BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256K10
Chromosome9 (Build37)
Map Location 72,315,012 - 72,453,983
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTex9, 4930509E16Rik, Rfxdc2
Upstream geneGrinl1a, AA407270, LOC547043, LOC100040537, Cgnl1, Tcf12, EG666001, LOC665959, EG665964, LOC665970, Suhw4, LOC100041760, Mns1, LOC666007
Downstream geneNedd4, EG639396, Prtg, LOC100040694, Pygo1, Dyx1c1, EG546143, Ccpg1, LOC100041896, Pigb, Rab27a, 2410004A20Rik, BC003885, EG436081, Unc13c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256K10.bB6Ng01-256K10.g
ACCGA062554GA062555
length1,1091,124
definitionB6Ng01-256K10.b B6Ng01-256K10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,315,012 - 72,316,128)(72,452,851 - 72,453,983)
sequence
gaattcatatgtgggctcacaaccacctgcagtctaggtgcaagatatct
gacaccctttcctgacctccgtggacacctgtacacacatggtatttaca
tatactcaagcatacataaaataagtaatttttcttacagatctagccat
ctgatacctgaaagggcagaaatatctagaatctataaataatgcaaaaa
acttacagtctgaaaatctcaaatcgcattattatgaaaactacacaggg
atcccatctcacccagtcagaactgacaccatcaagaccagtgctggtga
ggacgcggggaagagcggcttattcactagctggtgggaatggaaactgg
gaaggcaatatgaaggtttctgaagagacaaacatttatttaccatgtga
cccacatgtaccacactggatatctatctgaaggaatctaagttggcagt
tgcgtgggtaaaggcaaagggagacagtatagacggatgagagcatgcca
tctgcaggaagacgcacgcaactgcatgtcgtcagaacaagtgaaacaga
ccagactcagacgatattgctgctttctctcatggagactctaggtttgc
atatgcatttgtatgatattcaagcaaactggaagctgcttgaagggagg
aaggggacagtaaatgaggagaaacagggcacagtaggaagggaactgag
taaactatgatctgtgtgaaaccagtttaatggcaatgtcctagtggagc
atcactgtgtgctgcctgaacatggcggctcctgtctcagtcccaaacgc
taactgtcaaactcaatcacatttcactccaagcatgtgcaggcttatgc
tacactagttatatcttgaaagtatgaaatatatacttaaaacaggccag
aaattgttagacagatgtagagtatcattttaaaagcaaatgtagcttta
aatgctttagaaaacaaaatttaaaatcaatgctctacgtgcaacttcag
ctagagacaaagagcaattcaaaccccaacagaagcagagtgaaacggag
ttgtcagggacacagaaaacagactcagtaaaaacaaagctccgttcttt
gacagagta
gaattcagtttgtatagctcaactttctgtcatgtggagaaactgtcata
attttaaatattggtatccatgtgagtacctccctgataaggacagctct
actatgaggtggcctatctagatttcagtagttttatttttaaagaaaaa
ggattttattattacccattgggaaattctaaatagtcaatgatcctaac
ttatggagaatagagcacatacagttatgatttagaaagcaagggctgta
ttgcaagtcataggtcatgctaggacaaatgaaggtgaggattagcttac
atctcattttcctgctttaactaaagggttcatcaagcaaaatttggtgt
caattaacacctaactcagcattaggttatgttatacaagttataaaaag
gtaaaaaataaaaaatgctctgtttatagaaaaattcactcaacattctt
aaaatgagatcatttggtctttttcttttttacttaaaactatgctttaa
agactgaaataaaattaacatttaatatgactgaaaaggtcacccaaaat
acacagaattcagtcttttttactttgtcatgtcatttataacatcattt
acacaatgtaaaagtaaatatttaattctacaaaaataagctaaaacggg
gctggagagatggctcagcagttaagagcactgactgcacttccaaaggt
cctgagttcaagtcctagcaaccacatggtggttcaaaaccatctataat
gagatctgatgccctcttctgaggtgtctgaagacagctacagtgtactt
acatataacaaataaataataaatcttaaaaatatatattaaaaaaaata
agctaaaacacagtagagaaaattggtgcaagcagaggataactgaccaa
atcttacaccattgagtgctttataagaagtattattttcattttttctc
aagtccttagataaagtttattagaaaaatttatagggctggtgagatgg
ctcagtggggtaagagcacccgactactcttcgaatgtcgaagtcaaatc
ccagcacacatggtggatcacaaccaccgtatgagatctgatccctcttc
tggtatctgagaaagctacggtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_72315012_72316128
seq2: B6Ng01-256K10.b_45_1153

seq1  GAATTCATATGTGGGCTCACAACCACCTGCAGTCTAGGTGCAAGATATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATGTGGGCTCACAACCACCTGCAGTCTAGGTGCAAGATATCT  50

