BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241H08
Chromosome9 (Build37)
Map Location 37,574,953 - 37,726,401
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOlfr875, Olfr876, Olfr877, Olfr145, EG627852, Olfr878
Upstream geneStt3a, Ei24, LOC627681, Fez1, Pknox2, LOC100042545, 1810021J13Rik, Slc37a2, LOC100042561, Ccdc15, Hepacam, Robo4, Robo3, BC024479, Esam1, Vsig2, Nrgn, Spa17, Siae, Tbrg1, Panx3, LOC666881, EG627798, Olfr160, Olfr151, Olfr874
Downstream geneGA_x5J8B7W60AJ-1667802-1666911, Olfr880-ps1, Olfr881, Olfr882-ps1, Olfr883, Olfr884, Olfr1550-ps1, Olfr885, Olfr886-ps1, Olfr887, Olfr888, Olfr889, Olfr890, Olfr891, Olfr892-ps1, Olfr893, Olfr894, Olfr143, Olfr895, Olfr896-ps1, Olfr897-ps1, Olfr25, Olfr898, Olfr899, Olfr900, Olfr147, Olfr901, Olfr902, Olfr903-ps1, Olfr904, Olfr905, Olfr906, Olfr907, Olfr908, Olfr909, Olfr910, Olfr912, Olfr913, Olfr914, Olfr915, Olfr916, Olfr917, Olfr918, GA_x5J8B7W60AJ-925630-926226, Olfr919, Loh11cr2a, Olfr920, Olfr921, Olfr922, Olfr923, Olfr924, Olfr26, Olfr925-ps1, Olfr926, GA_x5J8B7W60AJ-719102-719883, Olfr928-ps1, GA_x5J8B7W60AJ-703922-704828
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241H08.bB6Ng01-241H08.g
ACCGA051367GA051368
length1,0741,164
definitionB6Ng01-241H08.b B6Ng01-241H08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,574,953 - 37,576,040)(37,725,242 - 37,726,401)
sequence
gaattcctgtcctttctctttcctcattcttactatctgctgtgatatat
tacataacttgtttattatttgttttctctttcctagtaattgatacata
ctatgtttttgttaatgttttattctataacctctagaacagtgcatggt
agaatttctcaacttgttgaatgagttagtgagtatcactttctttttca
gagtctcagatgtgcttttgtcattaatgaagtacctttgcgcacatttg
aggttctcctcagtgtattcttaattatctcccagagatggatcccttgt
tgcttttctgaactcattcagctcgacttagggtttctattgctatgaag
agactcgatgtgcacatagactcttatgaaggaaaatatttaattggtgc
tgtcctataggttcagaagtttggttcattatcattatggagggaagcat
ggtagtatgcaggcagacatggagctggagaacctaagagttctacttct
gaatcttcaggcagcaggaggagagagtgacactgtgtctggtttgaaca
cctgaaacctcaaagtttccccttctactccccttcccatgacacacttc
ctccaacaatctactctaacaaggccacacctccatatgagcctatgggg
gccattttcattcaaaccagcacagcatacatttcagaagtgttttcttt
ttattgctgagttgaattcaattttaatggaacaccatggcttattcatc
ccttctgttaagccttactttgttaatttccagtttgagcacctgtgaga
tgtcaagtcctgcttggccatgggatgacatgacatggttactgcccctg
gtacagagccagcaggacatggcctccatgagtcttgatggttgctgtgg
gcaaaagacttgcttatatgatagtgtacatgaatgctgaaaacagagtt
tgatatatataatatgtccactatgcaaaatataggatgcagtagaattg
tacaagagtttcataatctaagactaaagcacgcagtatgagtcagctgt
cagaaagatactaagaaagagata
gaattcaacccaattaaggtgatcagtcccaaattgcctataacagtcag
cacatagatacctaagaagacgaagaagagaggcagctggagagctggtt
ggtttgaaaatcccacaaggataaattcagtcacagaggagctatttctt
ggagccattctcttctgagacatcacctagaaaagtgaaataaaacacac
aatgacagctatatacatgcacaatggaagaaggctctagaaggtaaacc
agtgagtatgcatgcctgcttttctttggcctctcctccttcatctacaa
ttctcttcatcttaagccactaatagtgtgactgagcatagctcatttcc
catggactgattaaagaatcaagatgtttatttacatggataacaaggat
tctgttcttgcctaataaatgaggaagcagatgacttctactggctactc
atggactttcaaaaaaagtaactcaagaaccaagagttatctcaaagccc
agtgccttaggctttgttaaatgtggatctgcagaacttattctattcat
gactctttctcaaccacacatgaagttcccacctacagagaaaatcaagc
tcaaactgttccctgctggctctgtttatactgccttccacctccaaatc
tcgttacttaccttaccttagagtcaatgctgaaggctacagagtaataa
atgcttccaagagcccttgtgtatatgtttagaagaaaaccaccaagaaa
gatagaattcagaactttcctttccttctccttggtttttatcagtgcag
ttttatgcaatagctttttccattatcttagaagaagatggtgtcactat
accacaagtctgacatactcagatgttcactcttcttattctcctgttac
taagaatctgtgctttatatgggccccagctctctggggtgctcatggga
aggacctcagttaaggggcatcgtcccagttgcttcttcttatcaacttc
aagaaaaacaaacaagcttttgaacaagaagttaaagctggcatatgcag
gaagttgcaatagctagtgatctggggactgattaaagcagactcccctg
gaattttctaaattcagtctctttagggatgaaccttaacttccaattgt
tttacaggcctgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_37574953_37576040
seq2: B6Ng01-241H08.b_47_1120

