BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238I02
Chromosome9 (Build37)
Map Location 28,658,450 - 28,753,877
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOpcml
Upstream genenone
Downstream geneHnt, LOC625222
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238I02.bB6Ng01-238I02.g
ACCGA049181GA049182
length1,144870
definitionB6Ng01-238I02.b B6Ng01-238I02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,658,450 - 28,659,586)(28,753,012 - 28,753,877)
sequence
gaattcacagtctaggaagagatagcacacctctggataaatatatttgc
cacatccctggaaacttttgtttcctccagttccttggaagtttttgtaa
ctatggttacttaggagtaaccttttcttctggggttgtatttctcaaat
acgctggaatttacctaatcctaaaacagttttaggttactcctaagact
ttcagcctcaaacccagacctaccaaactagggataccatccacttaaca
agcaagcagcacgggctgataaagatgaataatttcagtttatcaggagg
caatgcaagatgaagacgggatgtgactgttaaggcactgtttaatgatg
aaacttaatttccctagccgttctgaaaaaccaattggttttcccccttt
taggctcactttaacgacagtgtcccgttcaatcccaacttgatgtatga
ggtaattaagcaagtctagatctgcatttcacaacttattacctccgtct
tcattgctccttcaaacctgactctaagccccaaacaagataaatggacc
cattctttggctccttgggtcttcatgatgatggccctgctttattcttc
tttctacatttctgggaactagtaaccctcctgcaaaggtcagcttagtg
tttgggtactaatccctgttgataatgtactctttgatgctattcatctg
taattataagtaatacttagccaccaagtttctcctcatcgctaccaggt
ctttgcaactaatacacatttcacccttagaaaaaaacctacagcacagt
tgctattagcactattgcctttgtattatggttgctgaggcaccgaaaga
gtaaaataggtccatcagatcatcaagacagtaagtgtggtaacagcttt
tcactcccaggcattcagattccacaattttagctcctaaagatgaaatg
attctttcctccctctgaggctcatataggagacaaatgggtttctggct
tgagctgattttactcctatatatatgtgctgatgggaggttactctggg
gatcatctcttgtgccacatctgacaggttgtctgacatcatactggagg
caagttccctctctgggcccttgtccatgtgcttcacacctttc

gaattccaatttcagagggtatgaagaagtacggaattttgccagagtaa
gtccaatgtcccactgaataaggtgcaatggtcaccctgttaatttgagt
tcctcatgtgagtgcttacacaggaaagaagttaatagctatgtttgagt
taattggccttgtttacatgaggaactagagttggttctacataataaag
acaaatgagttggcaacttcattgagatattacttggaattcccatgctt
gataacaactgttaatgagcaattaaaaaaaaaaaacccacaacccaacg
agtgtaagaaaactaatgacttccatgccaggggcaacagagtctggatc
attctcccatacactcaaccctggccaggttagggtatgtctatgtgtca
tggtggatatttgttgggaaaggaaaataagaacatcatctgtaggcgtg
ggagcagctacttggtagcttctctgcatcagtcatctcgttttgtagcc
tcaagggcctttcctcaagagattgggcttgtgccctgacttcctacttt
ctgggaagatgtataaagctgccaatttcttataacatacatatacaagc
atatacacacagacacaaagtcacagacacagacacacagatacagacac
ccagacacacacacacacacacacacacacacacacacacacttactcac
tcgcttttatgcctttgtttactgccaaatctaacccaccatcctctttc
aggttgctctgaaatgaaacttaggagatttcattcattactttctctac
caaagagagaaacaaagtacaaaaggttgggtacatagggaaggtggaag
gatatgggaaagaagttgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_28658450_28659586
seq2: B6Ng01-238I02.b_43_1186

seq1  GAATTCACAGTCTAGGAAGAGATAGCACACCTCTGGATAAATATATTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTCTAGGAAGAGATAGCACACCTCTGGATAAATATATTTGC  50

seq1  CACATCCCTGGAAACTTTTGTTTCCTCCAGTTCCTTGGAAGTTTTTGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCCTGGAAACTTTTGTTTCCTCCAGTTCCTTGGAAGTTTTTGTAA  100

seq1  CTATGGTTACTTAGGAGTAACCTTTTCTTCTGGGGTTGTATTTCTCAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGTTACTTAGGAGTAACCTTTTCTTCTGGGGTTGTATTTCTCAAAT  150

seq1  ACGCTGGAATTTACCTAATCCTAAAACAGTTTTAGGTTACTCCTAAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTGGAATTTACCTAATCCTAAAACAGTTTTAGGTTACTCCTAAGACT  200

seq1  TTCAGCCTCAAACCCAGACCTACCAAACTAGGGATACCATCCACTTAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCTCAAACCCAGACCTACCAAACTAGGGATACCATCCACTTAACA  250

seq1  AGCAAGCAGCACGGGCTGATAAAGATGAATAATTTCAGTTTATCAGGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCAGCACGGGCTGATAAAGATGAATAATTTCAGTTTATCAGGAGG  300

seq1  CAATGCAAGATGAAGACGGGATGTGACTGTTAAGGCACTGTTTAATGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCAAGATGAAGACGGGATGTGACTGTTAAGGCACTGTTTAATGATG  350

seq1  AAACTTAATTTCCCTAGCCGTTCTGAAAAACCAATTGGTTTTCCCCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAATTTCCCTAGCCGTTCTGAAAAACCAATTGGTTTTCCCCCTTT  400

seq1  TAGGCTCACTTTAACGACAGTGTCCCGTTCAATCCCAACTTGATGTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCACTTTAACGACAGTGTCCCGTTCAATCCCAACTTGATGTATGA  450

seq1  GGTAATTAAGCAAGTCTAGATCTGCATTTCACAACTTATTACCTCCGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTAAGCAAGTCTAGATCTGCATTTCACAACTTATTACCTCCGTCT  500

seq1  TCATTGCTCCTTCAAACCTGACTCTAAGCCCCAAACAAGATAAATGGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGCTCCTTCAAACCTGACTCTAAGCCCCAAACAAGATAAATGGACC  550

seq1  CATTCTTTGGCTCCTTGGGTCTTCATGATGATGGCCCTGCTTTATTCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTGGCTCCTTGGGTCTTCATGATGATGGCCCTGCTTTATTCTTC  600

seq1  TTTCTACATTTCTGGGAACTAGTAACCCTCCTGCAAAGGTCAGCTTAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACATTTCTGGGAACTAGTAACCCTCCTGCAAAGGTCAGCTTAGTG  650

seq1  TTTGGGTACTAATCCCTGTTGATAATGTACTCTTTGATGCTATTCATCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTACTAATCCCTGTTGATAATGTACTCTTTGATGCTATTCATCTG  700

seq1  TAATTATAAGTAATACTTAGCCACCAAGTTTCTCCTCAATCGCTACCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAATTATAAGTAATACTTAGCCACCAAGTTTCTCCTC-ATCGCTACCAGG  749

seq1  TCTTTGCAACTAATACACATTTCACCCTTAGAAAAAAACCTACAGCACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCAACTAATACACATTTCACCCTTAGAAAAAAACCTACAGCACAG  799

seq1  TTGCTATTAGCACTATTGCCTTTGTATTATGGTTGCTGAGGCACCG-AAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGCTATTAGCACTATTGCCTTTGTATTATGGTTGCTGAGGCACCGAAAG  849

seq1  AGTAAAATAGGTCCATCAGATCATCAAGACAGTAAGTGTGGTAACAGC-T  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGTAAAATAGGTCCATCAGATCATCAAGACAGTAAGTGTGGTAACAGCTT  899

seq1  TTCACTCCCAGGCATTCAGATTCCACAA-TTTAGCTCCTAAAGATGAAAT  947
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCCCAGGCATTCAGATTCCACAATTTTAGCTCCTAAAGATGAAAT  949

seq1  GATTCTTT-CTCCCTCTGAGGCCTCATATAGGAGACAAAT-GGTTTCTGG  995
      |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GATTCTTTCCTCCCTCTGAGG-CTCATATAGGAGACAAATGGGTTTCTGG  998

seq1  CTTGAGCTGATTTTACTCCTATATATATGTGCCTGATGGGA-GTTACTCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| 
seq2  CTTGAGCTGATTTTACTCCTATATATATGTG-CTGATGGGAGGTTACTC-  1046

seq1  TGGGGATCATCTCCTTGTGCCACATCTGACAAGGTTGTCTGACATCATAC  1094
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATCATCT-CTTGTGCCACATCTGAC-AGGTTGTCTGACATCATAC  1094

