BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222K06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 86,099,414 - 86,231,829
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2610018I03Rik
Upstream geneBC023892, Ibtk, 4933431K14Rik, EG434426, 9330154J02Rik, Tpbg
Downstream genePgm3, Rwdd2, Mod1, Prss35, Snap91, C030002E08Rik, Cyb5r4, LOC666777, LOC244958, LOC100039510, 4922501C03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222K06.bB6Ng01-222K06.g
ACCGA037605GA037606
length1,1671,154
definitionB6Ng01-222K06.b B6Ng01-222K06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,230,673 - 86,231,829)(86,099,414 - 86,100,576)
sequence
gaattctgttcctaccatgcagactaagctagaggaagccctcagctgcc
tacccaaagcagttctggggctgtgcagttttgcccaacctgggatttca
ctgtggtggacctaatagttctgggttttagagctaagggcaggaattaa
ggtcctcaccctttcagaagtcagaggtgtctctcttcgctctgagctgc
tcagcgtttgggaagggtcacctgaagaccctgcctttttccaatgcctc
tgttgttttcattgtattagcattaggctttttggtgtctcttctaagcc
cttggtgtctttggtcgtcattatttggcatgtgaaactggatacccctt
cagagagattaggatccccttcctcagctgccatattcctccaccctctt
ctttctctgagggtttcagatgattcactttttctatagttttcatacac
acacacacacacacacacacacacacacacacatatacatatatgtattt
ctaggaattgttcgtttcatctacatcttgagagttttgacaaactgttt
agaatatatcttctgtatttcctgttgctattatctggccttaattgctc
aaattcatttagctctatccaatatcctatttgctttgcttatccatact
tctgagatcaatcttttattattctttcctttaagaaatatggttgcatc
ccttttcaagtcttcctgtacattctgaatgtcacctgttccctgggtac
gcttttactcctttaattctttaaacatacccattatttaatcgtccata
atgagattacctccaggtttacaagcttggttctgtaagctgtgttcagt
cattcatggactgaatgattttatgatgaggggcccgtggtctttttaga
acttggtggaagttctttgaggcccaggctgaaagtgtgttactgcaaag
gggattatttgtaaagaactatgggtagtgggagcttatgactctgaact
tactcacgaggggttgtaattaggtcatcatagttgcttctgtctatcgc
cttccttctcatgtttagactgagccagccaggcaattaatttcactccc
ctatcttttctttacaggcttttttttttttcagcttaatttctgtggaa
agagtggctcttgggaa
gaattcaaggacagtcaggtctacaaagtgagttccaggacagccgagga
tacacaaagaaaccctgtctctaaaaacaaccacaacaacaaatcagtag
aaagtccacaggaacaaagaccagatgggcaactacaaagaaaaggaaac
agaatttcaaaaccatatttcccaatgcaactccaagatctaggtcaact
aatataaaaaacagagatgagacctggaacattcatcaaagtaattaata
tgaaactgagtgctgaacagctgagccaagttggtcccttgcaatttcca
gagttataatgactgactttaaaactgacaaaagtcccaaatgtttcgtg
gagaaagacaacctgattctgactgaagaaataggaattagactctgata
gcggatcctttaaggtgcatctatttcctctggattgaagccttccccct
ggaggaagcagaggaggcttgtatgactccagaagctaaggaaacttaca
agactcaggaagcttgggaaactgacaggactcaagcactcaggaagttg
caggatttacaaggccccaccccccacataacttaatctgaggtgaaggt
gggtagatgctgggaagagaagccttctgtgaaattgcctgacacctttg
tggggagcttttagtttcatgatctgttgatctgtgtcccatggtggttt
tctgtaatggtctccatttgctgtacagacaagcttccttcatgaggggt
gatagcttatctatggggtataaagataagatctagaatgcagtaaagca
ttatattagtctagtaagttgacagattcttcttcaaaggttcatacctt
cactaaccctaggaagctggttaggtttctagtagcaggcatgatttccc
tcctgttaagtagaccttaagtccaattggacaactattggttgccacag
acatttggttgccattactacaaagatgatcttttagcataacttgccgt
actggaaatgtgatgttatagatgtcgcagctgagaagactgttcaattg
ctcttccctggcagttgtcactgcatgttctgagcatgaaattagaccac
tggaaagaaggctttcaagtcggattcggtcagtcattcactcaattgac
ttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_86230673_86231829
seq2: B6Ng01-222K06.b_42_1208 (reverse)

seq1  TTCCC---AGCCACTCTCT-CACAGAAATTAAGCTG-AAAAAAAAAAGCC  45
      |||||   ||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||  |
seq2  TTCCCAAGAGCCACTCTTTCCACAGAAATTAAGCTGAAAAAAAAAAAAGC  50

seq1  CTGTAAAG-AAAGATA-GTGAGTGAAATTAATTGCCTGGCTGGCTCAGTC  93
      |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAAGAAAAGATAGGGGAGTGAAATTAATTGCCTGGCTGGCTCAGTC  100

seq1  T-AACATGAG-AGGAAGGCGATAGACAGAAGCAACTATGATGACCTAATT  141
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATGAGAAGGAAGGCGATAGACAGAAGCAACTATGATGACCTAATT  150

seq1  ACAACCCCTCGTGAGTAAGTTCAGAGTCAT-AGCTCCCACTACCCATAGT  190
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCCTCGTGAGTAAGTTCAGAGTCATAAGCTCCCACTACCCATAGT  200

seq1  TCTTTACAAATAATCCCCTTTGCAGTAACACACTTTCAGCCTGGGCCTCA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACAAATAATCCCCTTTGCAGTAACACACTTTCAGCCTGGGCCTCA  250

seq1  AAGAACTTCCACCAAGTTCTAAAAAGACCACGGGCCCCTCATCATAAAAT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTTCCACCAAGTTCTAAAAAGACCACGGGCCCCTCATCATAAAAT  300

seq1  CATTCAGTCCATGAATGACTGAACACAGCTTACAGAACCAAGCTTGTAAA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGTCCATGAATGACTGAACACAGCTTACAGAACCAAGCTTGTAAA  350

seq1  CCTGGAGGTAATCTCATTATGGACGATTAAATAATGGGTATGTTTAAAGA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGGTAATCTCATTATGGACGATTAAATAATGGGTATGTTTAAAGA  400

seq1  ATTAAAGGAGTAAAAGCGTACCCAGGGAACAGGTGACATTCAGAATGTAC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGAGTAAAAGCGTACCCAGGGAACAGGTGACATTCAGAATGTAC  450

seq1  AGGAAGACTTGAAAAGGGATGCAACCATATTTCTTAAAGGAAAGAATAAT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGACTTGAAAAGGGATGCAACCATATTTCTTAAAGGAAAGAATAAT  500

seq1  AAAAGATTGATCTCAGAAGTATGGATAAGCAAAGCAAATAGGATATTGGA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATTGATCTCAGAAGTATGGATAAGCAAAGCAAATAGGATATTGGA  550

seq1  TAGAGCTAAATGAATTTGAGCAATTAAGGCCAGATAATAGCAACAGGAAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTAAATGAATTTGAGCAATTAAGGCCAGATAATAGCAACAGGAAA  600

seq1  TACAGAAGATATATTCTAAACAGTTTGTCAAAACTCTCAAGATGTAGATG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAAGATATATTCTAAACAGTTTGTCAAAACTCTCAAGATGTAGATG  650

seq1  AAACGAACAATTCCTAGAAATACATATATGTATATGTGTGTGTGTGTGTG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGAACAATTCCTAGAAATACATATATGTATATGTGTGTGTGTGTGTG  700

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAAAACTATAGAAAAAGTGAATCATCT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGAAAACTATAGAAAAAGTGAATCATCT  750

seq1  GAAACCCTCAGAGAAAGAAGAGGGTGGAGGAATATGGCAGCTGAGGAAGG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCTCAGAGAAAGAAGAGGGTGGAGGAATATGGCAGCTGAGGAAGG  800

seq1  GGATCCTAATCTCTCTGAAGGGGTATCCAGTTTCACATGCCAAATAATGA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCTAATCTCTCTGAAGGGGTATCCAGTTTCACATGCCAAATAATGA  850

seq1  CGACCAAAGACACCAAGGGCTTAGAAGAGACACCAAAAAGCCTAATGCTA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCAAAGACACCAAGGGCTTAGAAGAGACACCAAAAAGCCTAATGCTA  900

seq1  ATACAATGAAAACAACAGAGGCATTGGAAAAAGGCAGGGTCTTCAGGTGA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATGAAAACAACAGAGGCATTGGAAAAAGGCAGGGTCTTCAGGTGA  950

seq1  CCCTTCCCAAACGCTGAGCAGCTCAGAGCGAAGAGAGACACCTCTGACTT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCCAAACGCTGAGCAGCTCAGAGCGAAGAGAGACACCTCTGACTT  1000

seq1  CTGAAAGGGTGAGGACCTTAATTCCTGCCCTTAGCTCTAAAACCCAGAAC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGGGTGAGGACCTTAATTCCTGCCCTTAGCTCTAAAACCCAGAAC  1050

seq1  TATTAGGTCCACCACAGTGAAATCCCAGGTTGGGCAAAACTGCACAGCCC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGTCCACCACAGTGAAATCCCAGGTTGGGCAAAACTGCACAGCCC  1100

seq1  CAGAACTGCTTTGGGTAGGCAGCTGAGGGCTTCCTCTAGCTTAGTCTGCA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTGCTTTGGGTAGGCAGCTGAGGGCTTCCTCTAGCTTAGTCTGCA  1150

seq1  TGGTAGGAACAGAATTC  1157
      |||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGAACAGAATTC  1167

seq1: chr9_86099414_86100576
seq2: B6Ng01-222K06.g_63_1216

seq1  GAATTCAAGGACAGTCAGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCGAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGACAGTCAGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCGAGGA  50