seq1  GAATTCCTGTCCTTTCTCTTTCCTCATTCTTACTATCTGCTGTGATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTCCTTTCTCTTTCCTCATTCTTACTATCTGCTGTGATATAT  50

seq1  TACATAACTTGTTTATTATTTGTTTTCTCTTTCCTAGTAATTGATACATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAACTTGTTTATTATTTGTTTTCTCTTTCCTAGTAATTGATACATA  100

seq1  CTATGTTTTTGTTAATGTTTTATTCTATAACCTCTAGAACAGTGCATGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTTTTGTTAATGTTTTATTCTATAACCTCTAGAACAGTGCATGGT  150

seq1  AGAATTTCTCAACTTGTTGAATGAGTTAGTGAGTATCACTTTCTTTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTCTCAACTTGTTGAATGAGTTAGTGAGTATCACTTTCTTTTTCA  200

seq1  GAGTCTCAGATGTGCTTTTGTCATTAATGAAGTACCTTTGCGCACATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCAGATGTGCTTTTGTCATTAATGAAGTACCTTTGCGCACATTTG  250

seq1  AGGTTCTCCTCAGTGTATTCTTAATTATCTCCCAGAGATGGATCCCTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTCCTCAGTGTATTCTTAATTATCTCCCAGAGATGGATCCCTTGT  300

seq1  TGCTTTTCTGAACTCATTCAGCTCGACTTAGGGTTTCTATTGCTATGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTCTGAACTCATTCAGCTCGACTTAGGGTTTCTATTGCTATGAAG  350

seq1  AGACTCGATGTGCACATAGACTCTTATGAAGGAAAATATTTAATTGGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCGATGTGCACATAGACTCTTATGAAGGAAAATATTTAATTGGTGC  400

seq1  TGTCCTATAGGTTCAGAAGTTTGGTTCATTATCATTATGGAGGGAAGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTATAGGTTCAGAAGTTTGGTTCATTATCATTATGGAGGGAAGCAT  450

seq1  GGTAGTATGCAGGCAGACATGGAGCTGGAGAACCTAAGAGTTCTACTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTATGCAGGCAGACATGGAGCTGGAGAACCTAAGAGTTCTACTTCT  500

seq1  GAATCTTCAGGCAGCAGGAGGAGAGAGTGACACTGTGTCTGGTTTGAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTCAGGCAGCAGGAGGAGAGAGTGACACTGTGTCTGGTTTGAACA  550

seq1  CCTGAAACCTCAAAGTTTCCCCTTCTACTCCCCTTCCCATGACACACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAACCTCAAAGTTTCCCCTTCTACTCCCCTTCCCATGACACACTTC  600