seq1  GACACCCTTTCCTGACCTCCGTGGACACCTGTACACACATGGTATTTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCCTTTCCTGACCTCCGTGGACACCTGTACACACATGGTATTTACA  100

seq1  TATACTCAAGCATACATAAAATAAGTAATTTTTCTTACAGATCTAGCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCAAGCATACATAAAATAAGTAATTTTTCTTACAGATCTAGCCAT  150

seq1  CTGATACCTGAAAGGGCAGAAATATCTAGAATCTATAAATAATGCAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATACCTGAAAGGGCAGAAATATCTAGAATCTATAAATAATGCAAAAA  200

seq1  ACTTACAGTCTGAAAATCTCAAATCGCATTATTATGAAAACTACACAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAGTCTGAAAATCTCAAATCGCATTATTATGAAAACTACACAGGG  250

seq1  ATCCCATCTCACCCAGTCAGAACTGACACCATCAAGACCAGTGCTGGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATCTCACCCAGTCAGAACTGACACCATCAAGACCAGTGCTGGTGA  300

seq1  GGACGCGGGGAAGAGCGGCTTATTCACTAGCTGGTGGGAATGGAAACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCGGGGAAGAGCGGCTTATTCACTAGCTGGTGGGAATGGAAACTGG  350

seq1  GAAGGCAATATGAAGGTTTCTGAAGAGACAAACATTTATTTACCATGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAATATGAAGGTTTCTGAAGAGACAAACATTTATTTACCATGTGA  400

seq1  CCCACATGTACCACACTGGATATCTATCTGAAGGAATCTAAGTTGGCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATGTACCACACTGGATATCTATCTGAAGGAATCTAAGTTGGCAGT  450

seq1  TGCGTGGGTAAAGGCAAAGGGAGACAGTATAGACGGATGAGAGCATGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGGGTAAAGGCAAAGGGAGACAGTATAGACGGATGAGAGCATGCCA  500

seq1  TCTGCAGGAAGACGCACGCAACTGCATGTCGTCAGAACAAGTGAAACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGGAAGACGCACGCAACTGCATGTCGTCAGAACAAGTGAAACAGA  550

seq1  CCAGACTCAGACGATATTGCTGCTTTCTCTCATGGAGACTCTAGGTTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACTCAGACGATATTGCTGCTTTCTCTCATGGAGACTCTAGGTTTGC  600

seq1  ATATGCATTTGTATGATATTCAAGCAAACTGGAAGCTGCTTGAAGGGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCATTTGTATGATATTCAAGCAAACTGGAAGCTGCTTGAAGGGAGG  650

seq1  AAGGGGACAGTAAATGAGGAGAAACAGGGCACAGTAGGAAGGGAACTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGACAGTAAATGAGGAGAAACAGGGCACAGTAGGAAGGGAACTGAG  700

seq1  TAAACTATGATCTGTGTGAAACCAGTTTAATGGCAATGTCCTAGTGGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTATGATCTGTGTGAAACCAGTTTAATGGCAATGTCCTAGTGGAGC  750

seq1  ATCACTGTGTGCTGCCTGAACATGGCGGCTCCTGTCTCAGTCCCAAACGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTGTGCTGCCTGAACATGGCGGCTCCTGTCTCAGTCCCAAACGC  800

seq1  TAACTGTCAAACTCAATCACATTTCACTCCAAGCATGTGCAGGCTTATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTCAAACTCAATCACATTTCACTCCAAGCATGTGCAGGCTTATGC  850

seq1  TACACTAGTTATATCTTGAAAGTATGAAATATATACTTAAAACAGGCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTAGTTATATCTTGAAAGTATGAAATATATACTTAAAACAGGCCAG  900

seq1  AAATTGTTAGACAGATGTAGAGTATCATTTTAAAAGCAAATGTAGCTTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTTAGACAGATGTAGAGTATCATTTTAAAAGCAAATGTAGCTTTA  950

seq1  AATGCTTTAGAAAACAAAATTTAAAATCAATGCTCTAAGGTGCAACTTCA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
seq2  AATGCTTTAGAAAACAAAATTTAAAATCAATGCTCT-ACGTGCAACTTCA  999

seq1  GCTAGAGACAAAAGAGCAAATTCAAACCCAAACAAGAAAGCAGAAGTGAA  1050
      ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||   |||||| ||||||
seq2  GCTAGAGAC-AAAGAGC-AATTCAAACCCCAACA--GAAGCAG-AGTGAA  1044

seq1  AGGGAGTTGTCAGGGACACAGAAAACAGACTCAAGTAAAAACAAAAGCT-  1099
      | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| 
seq2  ACGGAGTTGTCAGGGACACAGAAAACAGACTC-AGTAAAAAC-AAAGCTC  1092

seq1  CGTTCTTTGACAAGAGTA  1117
      ||||||||||| ||||||
seq2  CGTTCTTTGAC-AGAGTA  1109

seq1: chr9_72452851_72453983
seq2: B6Ng01-256K10.g_64_1187 (reverse)

seq1  ACACCGTAGCTGTCTTCAGATACACCAGAAGAGGGAATCAGATCTCATTA  50
      ||||||||||| || ||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  ACACCGTAGCTTTC-TCAGAT--ACCAGAAGAGGG-ATCAGATCTCA-TA  45

seq1  CGGGTGGTTGTGAACCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTTCGGACCT  100
      | ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||| ||| |
seq2  C-GGTGGTTGTGATCCACCATGTG--TGCTGGGATTTG-ACTTC-GACAT  90

seq1  TCGGAAGAGTAGTCGGGTGCTCTTA-CCCACTGAGCCATCTCACCAGCCC  149
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-GAAGAGTAGTCGGGTGCTCTTACCCCACTGAGCCATCTCACCAGCCC  139

seq1  TATAAA-TTTTCTAATAAACTTTTATCTTAAGGACTTGAG-AAAAATG-A  196
      |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |
seq2  TATAAATTTTTCTAATAAAC-TTTATC-TAAGGACTTGAGAAAAAATGAA  187

seq1  AATAATACTTCTTATAAAGCACTCAATGGTGTAAGATTTGGTCAGTTATC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATACTTCTTATAAAGCACTCAATGGTGTAAGATTTGGTCAGTTATC  237

seq1  CTCTGCTTGCACCAATTTTCTCTACTGTGTTTTAGCTTATTTTTTTTAAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTTGCACCAATTTTCTCTACTGTGTTTTAGCTTATTTTTTTTAAT  287

seq1  ATATATTTTTAAGATTTATTATTTATTTGTTATATGTAAGTACACTGTAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTTTAAGATTTATTATTTATTTGTTATATGTAAGTACACTGTAG  337

seq1  CTGTCTTCAGACACCTCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTATAGATGGTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTCAGACACCTCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTATAGATGGTT  387

seq1  TTGAACCACCATGTGGTTGCTAGGACTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCACCATGTGGTTGCTAGGACTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGTG  437

seq1  CAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCGTTTTAGCTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCCCGTTTTAGCTT  487

seq1  ATTTTTGTAGAATTAAATATTTACTTTTACATTGTGTAAATGATGTTATA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGTAGAATTAAATATTTACTTTTACATTGTGTAAATGATGTTATA  537

seq1  AATGACATGACAAAGTAAAAAAGACTGAATTCTGTGTATTTTGGGTGACC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACATGACAAAGTAAAAAAGACTGAATTCTGTGTATTTTGGGTGACC  587

seq1  TTTTCAGTCATATTAAATGTTAATTTTATTTCAGTCTTTAAAGCATAGTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTCATATTAAATGTTAATTTTATTTCAGTCTTTAAAGCATAGTT  637

seq1  TTAAGTAAAAAAGAAAAAGACCAAATGATCTCATTTTAAGAATGTTGAGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTAAAAAAGAAAAAGACCAAATGATCTCATTTTAAGAATGTTGAGT  687

seq1  GAATTTTTCTATAAACAGAGCATTTTTTATTTTTTACCTTTTTATAACTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTTCTATAAACAGAGCATTTTTTATTTTTTACCTTTTTATAACTT  737

seq1  GTATAACATAACCTAATGCTGAGTTAGGTGTTAATTGACACCAAATTTTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAACATAACCTAATGCTGAGTTAGGTGTTAATTGACACCAAATTTTG  787

seq1  CTTGATGAACCCTTTAGTTAAAGCAGGAAAATGAGATGTAAGCTAATCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGAACCCTTTAGTTAAAGCAGGAAAATGAGATGTAAGCTAATCCT  837

seq1  CACCTTCATTTGTCCTAGCATGACCTATGACTTGCAATACAGCCCTTGCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCATTTGTCCTAGCATGACCTATGACTTGCAATACAGCCCTTGCT  887

seq1  TTCTAAATCATAACTGTATGTGCTCTATTCTCCATAAGTTAGGATCATTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAATCATAACTGTATGTGCTCTATTCTCCATAAGTTAGGATCATTG  937

seq1  ACTATTTAGAATTTCCCAATGGGTAATAATAAAATCCTTTTTCTTTAAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTAGAATTTCCCAATGGGTAATAATAAAATCCTTTTTCTTTAAAA  987

seq1  ATAAAACTACTGAAATCTAGATAGGCCACCTCATAGTAGAGCTGTCCTTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTACTGAAATCTAGATAGGCCACCTCATAGTAGAGCTGTCCTTA  1037

seq1  TCAGGGAGGTACTCACATGGATACCAATATTTAAAATTATGACAGTTTCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGAGGTACTCACATGGATACCAATATTTAAAATTATGACAGTTTCT  1087

seq1  CCACATGACAGAAAGTTGAGCTATACAAACTGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGACAGAAAGTTGAGCTATACAAACTGAATTC  1124