BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213P16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 36,914,659 - 37,026,045
singlet/doubletdoublet
Overlap genePknox2, 1810021J13Rik
Upstream geneEG546123, LOC100041618, LOC100042485, EG639025, LOC671003, EG434396, A630095E13Rik, Acrv1, Chek1, Stt3a, Ei24, LOC627681, Fez1, LOC100042545
Downstream geneSlc37a2, LOC100042561, Ccdc15, Hepacam, Robo4, Robo3, BC024479, Esam1, Vsig2, Nrgn, Spa17, Siae, Tbrg1, Panx3, LOC666881, EG627798, Olfr160, Olfr151, Olfr874, Olfr875, Olfr876, Olfr877, Olfr145, EG627852, Olfr878, GA_x5J8B7W60AJ-1667802-1666911, Olfr880-ps1, Olfr881, Olfr882-ps1, Olfr883, Olfr884, Olfr1550-ps1, Olfr885, Olfr886-ps1, Olfr887, Olfr888, Olfr889, Olfr890, Olfr891, Olfr892-ps1, Olfr893
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213P16.bB6Ng01-213P16.g
ACCGA031353GA031354
length1,1101,110
definitionB6Ng01-213P16.b B6Ng01-213P16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,914,659 - 36,915,764)(37,024,953 - 37,026,045)
sequence
gaattccatccctgtggctttggttttagccagatcacctctgacacaaa
ggattaaaattcaagactgccagtaagttactcagaaaaagttccatggg
gattctgggatggaccctccaggactcccagatcaaaggatgcagaggaa
agggctggctctaacagaagccacccctccacgccttccttagggattgg
cagatgtttagtacagagcttcactctgctgcctctgtttccctatccag
ggccctctcttctgtcattatacctggtcttgcttcaactgacaaagcag
acagtattgccgctagactcccctctgagtctgagtagctactgagacat
acaaacacaccaggggccagggctaaaataaaagcctgggcagcccagaa
tttcagcagagactaaatagaaatgaaaggaaggataaagaaaagcacta
gtgtaggtcctgagggttgcacgggatgtaactccctcccacctacacac
tttctaagttcagggacttaggggagggacacctttgcttcctagccatt
ttacaacaaagccaactctaacctatgtcttttgtgtagcactataagga
cctagagaccacttgttctcttgtccacttgcccatttccactcaccact
caccactgtttggcatgctgcctgcaaatgttctttgaatggatccgctg
agtgtttgggtgttcaatggttctgggtcatttaacttttcctgttttgt
tttgttttgtttctctcttcctcaacatgctgcatctttaacttttcttc
ccttctccttctcaaggccaatacctggactctgcccctctagcttatgg
cactcatcagtcgtgtgtgtgtgtgtgtatacgttgagcgagtgcacacg
tggggtgtgcatgtggatgcatgacactgagggtgtgcttgtgcacaatg
tgttatgtgtacacatctgtgcatgtgcatgtttgtgtgtgtgcatgtgt
tcagcactttactcaggctaccttgccctgatctatagcatatactctcc
aaacccaacatggattaatagtgaaatggaggcaacattacttagaaggc
agatcccact
gaattctaaatgtttaatgagcgtcagcgatttttgcctctaattgcttt
tacctaggactcccggctggaaagaatgccttacctagctatcccagagg
ctctggataacagcacacacagcagcagcaccagcacccagatcagagcg
aggaggaacacgccagcacccactccaagtaccatgccagccatcctagg
ggacagagattagcagcattagcctctggttgcccccctcccctcacaca
cacacctcgtgtgcacttactgttcttacaacacagaaagcctgaactca
gtaggaggaatcttgatggccagtatgtcagaaggctcactcatggtggg
tctttaattttcaggaatgtccagccccagagtcccttaatgaaaacccg
gcaatgcagaacccagagctttctttatgtgtgaatagaggtagggggag
agcaaggctgccttctgctcagcctattgtcatttcaaattcggcctctt
cagctccactttgacttttggagcccacattagaaatctgagctcttttc
ctccacaaaccctaaccaagtcttctccgaaggctgcagaaagccaaggc
ttcagttaaaaacgaagtatgaacttggactcagcaggcaatcacagcac
agaaacttccactctgttgtcaagttttcattctcagaaggaagaaaact
cccagtccctaaaagaacagacatctcccctttgggtacataggatatgc
taagtgctttataagacctggcctgtttagtcatgacaattgtgatggtt
tgtatatccttgggaccagggagtggcaccatctcaaggtgtggccttgt
tggaataggtgtgacctggttggaatgggtgtgtcactgtggggtgtggg
tataagaatcctcaccctagttgccctggaagtcagtcttccacctagca
gccttttggatgaagaacatagaactctcagcttctcctgccgcatgcct
tggcctggatactggccaatgctccccaccttgaatgaaaatgggactga
aacctctggacttggaaagccagtccctaaataaactgtgtttttataaa
gacttgcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_36914659_36915764
seq2: B6Ng01-213P16.b_45_1154

seq1  GAATTCCATCCCTGTGGCTTTGGTTTTAGCCAGATCACCTCTGACACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCCTGTGGCTTTGGTTTTAGCCAGATCACCTCTGACACAAA  50

seq1  GGATTAAAATTCAAGACTGCCAGTAAGTTACTCAGAAAAAGTTCCATGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAAAATTCAAGACTGCCAGTAAGTTACTCAGAAAAAGTTCCATGGG  100

seq1  GATTCTGGGATGGACCCTCCAGGACTCCCAGATCAAAGGATGCAGAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGGGATGGACCCTCCAGGACTCCCAGATCAAAGGATGCAGAGGAA  150

seq1  AGGGCTGGCTCTAACAGAAGCCACCCCTCCACGCCTTCCTTAGGGATTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGGCTCTAACAGAAGCCACCCCTCCACGCCTTCCTTAGGGATTGG  200

seq1  CAGATGTTTAGTACAGAGCTTCACTCTGCTGCCTCTGTTTCCCTATCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTTTAGTACAGAGCTTCACTCTGCTGCCTCTGTTTCCCTATCCAG  250

seq1  GGCCCTCTCTTCTGTCATTATACCTGGTCTTGCTTCAACTGACAAAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTCTCTTCTGTCATTATACCTGGTCTTGCTTCAACTGACAAAGCAG  300

seq1  ACAGTATTGCCGCTAGACTCCCCTCTGAGTCTGAGTAGCTACTGAGACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATTGCCGCTAGACTCCCCTCTGAGTCTGAGTAGCTACTGAGACAT  350

seq1  ACAAACACACCAGGGGCCAGGGCTAAAATAAAAGCCTGGGCAGCCCAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACACCAGGGGCCAGGGCTAAAATAAAAGCCTGGGCAGCCCAGAA  400

seq1  TTTCAGCAGAGACTAAATAGAAATGAAAGGAAGGATAAAGAAAAGCACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCAGAGACTAAATAGAAATGAAAGGAAGGATAAAGAAAAGCACTA  450

seq1  GTGTAGGTCCTGAGGGTTGCACGGGATGTAACTCCCTCCCACCTACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGGTCCTGAGGGTTGCACGGGATGTAACTCCCTCCCACCTACACAC  500

seq1  TTTCTAAGTTCAGGGACTTAGGGGAGGGACACCTTTGCTTCCTAGCCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAGTTCAGGGACTTAGGGGAGGGACACCTTTGCTTCCTAGCCATT  550

seq1  TTACAACAAAGCCAACTCTAACCTATGTCTTTTGTGTAGCACTATAAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAACAAAGCCAACTCTAACCTATGTCTTTTGTGTAGCACTATAAGGA  600

seq1  CCTAGAGACCACTTGTTCTCTTGTCCACTTGCCCATTTCCACTCACCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGACCACTTGTTCTCTTGTCCACTTGCCCATTTCCACTCACCACT  650

seq1  CACCACTGTTTGGCATGCTGCCTGCAAATGTTCTTTGAATGGATCCGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTGTTTGGCATGCTGCCTGCAAATGTTCTTTGAATGGATCCGCTG  700

seq1  AGTGTTTGGGTGTTCAATGGTTCTGGGTCATTTAACTTTTCCTGTTTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTGGGTGTTCAATGGTTCTGGGTCATTTAACTTTTCCTGTTTTGT  750

seq1  TTTGTTTTGTTTCTCTCTTCCTCAACATGCTGCATCTTTAACTTTTCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTTCTCTCTTCCTCAACATGCTGCATCTTTAACTTTTCTTC  800

seq1  CCTTCTCCTTCTCAAGGCCAATACCTGGACTCTGCCCCTCTAGCTTATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCCTTCTCAAGGCCAATACCTGGACTCTGCCCCTCTAGCTTATGG  850

seq1  CACTCATCAGTCGTGTGTGTGTGTGTGTATACG-TGAGCGAGTGCACACG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CACTCATCAGTCGTGTGTGTGTGTGTGTATACGTTGAGCGAGTGCACACG  900

seq1  T-GGGTGTGCATGTGGATGCATGACACTGAGGGTGTGCTTGTGCAC-ATG  947
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGGGGTGTGCATGTGGATGCATGACACTGAGGGTGTGCTTGTGCACAATG  950

seq1  TG-TATGTGTACACATCTGTGCATGTGCATGTTTGTGTGTGTGCATGTGT  996
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGTGTACACATCTGTGCATGTGCATGTTTGTGTGTGTGCATGTGT  1000

seq1  TCAGCACTTTACTCAGGCTACC-TGCCTTGATCTATAGCATATACTCTCC  1045
      |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACTTTACTCAGGCTACCTTGCCCTGATCTATAGCATATACTCTCC  1050

seq1  CAAACCCACATGGATT-ATAGTGAAATGGAAGCAACATTAACTCAGAAGG  1094
       || || ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||
seq2  AAACCCAACATGGATTAATAGTGAAATGGAGGCAACATT-ACTTAGAAGG  1099

seq1  CAGAACCCCACT  1106
      ||| | ||||||
seq2  CAG-ATCCCACT  1110

seq1: chr9_37024953_37026045
seq2: B6Ng01-213P16.g_68_1177 (reverse)

seq1  AAGGCAAGTCTTATAAAAAACAACATTTAATTAGGG-CTGGCTTT-CAAG  48
      ||||||||||||   |||||||   |||| |||||| |||||||| ||||
seq2  AAGGCAAGTCTTTATAAAAACACAGTTTATTTAGGGACTGGCTTTCCAAG  50

seq1  TTCAGAGG-TTCAGT-CCATTTTCA-TCAAGGT-GGGAGCAT--GGCAGT  92
      | |||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||  | ||||
seq2  TCCAGAGGTTTCAGTCCCATTTTCATTCAAGGTGGGGAGCATTGGCCAGT  100

seq1  ATCCAGGC--AGGCATGGCGCAGGAGGAGCTGAGAGTTCTATG-TCTTCA  139
      ||||||||  |||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCCAGGCCAAGGCATGCGGCAGGAGAAGCTGAGAGTTCTATGTTCTTCA  150

seq1  TCC-AAAGGCTGCTA-GTGGAAGACTGACTTCCA-GGCAACTAGGGTGAG  186
      ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCAAAAGGCTGCTAGGTGGAAGACTGACTTCCAGGGCAACTAGGGTGAG  200

seq1  GA-TCTTATACCCACA-CCCACAGTGACACACCCATTCCAACCAGGTCAC  234
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTATACCCACACCCCACAGTGACACACCCATTCCAACCAGGTCAC  250

seq1  ACCTATTCCAACAAGGCCACACCTTGAGATGGTGCCACTCCCTGGT-CCA  283
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACCTATTCCAACAAGGCCACACCTTGAGATGGTGCCACTCCCTGGTCCCA  300

seq1  AGGATATACAAACCATCACAATTGTCATGACTAAACAGGCCAGGTCTTAT  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATACAAACCATCACAATTGTCATGACTAAACAGGCCAGGTCTTAT  350

seq1  AAAGCACTTAGCATATCCTATGTACCCAAAGGGGAGATGTCTGTTCTTTT  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACTTAGCATATCCTATGTACCCAAAGGGGAGATGTCTGTTCTTTT  400

seq1  AGGGACTGGGAGTTTTCTTCCTTCTGAGAATGAAAACTTGACAACAGAGT  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGGGAGTTTTCTTCCTTCTGAGAATGAAAACTTGACAACAGAGT  450

seq1  GGAAGTTTCTGTGCTGTGATTGCCTGCTGAGTCCAAGTTCATACTTCGTT  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTTCTGTGCTGTGATTGCCTGCTGAGTCCAAGTTCATACTTCGTT  500

seq1  TTTAACTGAAGCCTTGGCTTTCTGCAGCCTTCGGAGAAGACTTGGTTAGG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTGAAGCCTTGGCTTTCTGCAGCCTTCGGAGAAGACTTGGTTAGG  550

seq1  GTTTGTGGAGGAAAAGAGCTCAGATTTCTAATGTGGGCTCCAAAAGTCAA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGGAGGAAAAGAGCTCAGATTTCTAATGTGGGCTCCAAAAGTCAA  600

seq1  AGTGGAGCTGAAGAGGCCGAATTTGAAATGACAATAGGCTGAGCAGAAGG  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAGCTGAAGAGGCCGAATTTGAAATGACAATAGGCTGAGCAGAAGG  650

seq1  CAGCCTTGCTCTCCCCCTACCTCTATTCACACATAAAGAAAGCTCTGGGT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTGCTCTCCCCCTACCTCTATTCACACATAAAGAAAGCTCTGGGT  700

seq1  TCTGCATTGCCGGGTTTTCATTAAGGGACTCTGGGGCTGGACATTCCTGA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATTGCCGGGTTTTCATTAAGGGACTCTGGGGCTGGACATTCCTGA  750

seq1  AAATTAAAGACCCACCATGAGTGAGCCTTCTGACATACTGGCCATCAAGA  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAGACCCACCATGAGTGAGCCTTCTGACATACTGGCCATCAAGA  800

seq1  TTCCTCCTACTGAGTTCAGGCTTTCTGTGTTGTAAGAACAGTAAGTGCAC  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCTACTGAGTTCAGGCTTTCTGTGTTGTAAGAACAGTAAGTGCAC  850

seq1  ACGAGGTGTGTGTGTGAGGGGAGGGGGGCAACCAGAGGCTAATGCTGCTA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGGTGTGTGTGTGAGGGGAGGGGGGCAACCAGAGGCTAATGCTGCTA  900

seq1  ATCTCTGTCCCCTAGGATGGCTGGCATGGTACTTGGAGTGGGTGCTGGCG  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGTCCCCTAGGATGGCTGGCATGGTACTTGGAGTGGGTGCTGGCG  950

seq1  TGTTCCTCCTCGCTCTGATCTGGGTGCTGGTGCTGCTGCTGTGTGTGCTG  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTCCTCGCTCTGATCTGGGTGCTGGTGCTGCTGCTGTGTGTGCTG  1000

seq1  TTATCCAGAGCCTCTGGGATAGCTAGGTAAGGCATTCTTTCCAGCCGGGA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCAGAGCCTCTGGGATAGCTAGGTAAGGCATTCTTTCCAGCCGGGA  1050

seq1  GTCCTAGGTAAAAGCAATTAGAGGCAAAAATCGCTGACGCTCATTAAACA  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGGTAAAAGCAATTAGAGGCAAAAATCGCTGACGCTCATTAAACA  1100

seq1  TTTAGAATTC  1093
      ||||||||||
seq2  TTTAGAATTC  1110