seq1  CTCCAACAATCTACTCTAACAAGGCCACACCTCCATATGAGCCTATGGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAACAATCTACTCTAACAAGGCCACACCTCCATATGAGCCTATGGGG  650

seq1  GCCATTTTCATTCAAACCAGCACAGCATACATTTCAGAAGTGTTTTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTTCATTCAAACCAGCACAGCATACATTTCAGAAGTGTTTTCTTT  700

seq1  TTATTGCTGAGTTGAATTTCATTTTAATGGAACACCATGGCTTATTCATC  750
      ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCTGAGTTGAATTCAATTTTAATGGAACACCATGGCTTATTCATC  750

seq1  CCTTCTGTTAAGCCTTACTTTGTTAATTTCCAGTTTGAGCACCTGTGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGTTAAGCCTTACTTTGTTAATTTCCAGTTTGAGCACCTGTGAGA  800

seq1  TGTCAAGTCCTGCTTGGCCATGGGATGACATGACATGGTTACTGCCCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGTCCTGCTTGGCCATGGGATGACATGACATGGTTACTGCCCCTG  850

seq1  GTACAGAGCCAGCAGGACATGGGCCTCCATGAGTCTTGATGGTTGCTGTG  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGAGCCAGCAGGACAT-GGCCTCCATGAGTCTTGATGGTTGCTGTG  899

seq1  GGCAAAAGACTTGCTTATATGATAGTGTACATGAATGCTGAAAACAAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGCAAAAGACTTGCTTATATGATAGTGTACATGAATGCTGAAAAC-AGAG  948

seq1  TTTGAATATATATAATATGTCCACTATGCAAAATATAAGGATGCAGTAGG  1000
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  TTTG-ATATATATAATATGTCCACTATGCAAAATAT-AGGATGCAGTA-G  995

seq1  AATTGTACAAGGAGTTTCATAAATCTTAAGGAACTAAGGCAACCGCAGTA  1050
      |||||||||| ||||||||| |||| ||||  ||||| |||  |||||||
seq2  AATTGTACAA-GAGTTTCAT-AATC-TAAG--ACTAAAGCA--CGCAGTA  1038

seq1  TGAGTCAGCTTGTCAGAAAGATACTAAGAAAGAAGATA  1088
      ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGAGTCAGC-TGTCAGAAAGATACTAAGAAAG-AGATA  1074

seq1: chr9_37725242_37726401
seq2: B6Ng01-241H08.g_64_1227 (reverse)

seq1  CACA-GCCTGT-AAACAA-TGACAGT--AGGTTCATCCCCAAAGAGACTG  45
      |||| |||||| |||||| ||  |||  ||||||||||| ||||||||||
seq2  CACAGGCCTGTAAAACAATTGGAAGTTAAGGTTCATCCCTAAAGAGACTG  50

seq1  ATTTTAGAAAAATTCCCAGGGGGAGTCTGCCTTAATCAGGTCCCCAAGAT  95
      | ||||| ||||||||   ||||||||||| ||||||| |||||| ||||
seq2  AATTTAG-AAAATTCC--AGGGGAGTCTGCTTTAATCA-GTCCCC-AGAT  95

seq1  CACTAAGCTA-TGCAACTTCTTGCAATATGCCAGCTTTTACTTCTTG-TC  143
      |||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||
seq2  CACT-AGCTATTGCAACTTCCTGC-ATATGCCAGCTTTAACTTCTTGTTC  143

seq1  AAAAGCCTTGTTTG-TTTTCTTGAAGTTGAT-AGA--GAGCAACTGGGAC  189
      ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||   ||||||||||||
seq2  AAAAG-CTTGTTTGTTTTTCTTGAAGTTGATAAGAAGAAGCAACTGGGAC  192

seq1  GATGCCCCTTAACTGAGGTCCTTCCCATGAGCACCCCAGAGAGCTGGGG-  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GATGCCCCTTAACTGAGGTCCTTCCCATGAGCACCCCAGAGAGCTGGGGC  242

seq1  CCATATAAAGCACAGATTCTTAGTAACAGGAGAATAAGAAGAGTGAACAT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATAAAGCACAGATTCTTAGTAACAGGAGAATAAGAAGAGTGAACAT  292

