BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234L03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 121,267,066 - 121,458,761
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrak1, Cck
Upstream geneMyrip, Eif1b, LOC638068, Entpd3, Rpl14, 5830454E08Rik, LOC100040010, Ctnnb1, Ulk4
Downstream geneLyzl4, Vipr1, LOC100040063, Sec22c, Deb1, Nktr, Kbtbd5, Hhatl, Ccdc13, Higd1a, Ccbp2, Cyp8b1, C730027P07Rik, C85492, LOC100040121, Snrk, Tmem16k, Abhd5, LOC100040193, LOC100040204
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234L03.bB6Ng01-234L03.g
ACCGA046387GA046388
length1,144974
definitionB6Ng01-234L03.b B6Ng01-234L03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,457,625 - 121,458,761)(121,267,066 - 121,268,032)
sequence
gaattcattactatatttatgacctctaatgaggtctacattttgtctgc
ttcctgttgtattcctggttaactgtggtgtctgtcattccctccatttt
accttgcctatgctcatggggccagacaaccagggcctctgacactgtga
gccaggacaaaccttctcccctttgagtcactctcccacccaatattttg
tcacaacaacaaagatctaactatagggtgtttttggacacgagggtgtt
gatggacatgagggtgttgatgaacatgaagggtgttgatggacatgaag
gcagatgggtatcaggtctctctgaggtcatggagcactgctttcccgat
catggttttatcttttgctaagaaaccaagtggagtgataacccaaggca
gagtttccatccccagcctcacccttgcccggaagccctgagataagcct
gcttcttatcacacctttaaaaccctgtctccgaagccagaggcaacagc
tgttcacagatagtggttggtctgaccaatgatttttcttaggaagtacc
aaagtactcacaatttgctctttgccaggcttcagccacaaatcacgagt
ctggagacccagcataggcttcatttacccaaaggcctgtgggagctgat
tgtctgtctacccagggaacggtttcatctgtgagaattggcatttatca
ttgacactactctggactatttattacaattcccatgcagtctgcaccct
gatacatgtcagaattagaaaggaatcaaattatctcatcaaaacaacta
gaagaaatagtgcactcccaaggttctgaggttgggagagcaccattcaa
gaaagggaggaccctcactcgtctccagttctctgtccactgacagctct
gggtctcacactggcctcgtttgcatttcaagctgtaacaaaagcatctg
gggaaattaagctcagttggtaaagctgttgttcagtctctgaggatcca
aatcatatgcacagaagccacgttaaaagttggacttgggtagtgttgta
cgtttctatttgcagcccctggggagatgagacaggttagactcctgggc
cttttctggcccagccagtcttagcaactgatgagcttcctggt
gaattccccacgcctttctacaccctctcatcaagaggatggttctatcc
tggagtgaccctggagtgaatcttgggtagcgcgagcggcttgttggttg
ttgacttcttggccacggtgctctttaccccacctggctgaaactcatct
cctgttccactgttcagtgttggcatgcagctcccactagccacttgtta
tagagccagtggactcatgggagtgacaggaagggcatcgaaggtcagag
agcgctaagatggggagttttgggaggctttggctactggagccccacat
ctctgctgactggacaggtgtaggcccgtgtgtcttcatggagttccttt
gattctgctatggtgggaatgccatcttatagatccagggtggagggaat
ggtttgtcgtgagtggccacatggtgtgcctgactctccttaagtccagc
accactcaccctgagcagtaacatatctggagccattcaagcaaggctat
gcttctggccaggttgtttggcttccctgagcccagattctcccgaggaa
agcagatgctaatgctgctcgcttcgtgtaagttacgagccttaaacaag
gccacaccttccattccgggcagtagctcagcttccagtcctggccgtgc
cagggttgcctggactttaaaatagtacaagttagcctcagcacccttct
gagcagctgacagtaacagtggcaaccgaaggtttgtcatggtggagagg
gaggcaccagcaccccacacagtccctttgtcgctgcagacacagccagc
atttgctgctggaggccccaagagtccagtacccccagggacatccgctg
agataaagtcaggttcctggctacttagcagaaagggaattctgagcatg
aattcaggttgaagcagtgaaggaattcaagagtaccatacggctccaag
gggaaaatgaaaatgggaatgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_121457625_121458761
seq2: B6Ng01-234L03.b_46_1189 (reverse)

seq1  ACCAGG-AGCTCATCAGTTTGCAAAGACTGGCT-GGCCAG-AAAGCCCCA  47
      |||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||| ||||
seq2  ACCAGGAAGCTCATCAG-TTGCTAAGACTGGCTGGGCCAGAAAAGGCCCA  49

seq1  GGAATCT-ACCTGTCTCCATCTCCCCA-GGGCTGCAATTAGAAACGTAC-  94
      ||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| 
seq2  GGAGTCTAACCTGTCT-CATCTCCCCAGGGGCTGCAAATAGAAACGTACA  98

seq1  ACACTA-CCAAGTCCAACTTTTAAACGTGGCTTCTGTGCATATGATTTGG  143
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACCCAAGTCCAACTTTT-AACGTGGCTTCTGTGCATATGATTTGG  147

seq1  ATCCTCAGA-CTTGAACAACAGCTTTACCAACTGAGCTTAATTT-CCCAG  191
      |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATCCTCAGAGACTGAACAACAGCTTTACCAACTGAGCTTAATTTCCCCAG  197

seq1  ATGCTTTTGTTACAGCTTGAAATGCAAACGA-GCCAGTGTGAGACCCAGA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTGTTACAGCTTGAAATGCAAACGAGGCCAGTGTGAGACCCAGA  247

seq1  GCTGTCAGTGGACAGAGAACTGGAGACGAGTGAGGGTCCTCCCTTTCTTG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCAGTGGACAGAGAACTGGAGACGAGTGAGGGTCCTCCCTTTCTTG  297

seq1  AATGGTGCTCTCCCAACCTCAGAACCTTGGGAGTGCACTATTTCTTCTAG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGCTCTCCCAACCTCAGAACCTTGGGAGTGCACTATTTCTTCTAG  347

seq1  TTGTTTTGATGAGATAATTTGATTCCTTTCTAATTCTGACATGTATCAGG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGATGAGATAATTTGATTCCTTTCTAATTCTGACATGTATCAGG  397

seq1  GTGCAGACTGCATGGGAATTGTAATAAATAGTCCAGAGTAGTGTCAATGA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGACTGCATGGGAATTGTAATAAATAGTCCAGAGTAGTGTCAATGA  447

seq1  TAAATGCCAATTCTCACAGATGAAACCGTTCCCTGGGTAGACAGACAATC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCCAATTCTCACAGATGAAACCGTTCCCTGGGTAGACAGACAATC  497

seq1  AGCTCCCACAGGCCTTTGGGTAAATGAAGCCTATGCTGGGTCTCCAGACT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCACAGGCCTTTGGGTAAATGAAGCCTATGCTGGGTCTCCAGACT  547

seq1  CGTGATTTGTGGCTGAAGCCTGGCAAAGAGCAAATTGTGAGTACTTTGGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATTTGTGGCTGAAGCCTGGCAAAGAGCAAATTGTGAGTACTTTGGT  597

seq1  ACTTCCTAAGAAAAATCATTGGTCAGACCAACCACTATCTGTGAACAGCT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTAAGAAAAATCATTGGTCAGACCAACCACTATCTGTGAACAGCT  647

seq1  GTTGCCTCTGGCTTCGGAGACAGGGTTTTAAAGGTGTGATAAGAAGCAGG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCTCTGGCTTCGGAGACAGGGTTTTAAAGGTGTGATAAGAAGCAGG  697

seq1  CTTATCTCAGGGCTTCCGGGCAAGGGTGAGGCTGGGGATGGAAACTCTGC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTCAGGGCTTCCGGGCAAGGGTGAGGCTGGGGATGGAAACTCTGC  747

seq1  CTTGGGTTATCACTCCACTTGGTTTCTTAGCAAAAGATAAAACCATGATC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTTATCACTCCACTTGGTTTCTTAGCAAAAGATAAAACCATGATC  797

seq1  GGGAAAGCAGTGCTCCATGACCTCAGAGAGACCTGATACCCATCTGCCTT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGCAGTGCTCCATGACCTCAGAGAGACCTGATACCCATCTGCCTT  847

seq1  CATGTCCATCAACACCCTTCATGTTCATCAACACCCTCATGTCCATCAAC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCATCAACACCCTTCATGTTCATCAACACCCTCATGTCCATCAAC  897

seq1  ACCCTCGTGTCCAAAAACACCCTATAGTTAGATCTTTGTTGTTGTGACAA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCGTGTCCAAAAACACCCTATAGTTAGATCTTTGTTGTTGTGACAA  947

seq1  AATATTGGGTGGGAGAGTGACTCAAAGGGGAGAAGGTTTGTCCTGGCTCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGGGTGGGAGAGTGACTCAAAGGGGAGAAGGTTTGTCCTGGCTCA  997

seq1  CAGTGTCAGAGGCCCTGGTTGTCTGGCCCCATGAGCATAGGCAAGGTAAA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCAGAGGCCCTGGTTGTCTGGCCCCATGAGCATAGGCAAGGTAAA  1047

seq1  ATGGAGGGAATGACAGACACCACAGTTAACCAGGAATACAACAGGAAGCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGGAATGACAGACACCACAGTTAACCAGGAATACAACAGGAAGCA  1097

seq1  GACAAAATGTAGACCTCATTAGAGGTCATAAATATAGTAATGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAATGTAGACCTCATTAGAGGTCATAAATATAGTAATGAATTC  1144

seq1: chr9_121267066_121268032
seq2: B6Ng01-234L03.g_69_1042

seq1  GAATTCCCCACGCCTTTCTACACCCTCTCATCAAGAGGATGGTTCTATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCACGCCTTTCTACACCCTCTCATCAAGAGGATGGTTCTATCC  50

seq1  TGGAGTGACCCTGGAGTGAATCTTGGGTAGCGCGAGCGGCTTGTTGGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTGACCCTGGAGTGAATCTTGGGTAGCGCGAGCGGCTTGTTGGTTG  100

seq1  TTGACTTCTTGGCCACGGTGCTCTTTACCCCACCTGGCTGAAACTCATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTTCTTGGCCACGGTGCTCTTTACCCCACCTGGCTGAAACTCATCT  150

seq1  CCTGTTCCACTGTTCAGTGTTGGCATGCAGCTCCCACTAGCCACTTGTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCCACTGTTCAGTGTTGGCATGCAGCTCCCACTAGCCACTTGTTA  200

seq1  TAGAGCCAGTGGACTCATGGGAGTGACAGGAAGGGCATCGAAGGTCAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCAGTGGACTCATGGGAGTGACAGGAAGGGCATCGAAGGTCAGAG  250

seq1  AGCGCTAAGATGGGGAGTTTTGGGAGGCTTTGGCTACTGGAGCCCCACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCTAAGATGGGGAGTTTTGGGAGGCTTTGGCTACTGGAGCCCCACAT  300

seq1  CTCTGCTGACTGGACAGGTGTAGGCCCGTGTGTCTTCATGGAGTTCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTGACTGGACAGGTGTAGGCCCGTGTGTCTTCATGGAGTTCCTTT  350

seq1  GATTCTGCTATGGTGGGAATGCCATCTTATAGATCCAGGGTGGAGGGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGCTATGGTGGGAATGCCATCTTATAGATCCAGGGTGGAGGGAAT  400

seq1  GGTTTGTCGTGAGTGGCCACATGGTGTGCCTGACTCTCCTTAAGTCCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTCGTGAGTGGCCACATGGTGTGCCTGACTCTCCTTAAGTCCAGC  450

seq1  ACCACTCACCCTGAGCAGTAACATATCTGGAGCCATTCAAGCAAGGCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTCACCCTGAGCAGTAACATATCTGGAGCCATTCAAGCAAGGCTAT  500

seq1  GCTTCTGGCCAGGTTGTTTGGCTTCCCTGAGCCCAGATTCTCCCGAGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTGGCCAGGTTGTTTGGCTTCCCTGAGCCCAGATTCTCCCGAGGAA  550

seq1  AGCAGATGCTAATGCTGCTCGCTTCGTGTAAGTTACGAGCCTTAAACAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATGCTAATGCTGCTCGCTTCGTGTAAGTTACGAGCCTTAAACAAG  600

seq1  GCCACACCTTCCATTCCGGGCAGTAGCTCAGCTTCCAGTCCTGGCCGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACCTTCCATTCCGGGCAGTAGCTCAGCTTCCAGTCCTGGCCGTGC  650

seq1  CAGGGTTGCCTGGACTTTAAAATAGTACAAGTTAGCCTCAGCA-CCTTCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGGGTTGCCTGGACTTTAAAATAGTACAAGTTAGCCTCAGCACCCTTCT  700

seq1  GAGCAGCTGACAGTAACAGTGGCAACCGAAGGTTTGTCATGGTGGAGAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCTGACAGTAACAGTGGCAACCGAAGGTTTGTCATGGTGGAGAGG  750

seq1  GAGGCACCAGCACCCCACACAGTCCCTTTGTCAGCTGCAGACACAGCCAG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGGCACCAGCACCCCACACAGTCCCTTTGTC-GCTGCAGACACAGCCAG  799

seq1  CA-TTGCTGCTGGAGGCCCCAAGAGTCCAGTACCCCCAGGGACATCCGCT  848
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCTGCTGGAGGCCCCAAGAGTCCAGTACCCCCAGGGACATCCGCT  849

seq1  GAGATAAAGTCAGGTTCCTGGCTACTTAGCAGAAAGG--AATCTGAGCAT  896
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||
seq2  GAGATAAAGTCAGGTTCCTGGCTACTTAGCAGAAAGGGAATTCTGAGCAT  899

seq1  GAA-TCAGGGTGAAGCAAGTGAAGGAATCAGAGAG-AACATAC-GCTTCA  943
      ||| ||||| |||||| |||||||||||   |||| | ||||| ||| ||
seq2  GAATTCAGGTTGAAGC-AGTGAAGGAATTCAAGAGTACCATACGGCTCCA  948

seq1  AGGGAAAAATG-AAATGGG-ATGGGG  967
      |||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  AGGGGAAAATGAAAATGGGAATGGGG  974