seq1  TACACAAAGAAACCCTGTCTCTAAAAACAACCACAACAACAAATCAGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAAGAAACCCTGTCTCTAAAAACAACCACAACAACAAATCAGTAG  100

seq1  AAAGTCCACAGGAACAAAGACCAGATGGGCAACTACAAAGAAAAGGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCACAGGAACAAAGACCAGATGGGCAACTACAAAGAAAAGGAAAC  150

seq1  AGAATTTCAAAACCATATTTCCCAATGCAACTCCAAGATCTAGGTCAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTCAAAACCATATTTCCCAATGCAACTCCAAGATCTAGGTCAACT  200

seq1  AATATAAAAAACAGAGATGAGACCTGGAACATTCATCAAAGTAATTAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAAAACAGAGATGAGACCTGGAACATTCATCAAAGTAATTAATA  250

seq1  TGAAACTGAGTGCTGAACAGCTGAGCCAAGTTGGTCCCTTGCAATTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTGAGTGCTGAACAGCTGAGCCAAGTTGGTCCCTTGCAATTTCCA  300

seq1  GAGTTATAATGACTGACTTTAAAACTGACAAAAGTCCCAAATGTTTCGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATAATGACTGACTTTAAAACTGACAAAAGTCCCAAATGTTTCGTG  350

seq1  GAGAAAGACAACCTGATTCTGACTGAAGAAATAGGAATTAGACTCTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGACAACCTGATTCTGACTGAAGAAATAGGAATTAGACTCTGATA  400

seq1  GCGGATCCTTTAAGGTGCATCTATTTCCTCTGGATTGAAGCCTTCCCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGATCCTTTAAGGTGCATCTATTTCCTCTGGATTGAAGCCTTCCCCCT  450

seq1  GGAGGAAGCAGAGGAGGCTTGTATGACTCCAGAAGCTAAGGAAACTTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAGCAGAGGAGGCTTGTATGACTCCAGAAGCTAAGGAAACTTACA  500

seq1  AGACTCAGGAAGCTTGGGAAACTGACAGGACTCAAGCACTCAGGAAGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGGAAGCTTGGGAAACTGACAGGACTCAAGCACTCAGGAAGTTG  550

seq1  CAGGATTTACAAGGCCCCACCCCCCACATAACTTAATCTGAGGTGAAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTTACAAGGCCCCACCCCCCACATAACTTAATCTGAGGTGAAGGT  600

seq1  GGGTAGATGCTGGGAAGAGAAGCCTTCTGTGAAATTGCCTGACACCTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGATGCTGGGAAGAGAAGCCTTCTGTGAAATTGCCTGACACCTTTG  650

seq1  TGGGGAGCTTTTAGTTTCATGATCTGTTGATCTGTGTCCCATGGTGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGCTTTTAGTTTCATGATCTGTTGATCTGTGTCCCATGGTGGTTT  700

seq1  TCTGTAATGGTCTCCATTTGCTGTACAGACAAGCTTCCTTCATGAGGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAATGGTCTCCATTTGCTGTACAGACAAGCTTCCTTCATGAGGGGT  750

seq1  GATAGCTTATCTATGGGGTATAAAGATAAGATCTAGAATGCAGTAAAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTTATCTATGGGGTATAAAGATAAGATCTAGAATGCAGTAAAGCA  800

seq1  TTATATTAGTCTAGTAAGTTGACAGATTCTTCTTCAAAGGTTCATACCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTAGTCTAGTAAGTTGACAGATTCTTCTTCAAAGGTTCATACCTT  850

seq1  CACTAACCCTAGGAAGCTGGTTAGGTTTCTAGTAGCAGGCATGATTTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAACCCTAGGAAGCTGGTTAGGTTTCTAGTAGCAGGCATGATTTCCC  900

seq1  TCCTGTTAAGTAGACCTTAAGTCCAATTGGACAACTATTGGTTGCCACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTAAGTAGACCTTAAGTCCAATTGGACAACTATTGGTTGCCACAG  950

seq1  ACATTTGGTTGCCATTACTACAAAGATGATCTTTTAGCATAACTTGCCGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGGTTGCCATTACTACAAAGATGATCTTTTAGCATAACTTGCCGT  1000

seq1  ACTGGAAATGTGATGGTTTATAGATGTCGCAGCTGAGAAGACTGTTCAAT  1050
      |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAATGTGATG--TTATAGATGTCGCAGCTGAGAAGACTGTTCAAT  1048

seq1  TGCTTCCTTCCCTTGGCAGTTGTCACTGCATGTTCTGGAGCCATGAAATT  1100
      ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
seq2  TGCT--CTTCCC-TGGCAGTTGTCACTGCATGTTCT-GAG-CATGAAATT  1093

seq1  AGACCACTGGAAAG-AGGCTTTCAGGTCAGATTCTGTTCAAGTCATTCAA  1149
      |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||   |||||||| |
seq2  AGACCACTGGAAAGAAGGCTTTCAAGTCGGATTCGGT--CAGTCATTC-A  1140

seq1  CTCATATGACTTGA  1163
      ||||  ||||||||
seq2  CTCAATTGACTTGA  1154