seq1  CTGAGTATGTCAGACTTGTGGTATAGTGACACCATCTTCTTCTAAGATAA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTATGTCAGACTTGTGGTATAGTGACACCATCTTCTTCTAAGATAA  342

seq1  TGGAAAAAGCTATTGCATAAAACTGCACTGATAAAAACCAAGGAGAAGGA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAAGCTATTGCATAAAACTGCACTGATAAAAACCAAGGAGAAGGA  392

seq1  AAGGAAAGTTCTGAATTCTATCTTTCTTGGTGGTTTTCTTCTAAACATAT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGTTCTGAATTCTATCTTTCTTGGTGGTTTTCTTCTAAACATAT  442

seq1  ACACAAGGGCTCTTGGAAGCATTTATTACTCTGTAGCCTTCAGCATTGAC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGGGCTCTTGGAAGCATTTATTACTCTGTAGCCTTCAGCATTGAC  492

seq1  TCTAAGGTAAGGTAAGTAACGAGATTTGGAGGTGGAAGGCAGTATAAACA  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGTAAGGTAAGTAACGAGATTTGGAGGTGGAAGGCAGTATAAACA  542

seq1  GAGCCAGCAGGGAACAGTTTGAGCTTGATTTTCTCTGTAGGTGGGAACTT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGCAGGGAACAGTTTGAGCTTGATTTTCTCTGTAGGTGGGAACTT  592

seq1  CATGTGTGGTTGAGAAAGAGTCATGAATAGAATAAGTTCTGCAGATCCAC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGGTTGAGAAAGAGTCATGAATAGAATAAGTTCTGCAGATCCAC  642

seq1  ATTTAACAAAGCCTAAGGCACTGGGCTTTGAGATAACTCTTGGTTCTTGA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACAAAGCCTAAGGCACTGGGCTTTGAGATAACTCTTGGTTCTTGA  692

seq1  GTTACTTTTTTTGAAAGTCCATGAGTAGCCAGTAGAAGTCATCTGCTTCC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTTTTTTTGAAAGTCCATGAGTAGCCAGTAGAAGTCATCTGCTTCC  742

seq1  TCATTTATTAGGCAAGAACAGAATCCTTGTTATCCATGTAAATAAACATC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATTAGGCAAGAACAGAATCCTTGTTATCCATGTAAATAAACATC  792

seq1  TTGATTCTTTAATCAGTCCATGGGAAATGAGCTATGCTCAGTCACACTAT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCTTTAATCAGTCCATGGGAAATGAGCTATGCTCAGTCACACTAT  842

seq1  TAGTGGCTTAAGATGAAGAGAATTGTAGATGAAGGAGGAGAGGCCAAAGA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGCTTAAGATGAAGAGAATTGTAGATGAAGGAGGAGAGGCCAAAGA  892

seq1  AAAGCAGGCATGCATACTCACTGGTTTACCTTCTAGAGCCTTCTTCCATT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGGCATGCATACTCACTGGTTTACCTTCTAGAGCCTTCTTCCATT  942

seq1  GTGCATGTATATAGCTGTCATTGTGTGTTTTATTTCACTTTTCTAGGTGA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGTATATAGCTGTCATTGTGTGTTTTATTTCACTTTTCTAGGTGA  992

seq1  TGTCTCAGAAGAGAATGGCTCCAAGAAATAGCTCCTCTGTGACTGAATTT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCAGAAGAGAATGGCTCCAAGAAATAGCTCCTCTGTGACTGAATTT  1042

seq1  ATCCTTGTGGGATTTTCAAACCAACCAGCTCTCCAGCTGCCTCTCTTCTT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGTGGGATTTTCAAACCAACCAGCTCTCCAGCTGCCTCTCTTCTT  1092

seq1  CGTCTTCTTAGGTATCTATGTGCTGACTGTTATAGGCAATTTGGGACTGA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTCTTAGGTATCTATGTGCTGACTGTTATAGGCAATTTGGGACTGA  1142

seq1  TCACCTTAATTGGGTTGAATTC  1160
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTAATTGGGTTGAATTC  1164