BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233L02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 74,852,032 - 74,956,072
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC031353, Arpp19, LOC100040812, Myo5a, LOC677501
Upstream geneWdr72, Nr1h2-ps, LOC100040764, Onecut1
Downstream geneMyo5c, Gnb5, Bcl2l10, LOC384954, Mapk6, Leo1, EG666190, LOC100042070, Tmod3, Tmod2, Lysmd2, Scg3, LOC100042107, Bmp5, EG620071, Hmgcll1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233L02.bB6Ng01-233L02.g
ACCGA045676GA045677
length1,073940
definitionB6Ng01-233L02.b B6Ng01-233L02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,954,996 - 74,956,072)(74,852,032 - 74,852,969)
sequence
gaattctttcatatgctgtccaattcacatagtatgtgagcatcttccta
cattccacattaagtcatcagcatctgatttgtgttggtgcgtttatcca
ttgtgaatgtttgcaaaatgactttgtatgatttcaacacatccagtgtg
tgtgtgtccctctgagccatgagctgaagacagaaattatcaccagtgtc
cactcctctgaactggacaaattaatgtcattctacatgactactcacaa
ttatggaatgtctgggataaaatattccagagctgttattttaaaatgta
cacaacaggtttccaaagtaaatagggaaatattaaaacaaaaagaccta
gaaaatcttgaaaaatgtcacacttagtaattgtatatgtaatttaaaaa
cattatgaaatatacatacaagagaagataaatgtatgtatacacataca
cacagtgatacaacaaaccatcatatagctatctctcaggctcagaaaca
gagtagcagtgattgttctgaacccctcaacagaacagcctcttcagcac
tcctcctgctgtttcacttcactgttctccactcatgtcagtctatattt
gctgtaccctgaagggccatgctgggtcacatgtctatgcctttgcttca
gttctttcctccatttggatcaccgctcctctatttccaaccagtaggac
accatttacccttctgatctgtcctcagtgcctttccttacctgtcactt
ggcacttcattctcaatgtttcctgtatctcatacagtcttcaactaagc
ttttcattccactacttgatgacttatcccaatctagagactgtgagctc
cttgaaaggaagtatgtctttttcacctttgcctctctggaattttacac
aagccctgcccttaataatctttcatgaactctggtcatgtactcatcac
acctgggtagaaatgatgatagctaaatagcaataacaactcttaacaaa
atttatcacagatctttgaagaatgaagctgtaaatattgagcatttctg
tgtactcaggatttacattaata
gaattcttaatacaatgaagaattttcttttttatgccagatgccttgga
tgagtattttgaatatgacgcagaggagttcttggtctctttggccttgc
tgataactgaaggacgaaccccggagtgctctgtgaaaggccgtgcagag
agtttccactgccctccagcgcagtctcgcttcccaggaacggccagaca
tgaatgcagcgacaagctggcccaggtgaggaccggaccaggctccattg
ctgtttgtgctctgatgtcttcttccctgctgttctgtcatggtgatttt
tatatttgaatgtggcttggaagtgctccaggtgactccctaagctgagg
cgatgttggaagccctcctgcctcccactccacagtagtcttctatgctg
ccatcccctttcctttagctatggactcttttttatttttcaatttttta
ttagatattttcttcatatacatttcaaatgctatcctgaaagtccccta
taccctcccccgccctgctcccctacccacccactcccacttcttcgccc
tggtgttcccctgtactgaggcatataaagtttgcaagatcaaggggcct
ctcttcccagtgatgtccgactacaccatcttctactacatatgtagcta
gagacacgagctccggggtactggttagttcatattgtttttccacctat
agggttgcagacccctttagctccttgggtactttctctagatcctccat
tggggggccctatgatccatccaatagctgactgtgagcatccacttctg
tgtttgcccagccactggcataatctcacaagagacagggtcctttcagc
gaaatcttgctggcatatgcaatagtgtctgcgtttggaggatgattatg
ggatggatctccggatgggaacagtctctgaatggtccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_74954996_74956072
seq2: B6Ng01-233L02.b_47_1119 (reverse)

seq1  TATTTATGTAAAATCCCTGAGTACACAGAAAATGCTCAATAATTACAGCT  50
      |||| |||||||   ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TATTAATGTAAA--TCCTGAGTACACAG-AAATGCTCAATATTTACAGCT  47

seq1  TCATTTCTTCAAAGATCTGTGATAAATTTTGTT-AGAGTTGTTATTGCTA  99
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCA-TTCTTCAAAGATCTGTGATAAATTTTGTTAAGAGTTGTTATTGCTA  96

seq1  TTTAGCTTATCATCATTTCTACCCAGGTGTGATGAGTACATGACCAGAGT  149
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGC-TATCATCATTTCTACCCAGGTGTGATGAGTACATGACCAGAGT  145

seq1  TCATGAAAGATTATTAAGGGCAGGGCTTGTGTAAAATTCCAGAGAGGCAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAAGATTATTAAGGGCAGGGCTTGTGTAAAATTCCAGAGAGGCAA  195

seq1  AGGTGAAAAAGACATACTTCCTTTCAAGGAGCTCACAGTCTCTAGATTGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAAAAAGACATACTTCCTTTCAAGGAGCTCACAGTCTCTAGATTGG  245

seq1  GATAAGTCATCAAGTAGTGGAATGAAAAGCTTAGTTGAAGACTGTATGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGTCATCAAGTAGTGGAATGAAAAGCTTAGTTGAAGACTGTATGAG  295

seq1  ATACAGGAAACATTGAGAATGAAGTGCCAAGTGACAGGTAAGGAAAGGCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGAAACATTGAGAATGAAGTGCCAAGTGACAGGTAAGGAAAGGCA  345

seq1  CTGAGGACAGATCAGAAGGGTAAATGGTGTCCTACTGGTTGGAAATAGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGACAGATCAGAAGGGTAAATGGTGTCCTACTGGTTGGAAATAGAG  395

seq1  GAGCGGTGATCCAAATGGAGGAAAGAACTGAAGCAAAGGCATAGACATGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGGTGATCCAAATGGAGGAAAGAACTGAAGCAAAGGCATAGACATGT  445

seq1  GACCCAGCATGGCCCTTCAGGGTACAGCAAATATAGACTGACATGAGTGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGCATGGCCCTTCAGGGTACAGCAAATATAGACTGACATGAGTGG  495

seq1  AGAACAGTGAAGTGAAACAGCAGGAGGAGTGCTGAAGAGGCTGTTCTGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGTGAAGTGAAACAGCAGGAGGAGTGCTGAAGAGGCTGTTCTGTT  545

seq1  GAGGGGTTCAGAACAATCACTGCTACTCTGTTTCTGAGCCTGAGAGATAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGTTCAGAACAATCACTGCTACTCTGTTTCTGAGCCTGAGAGATAG  595

seq1  CTATATGATGGTTTGTTGTATCACTGTGTGTATGTGTATACATACATTTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATGATGGTTTGTTGTATCACTGTGTGTATGTGTATACATACATTTA  645

seq1  TCTTCTCTTGTATGTATATTTCATAATGTTTTTAAATTACATATACAATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTTGTATGTATATTTCATAATGTTTTTAAATTACATATACAATT  695

seq1  ACTAAGTGTGACATTTTTCAAGATTTTCTAGGTCTTTTTGTTTTAATATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGTGTGACATTTTTCAAGATTTTCTAGGTCTTTTTGTTTTAATATT  745

seq1  TCCCTATTTACTTTGGAAACCTGTTGTGTACATTTTAAAATAACAGCTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTATTTACTTTGGAAACCTGTTGTGTACATTTTAAAATAACAGCTCT  795

seq1  GGAATATTTTATCCCAGACATTCCATAATTGTGAGTAGTCATGTAGAATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATTTTATCCCAGACATTCCATAATTGTGAGTAGTCATGTAGAATG  845

seq1  ACATTAATTTGTCCAGTTCAGAGGAGTGGACACTGGTGATAATTTCTGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAATTTGTCCAGTTCAGAGGAGTGGACACTGGTGATAATTTCTGTC  895

seq1  TTCAGCTCATGGCTCAGAGGGACACACACACACTGGATGTGTTGAAATCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTCATGGCTCAGAGGGACACACACACACTGGATGTGTTGAAATCA  945

seq1  TACAAAGTCATTTTGCAAACATTCACAATGGATAAACGCACCAACACAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGTCATTTTGCAAACATTCACAATGGATAAACGCACCAACACAAA  995

seq1  TCAGATGCTGATGACTTAATGTGGAATGTAGGAAGATGCTCACATACTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGCTGATGACTTAATGTGGAATGTAGGAAGATGCTCACATACTAT  1045

seq1  GTGAATTGGACAGCATATGAAAGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTGGACAGCATATGAAAGAATTC  1073

seq1: chr9_74852032_74852969
seq2: B6Ng01-233L02.g_65_1004

seq1  GAATTCTTAATACAATGAAGAATTTTCTTTTTTATGCCAGATGCCTTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAATACAATGAAGAATTTTCTTTTTTATGCCAGATGCCTTGGA  50

seq1  TGAGTATTTTGAATATGACGCAGAGGAGTTCTTGGTCTCTTTGGCCTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATTTTGAATATGACGCAGAGGAGTTCTTGGTCTCTTTGGCCTTGC  100

seq1  TGATAACTGAAGGACGAACCCCGGAGTGCTCTGTGAAAGGCCGTGCAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACTGAAGGACGAACCCCGGAGTGCTCTGTGAAAGGCCGTGCAGAG  150

seq1  AGTTTCCACTGCCCTCCAGCGCAGTCTCGCTTCCCAGGAACGGCCAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCACTGCCCTCCAGCGCAGTCTCGCTTCCCAGGAACGGCCAGACA  200

seq1  TGAATGCAGCGACAAGCTGGCCCAGGTGAGGACCGGACCAGGCTCCATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCAGCGACAAGCTGGCCCAGGTGAGGACCGGACCAGGCTCCATTG  250

seq1  CTGTTTGTGCTCTGATGTCTTCTTCCCTGCTGTTCTGTCATGGTGATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGTGCTCTGATGTCTTCTTCCCTGCTGTTCTGTCATGGTGATTTT  300

seq1  TATATTTGAATGTGGCTTGGAAGTGCTCCAGGTGACTCCCTAAGCTGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTGAATGTGGCTTGGAAGTGCTCCAGGTGACTCCCTAAGCTGAGG  350

seq1  CGATGTTGGAAGCCCTCCTGCCTCCCACTCCACAGTAGTCTTCTATGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGTTGGAAGCCCTCCTGCCTCCCACTCCACAGTAGTCTTCTATGCTG  400

seq1  CCATCCCCTTTCCTTTAGCTATGGACTCTTTTTTATTTTTCAATTTTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCCTTTCCTTTAGCTATGGACTCTTTTTTATTTTTCAATTTTTTA  450

seq1  TTAGATATTTTCTTCATATACATTTCAAATGCTATCCTGAAAGTCCCCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATATTTTCTTCATATACATTTCAAATGCTATCCTGAAAGTCCCCTA  500

seq1  TACCCTCCCCCGCCCTGCTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTCGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCCCCCGCCCTGCTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTCGCCC  550

seq1  TGGTGTTCCCCTGTACTGAGGCATATAAAGTTTGCAAGATCAAGGGGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTCCCCTGTACTGAGGCATATAAAGTTTGCAAGATCAAGGGGCCT  600

seq1  CTCTTCCCAGTGATGTCCGACTACACCATCTTCTACTACATATGTAGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCCAGTGATGTCCGACTACACCATCTTCTACTACATATGTAGCTA  650

seq1  GAGACACGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTTTTCCACCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTTTTCCACCTAT  700

seq1  AGGGTTGCAGACCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGATCCTCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGCAGACCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGATCCTCCAT  750

seq1  TGGGGGGCCCTATGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGGCCCTATGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTG  800

seq1  TGTTTG-CCAGCCACTGGCATAATCTCACAAGAGACAGGGTCCTTTCAGC  849
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCCCAGCCACTGGCATAATCTCACAAGAGACAGGGTCCTTTCAGC  850

seq1  GAAATCTTGCTGGCATATGCAATAGTGTCTGCGTTTGGAGGATGATTATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTTGCTGGCATATGCAATAGTGTCTGCGTTTGGAGGATGATTATG  900

seq1  GGATGGATCTCCGGATGGG-ACAGTCTCTGAATGGTCCAT  938
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATCTCCGGATGGGAACAGTCTCTGAATGGTCCAT  940