seq1  T-GAGGCAAGTCCCCTCT---GGCCCTTGT-CATGTGC-TCACA-CTTTC  1137
      | ||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||| ||||| |||||
seq2  TGGAGGCAAGTTCCCTCTCTGGGCCCTTGTCCATGTGCTTCACACCTTTC  1144


seq1: chr9_28753012_28753877
seq2: B6Ng01-238I02.g_66_935 (reverse)

seq1  TCCAACT--CTTCCCATATCCTTCCACC-TCCCTATGTACCCAACCTTTT  47
      |||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTTCTTTCCCATATCCTTCCACCTTCCCTATGTACCCAACCTTTT  50

seq1  GTACTTTGTTTCTCTCTTTGGTAGAGAAAGTAATGAATGAAATCTCCTAA  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTGTTTCTCTCTTTGGTAGAGAAAGTAATGAATGAAATCTCCTAA  100

seq1  GTTTCATTTCAGAGCAACCTGAAAGAGGATGGTGGGTTAGA-TTGGCAGT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTTTCATTTCAGAGCAACCTGAAAGAGGATGGTGGGTTAGATTTGGCAGT  150

seq1  AAACAAAGGCATAAAAGCGAGTGAGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAGGCATAAAAGCGAGTGAGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  200

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTCTGGGTGTCTGTATCTGTGTGTCTGTGTCTGTGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTCTGGGTGTCTGTATCTGTGTGTCTGTGTCTGTGA  250

seq1  CTTTGTGTCTGTGTGTATATGCTTGTATATGTATGTTATAAGAAATTGGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTCTGTGTGTATATGCTTGTATATGTATGTTATAAGAAATTGGC  300

seq1  AGCTTTATACATCTTCCCAGAAAGTAGGAAGTCAGGGCACAAGCCCAATC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTATACATCTTCCCAGAAAGTAGGAAGTCAGGGCACAAGCCCAATC  350

seq1  TCTTGAGGAAAGGCCCTTGAGGCTACAAAACGAGATGACTGATGCAGAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGGAAAGGCCCTTGAGGCTACAAAACGAGATGACTGATGCAGAGA  400

seq1  AGCTACCAAGTAGCTGCTCCCACGCCTACAGATGATGTTCTTATTTTCCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCAAGTAGCTGCTCCCACGCCTACAGATGATGTTCTTATTTTCCT  450

seq1  TTCCCAACAAATATCCACCATGACACATAGACATACCCTAACCTGGCCAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAACAAATATCCACCATGACACATAGACATACCCTAACCTGGCCAG  500

seq1  GGTTGAGTGTATGGGAGAATGATCCAGACTCTGTTGCCCCTGGCATGGAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAGTGTATGGGAGAATGATCCAGACTCTGTTGCCCCTGGCATGGAA  550

seq1  GTCATTAGTTTTCTTACACTCGTTGGGTTGTGGGTTTTTTTTTTTTAATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTAGTTTTCTTACACTCGTTGGGTTGTGGGTTTTTTTTTTTTAATT  600

seq1  GCTCATTAACAGTTGTTATCAAGCATGGGAATTCCAAGTAATATCTCAAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTAACAGTTGTTATCAAGCATGGGAATTCCAAGTAATATCTCAAT  650

seq1  GAAGTTGCCAACTCATTTGTCTTTATTATGTAGAACCAACTCTAGTTCCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGCCAACTCATTTGTCTTTATTATGTAGAACCAACTCTAGTTCCT  700

seq1  CATGTAAACAAGGCCAATTAACTCAAACATAGCTATTAACTTCTTTCCTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAACAAGGCCAATTAACTCAAACATAGCTATTAACTTCTTTCCTG  750

seq1  TGTAAGCACTCACATGAGGAACTCAAATTAACAGGGTGACCATTGCACCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCACTCACATGAGGAACTCAAATTAACAGGGTGACCATTGCACCT  800

seq1  TATTCAGTGGGACATTGGACTTACTCTGGCAAAATTCCGTACTTCTTCAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGTGGGACATTGGACTTACTCTGGCAAAATTCCGTACTTCTTCAT  850

seq1  ACCCTCTGAAATTGGAATTC  866
      ||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTGAAATTGGAATTC  870


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |