTTTAGGGTCACTATTATTTCCAG  745

seq1  ATTTCAAATTTTCAGCCAAAACCAATTCTTAAAGTATTTAAGTCATACTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAATTTTCAGCCAAAACCAATTCTTAAAGTATTTAAGTCATACTC  795

seq1  TTCACCCTTGGCGTATCAAATACAATTATACTTTAGTTATAAATGTATTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCTTGGCGTATCAAATACAATTATACTTTAGTTATAAATGTATTA  845

seq1  GTTCTTCCTTTACAAACAGTAGTCACAAAACTGACTGATTTCACAGCATT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCCTTTACAAACAGTAGTCACAAAACTGACTGATTTCACAGCATT  895

seq1  TGCTTAGAAAGTCTCTGTTCACACATTTTTCCTCACTTTACAAATAGTTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGAAAGTCTCTGTTCACACATTTTTCCTCACTTTACAAATAGTTT  945

seq1  CTGAGCAGTCAGGCATGAGGGCCTTAGAGATGAGCAGTGTCTACTTCAGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCAGTCAGGCATGAGGGCCTTAGAGATGAGCAGTGTCTACTTCAGG  995

seq1  ATGTGTAGTCTGGACTAACCAACTGAGTATAGTTTGTTTAACCAGGTCAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTAGTCTGGACTAACCAACTGAGTATAGTTTGTTTAACCAGGTCAG  1045

seq1  ACAAATCAAAAGTGCT  1060
      ||||||||||||||||
seq2  ACAAATCAAAAGTGCT  1061


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |