BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-230E10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 122,418,908 - 122,561,977
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040204, 9530059O14Rik
Upstream geneLyzl4, Vipr1, LOC100040063, Sec22c, Deb1, Nktr, Kbtbd5, Hhatl, Ccdc13, Higd1a, Ccbp2, Cyp8b1, C730027P07Rik, C85492, LOC100040121, Snrk, Tmem16k, Abhd5, LOC100040193
Downstream geneLOC666218, LOC671232, D9Ertd402e, Zfp445, LOC623874, Zfp167, EG666257, Zfp660, Zfp105, 1110059G10Rik, Kif15, Tmem42, Tgm4, Zdhhc3, Exosc7, Clec3b, Cdcp1, Tmem158, Scp2-ps2, Lars2, Limd1, Sacm1l, Slc6a20, Xtrp3s1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-230E10.bB6Ng01-230E10.g
ACCGA043181GA043182
length1,0971,176
definitionB6Ng01-230E10.b B6Ng01-230E10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,418,908 - 122,420,002)(122,560,786 - 122,561,977)
sequence
gaattcacctaacgattccctgtgtctggagggctgagggcgtggccagg
ggccgtgtctgttttcttcaagcctgcccgaccatcactaaggctaagac
ttctgggtttaaggatctgttctttcctgagttgttccagaagcctctga
tcctgcatatgaacggctgtgacagctctcctccaacccttagtctaacc
tgcaactgtcatggctgtacccacctgcaatcaaatctcagtctccaaga
ttgccgcaagagacctgagaatcagaggtcctttgaaaagacctcactgc
cccatcgatttctcacccaatgtgggtgctaagcaaatgataacctcctg
aaagagcggttcttacacaggggtcacctaagatcattggaaaacataga
tgtttaccttacaattcatagcagtagcaaaatcgcaattatgaattgtg
tactaattatgaagtagtaatgaaggtggtactgtggttagggacaccac
agcacgagggactgtattaaagggtcccagcactgggaaggttgggaacc
actgagctagagttccccagggttgttaatgcacagctggccaccaagct
tcacggtacttgagtgagacgggttttaaccctggtgaaggaggagctga
aggtggacaggagacagagaggaaaccagagatcagcagtgacatgaagc
tgtccctccctcagctggggtgatcaaagggaaagaaggtgaaattacct
gatccctgggagaatggaattcacagcatgcctgatcaataaataagacc
tgggccagaaccaggcttcaggagacccagactgcagcaaagggaagaga
gcaacggtgtgtttctgaatctagtagcagccagctatccctcagagact
cttaccagtgagctcgtgccttgagagcttagaaagacaggctgagggaa
tacagaatatggagttgtacagaaattatgaagtggaagcagagacccaa
ttgagcctagggcacaaaacttccaggaggacacagaagcctcctgcctt
catgcacctactacaccccccctcatcaggatgttacttggggcaga
gaattcaataaagaaaaagatgatgaaagagaaacaagttggtttgatcg
ttagaccctaaagatgtcacaattaataaagaagaactccaaatcaaaat
aaccctcctccaaaaggaaaaccagacagcaaacaaaaccttaaaaaggt
tgaacaatgcaaatcaagagtaagcagaacaatacaggcatggatttgat
tttcaaaataacaacacgcatgtctgtgcaagtcctaatgcatatgaaag
ggtaggtaagaaagtggaagcaatattatatgaacatataaatggactag
cccagagagctaggaagcaaagctgcaggcagaaagtcccacatgcaggt
gaaagttttaggacttagcactttctttttcctttggcaatatccaaagc
acacgtttgcctctgtgctggcttgaagagacttgaggttacgaaaagct
ttttctgttggctatacaaagctcaagagacatgtattccccaagcatct
agcaaacagcagagcatagaccacatgacaactcaaaatacctaccaagg
cattagtaggaaggaaaaaaaaaaagctattaattctatagtgcgctgta
gaagacggcccatttgaaaagagtcagcagtttagcaacaacaagggaca
taagcaaaaaaccccagtacagtttcctcaacccaaatgaagactgtctt
accagaacaacacagtcagacctagaaggaacagggtgatcagcactgga
catgtgtccatcccttgggcccatgtcacacctggtcctggtcagagaat
gaaccgtggtgtaagtattaggaaggaagaggaaacagctgtttgcaaag
tcatcgtgtgtcatttaactaggaaggcatgctgggaagtgcctcatgag
gctggtccatagatgaacattataaagtatgtgtgcacaaaggacctgga
tgtgacatcacaaagtggtatgatgtcatggaagcacaaatgcccatagt
caaaacacagtctgaacagttgctacacagtgtagagtataaatgggagt
tgggtgagacactttaactcatgtgacatgcctagaactgtcagtactaa
acttcaagcagctccaatgctgcgagggaatctactaactaatgaacgcc
tcttgcacacacccatgtgtactgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_122418908_122420002
seq2: B6Ng01-230E10.b_47_1143

seq1  GAATTCACCTAACGATTCCCTGTGTCTGGAGGGCTGAGGGCGTGGCCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTAACGATTCCCTGTGTCTGGAGGGCTGAGGGCGTGGCCAGG  50

seq1  GGCCGTGTCTGTTTTCTTCAAGCCTGCCCGACCATCACTAAGGCTAAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGTGTCTGTTTTCTTCAAGCCTGCCCGACCATCACTAAGGCTAAGAC  100

seq1  TTCTGGGTTTAAGGATCTGTTCTTTCCTGAGTTGTTCCAGAAGCCTCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGTTTAAGGATCTGTTCTTTCCTGAGTTGTTCCAGAAGCCTCTGA  150

seq1  TCCTGCATATGAACGGCTGTGACAGCTCTCCTCCAACCCTTAGTCTAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCATATGAACGGCTGTGACAGCTCTCCTCCAACCCTTAGTCTAACC  200

seq1  TGCAACTGTCATGGCTGTACCCACCTGCAATCAAATCTCAGTCTCCAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTGTCATGGCTGTACCCACCTGCAATCAAATCTCAGTCTCCAAGA  250

seq1  TTGCCGCAAGAGACCTGAGAATCAGAGGTCCTTTGAAAAGACCTCACTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCGCAAGAGACCTGAGAATCAGAGGTCCTTTGAAAAGACCTCACTGC  300

seq1  CCCATCGATTTCTCACCCAATGTGGGTGCTAAGCAAATGATAACCTCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCGATTTCTCACCCAATGTGGGTGCTAAGCAAATGATAACCTCCTG  350

seq1  AAAGAGCGGTTCTTACACAGGGGTCACCTAAGATCATTGGAAAACATAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCGGTTCTTACACAGGGGTCACCTAAGATCATTGGAAAACATAGA  400

seq1  TGTTTACCTTACAATTCATAGCAGTAGCAAAATCGCAATTATGAATTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACCTTACAATTCATAGCAGTAGCAAAATCGCAATTATGAATTGTG  450

seq1  TACTAATTATGAAGTAGTAATGAAGGTGGTACTGTGGTTAGGGACACCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATTATGAAGTAGTAATGAAGGTGGTACTGTGGTTAGGGACACCAC  500

seq1  AGCACGAGGGACTGTATTAAAGGGTCCCAGCACTGGGAAGGTTGGGAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACGAGGGACTGTATTAAAGGGTCCCAGCACTGGGAAGGTTGGGAACC  550

seq1  ACTGAGCTAGAGTTCCCCAGGGTTGTTAATGCACAGCTGGCCACCAAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCTAGAGTTCCCCAGGGTTGTTAATGCACAGCTGGCCACCAAGCT  600

seq1  TCACGGTACTTGAGTGAGACGGGTTTTAACCCTGGTGAAGGAGGAGCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGTACTTGAGTGAGACGGGTTTTAACCCTGGTGAAGGAGGAGCTGA  650

seq1  AGGTGGACAGGAGACAGAGAGGAAACCAGAGATCAGCAGTGACATGAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGACAGGAGACAGAGAGGAAACCAGAGATCAGCAGTGACATGAAGC  700

seq1  TGTCCCTCCCTCAGGCTGGGGTGATCAAAGGGAAAGAAGGTGAAATTACC  750
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTCCCTCA-GCTGGGGTGATCAAAGGGAAAGAAGGTGAAATTACC  749

seq1  TGATCCCTGGGAGAATGGAATTCACAGCATGCCTGATCAATAAATAAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCCTGGGAGAATGGAATTCACAGCATGCCTGATCAATAAATAAGAC  799

seq1  CTGGGCCAGAACCAGGCTTCAGGAGACCCAGACTGCAGCAAAGGGAAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCAGAACCAGGCTTCAGGAGACCCAGACTGCAGCAAAGGGAAGAG  849

seq1  AGCAACGGTGTG-TTCTGAATCTAGTAGGCAGCCAGCTATCCCTCAGAGA  899
      |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACGGTGTGTTTCTGAATCTAGTA-GCAGCCAGCTATCCCTCAGAGA  898

seq1  CTCTTACCAGTGAGCCCGTGCCTTGAGAGCTTAG-AAGACAGGCTGAGGG  948
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCTTACCAGTGAGCTCGTGCCTTGAGAGCTTAGAAAGACAGGCTGAGGG  948

seq1  AATACAGAATATGGAGTTGTACAGAAA-TATGAAGTGG-AGCAGAGA-CC  995
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||
seq2  AATACAGAATATGGAGTTGTACAGAAATTATGAAGTGGAAGCAGAGACCC  998

seq1  AATGGAGCCTAGGGCAACAAAAC-TCCAGGAAGGACACAGAAGCCTCCTG  1044
      ||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATTGAGCCTAGGGC-ACAAAACTTCCAGG-AGGACACAGAAGCCTCCTG  1046

seq1  CCTTCATGGCACCTTACTA-ACACCCCCTCATCAGGATG-TACCTGGGGC  1092
      ||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  CCTTCAT-GCACC-TACTACACCCCCCCTCATCAGGATGTTACTTGGGGC  1094

seq1  AGA  1095
      |||
seq2  AGA  1097

seq1: chr9_122560786_122561977
seq2: B6Ng01-230E10.g_70_1245 (reverse)

seq1  CTCAG-GCACATGGGTGTGTGCAAGAGGCTGTTCACTTTTAGTTAGGTAG  49
      |||||  |||||||||||||||||||||| |||||   ||||||| ||||
seq2  CTCAGTACACATGGGTGTGTGCAAGAGGC-GTTCA---TTAGTTA-GTAG  45

seq1  ATCCCACTGGCAGCATGGGGAAGCTGCTGGAAGTTTTAGTTACCTGACAG  99
      || || || ||||||| ||  ||||||| |||| ||||||   |||||||
seq2  ATTCC-CTCGCAGCATTGG--AGCTGCTTGAAG-TTTAGT--ACTGACAG  89

seq1  TCCCTGGCATGTCACATGAGTTAAAGGGTGTCCTCACCC-ACTCCCAATT  148
      | |  ||||||||||||||||||||| ||   ||||||| |||||||  |
seq2  TTCTAGGCATGTCACATGAGTTAAAGTGT---CTCACCCAACTCCCA--T  134

seq1  TTATACCTCCTACACTGTGTAGCCACTGTTCAGACTGTG-TGTGACTATG  197
      ||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||
seq2  TTATAC--TCTACACTGTGTAGCAACTGTTCAGACTGTGTTTTGACTATG  182

seq1  GGCATTTGTGCTTCCCATGACATCATACCACCTTGTGATGTCACATCCAG  247
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTGTGCTT-CCATGACATCATACCACTTTGTGATGTCACATCCAG  231

seq1  GTCCTTTGTGCACACATACTTTATAATGTTCATCTATGGACCAGCCTCAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTGTGCACACATACTTTATAATGTTCATCTATGGACCAGCCTCAT  281

seq1  GAGGCACTTCCCAGCATGCCTTCCTAGTTAAATGACACACGATGACTTTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACTTCCCAGCATGCCTTCCTAGTTAAATGACACACGATGACTTTG  331

seq1  CAAACAGCTGTTTCCTCTTCCTTCCTAATACTTACACCACGGTTCATTCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGCTGTTTCCTCTTCCTTCCTAATACTTACACCACGGTTCATTCT  381

seq1  CTGACCAGGACCAGGTGTGACATGGGCCCAAGGGATGGACACATGTCCAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCAGGACCAGGTGTGACATGGGCCCAAGGGATGGACACATGTCCAG  431

seq1  TGCTGATCACCCTGTTCCTTCTAGGTCTGACTGTGTTGTTCTGGTAAGAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATCACCCTGTTCCTTCTAGGTCTGACTGTGTTGTTCTGGTAAGAC  481

seq1  AGTCTTCATTTGGGTTGAGGAAACTGTACTGGGGTTTTTTGCTTATGTCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCATTTGGGTTGAGGAAACTGTACTGGGGTTTTTTGCTTATGTCC  531

seq1  CTTGTTGTTGCTAAACTGCTGACTCTTTTCAAATGGGCCGTCTTCTACAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGTTGCTAAACTGCTGACTCTTTTCAAATGGGCCGTCTTCTACAG  581

seq1  CGCACTATAGAATTAATAGCTTTTTTTTTTTCCTTCCTACTAATGCCTTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACTATAGAATTAATAGCTTTTTTTTTTTCCTTCCTACTAATGCCTTG  631

seq1  GTAGGTATTTTGAGTTGTCATGTGGTCTATGCTCTGCTGTTTGCTAGATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTATTTTGAGTTGTCATGTGGTCTATGCTCTGCTGTTTGCTAGATG  681

seq1  CTTGGGGAATACATGTCTCTTGAGCTTTGTATAGCCAACAGAAAAAGCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGAATACATGTCTCTTGAGCTTTGTATAGCCAACAGAAAAAGCTT  731

seq1  TTCGTAACCTCAAGTCTCTTCAAGCCAGCACAGAGGCAAACGTGTGCTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTAACCTCAAGTCTCTTCAAGCCAGCACAGAGGCAAACGTGTGCTTT  781

seq1  GGATATTGCCAAAGGAAAAAGAAAGTGCTAAGTCCTAAAACTTTCACCTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTGCCAAAGGAAAAAGAAAGTGCTAAGTCCTAAAACTTTCACCTG  831

seq1  CATGTGGGACTTTCTGCCTGCAGCTTTGCTTCCTAGCTCTCTGGGCTAGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGGACTTTCTGCCTGCAGCTTTGCTTCCTAGCTCTCTGGGCTAGT  881

seq1  CCATTTATATGTTCATATAATATTGCTTCCACTTTCTTACCTACCCTTTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTATATGTTCATATAATATTGCTTCCACTTTCTTACCTACCCTTTC  931

seq1  ATATGCATTAGGACTTGCACAGACATGCGTGTTGTTATTTTGAAAATCAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCATTAGGACTTGCACAGACATGCGTGTTGTTATTTTGAAAATCAA  981

seq1  ATCCATGCCTGTATTGTTCTGCTTACTCTTGATTTGCATTGTTCAACCTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATGCCTGTATTGTTCTGCTTACTCTTGATTTGCATTGTTCAACCTT  1031

seq1  TTTAAGGTTTTGTTTGCTGTCTGGTTTTCCTTTTGGAGGAGGGTTATTTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGTTTTGTTTGCTGTCTGGTTTTCCTTTTGGAGGAGGGTTATTTT  1081

seq1  GATTTGGAGTTCTTCTTTATTAATTGTGACATCTTTAGGGTCTAACGATC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGGAGTTCTTCTTTATTAATTGTGACATCTTTAGGGTCTAACGATC  1131

seq1  AAACCAACTTGTTTCTCTTTCATCATCTTTTTCTTTATTGAATTC  1192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAACTTGTTTCTCTTTCATCATCTTTTTCTTTATTGAATTC  1176