BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263M21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 81,769,940 - 81,939,220
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930486G11Rik
Upstream geneEG666534, LOC100039038, Htr1b, LOC671392
Downstream geneLOC100039085, Irak1bp1, Phip
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263M21.bB6Ng01-263M21.g
ACCGA067877GA067878
length1,1801,134
definitionB6Ng01-263M21.b B6Ng01-263M21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,769,940 - 81,771,125)(81,938,090 - 81,939,220)
sequence
gaattcaactttgggtattgctctctctctggtgctgagcaaaaaactga
aagcagagagaaatgaacttatgcccattatgtatatattttatataaca
atcttagatactcatatctgtattataactgaaccattaacattcccccc
atgagccaagtgctatattaaattttccatatgaattatctcatttaata
ttcatcatgactatatggtagcttatgccatttgccttatttttcagata
aagaagcaggcttgtggtgcctaagcaaacaaaatatttgagtgggggag
cctgcacgttaaccacacttttggccttcattcgcggcctgaactttgca
ctgttccatagcacttttcgggtgcttctgtaattagagtcagaattgga
aaagatgatggtcaaactgtactctcacatcagtgctgagatctgtcctc
atctcaggctgatggctgctcagctcctgcttgagtaactccggtaattg
gaatttcagaacgtcacaaggcaacacattctattattggatagctctta
tcagtagatatcttattcgtctggttattggaaatttgtctccctgtaat
ttccatgtgttggctctagttctgcttctggagaaatccttactatctgt
ttttcccctttcgccttgccgactttctgaggctgtgctcctgagttcct
ggccgctccgtctgggtatagcattcttaagggggcaagaaaagcaatgt
actcaacactgtatggattttggccactgcattccagctcctctctccta
ggcctgcatttccttctgaatcagctgagcgtctctaagcatctttgcta
ggaagtcacctgctaattgaggtcatttctgattactctttgaaattggg
acaattttaccttgctattatttatctgagtgttcgtagctgtttatcac
catctgaaatatgtacattctgcctattttcctagagactcctcctatat
gaattaaaacactaaatcatctacctgcttcaattactgacaacagtctt
taagactgggggattatagtatgtgccacagaataacttgttaaattatc
agcgaatgcttccacacttacgttttaggggcccgtacccaccacaagct
caaggaaagaatgctgctccatttaggttt

gaattcaaaatacatagagattaacaagatcacccgcaacttccatctgg
atgaccaaacagactttctgttccccagtagattccctggaattaaaaca
ttccatggacacagttcaaataaagtcaaaggaagaggtccaggtagaag
ggcattcagagcagagatttcctttttatttgtcccaggcacaggcacct
ctccctggctgtgatggttttatagttgttttctagtgagatcaagtttg
atgaaggtgacagacagctccagatgttagaagctcagggaacttgaaga
ttttacagggtggcaagaggaaacttccatctgcaggtctcaaagtggaa
ggtactgggggaaggtggaagatggagtaagtatgcgaacttttcttaga
aactctacaggtgtaataactctaggcaactttcttctctggagtttctt
agtatgaaagacttcacaggcacaaggaattgttcaccaatagcttttct
cctgtgttgttgtttattttgttagtttgtttaaattttacattaggaga
gttacatatttttgttctttttccttttatagtatagtcaagtgactcag
acatccttttttgcttattttcagtgagttttcacatctaaagcatttat
agatgaaatgtatcattcaaatgttaagtgtctcatgatagagtttgaat
taaggttgtttaaaaagtctcagtcttgttgtgatggtctcttgtatgat
tagtcattttatttaagattaaactgtattatttattgctattttgccaa
atttagcagatgggttgttgactaacagttaacagaaagcatacggtttg
aagcaattgattcaaattcaacatgctctcatttgtgtgccaacgctgag
tacatctgtgagcatgaaaattttccttgcaaataaaacagatttcagat
gagaggccaattccacttggctctgctggataataaatatctgttcagtg
atcctgaacattctttgagagctcactaccaccccactaagtcagagcag
agaataattatttccccttctcattaaagggcaatgttcaatttcacaaa
tcactgcttcgattctgttcctcccatcattcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_81769940_81771125
seq2: B6Ng01-263M21.b_48_1227

seq1  GAATTCAACTTTGGGTATTGCTCTCTCTCTGGTGCTGAGCAAAAAACTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTTTGGGTATTGCTCTCTCTCTGGTGCTGAGCAAAAAACTGA  50

seq1  AAGCAGAGAGAAATGAACTTATGCCCATTATGTATATATTTTATATAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGAGAAATGAACTTATGCCCATTATGTATATATTTTATATAACA  100

seq1  ATCTTAGATACTCATATCTGTATTATAACTGAACCATTAACATTCCCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGATACTCATATCTGTATTATAACTGAACCATTAACATTCCCCCC  150

seq1  ATGAGCCAAGTGCTATATTAAATTTTCCATATGAATTATCTCATTTAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCAAGTGCTATATTAAATTTTCCATATGAATTATCTCATTTAATA  200

seq1  TTCATCATGACTATATGGTAGCTTATGCCATTTGCCTTATTTTTCAGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCATGACTATATGGTAGCTTATGCCATTTGCCTTATTTTTCAGATA  250

seq1  AAGAAGCAGGCTTGTGGTGCCTAAGCAAACAAAATATTTGAGTGGGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCAGGCTTGTGGTGCCTAAGCAAACAAAATATTTGAGTGGGGGAG  300

seq1  CCTGCACGTTAACCACACTTTTGGCCTTCATTCGCGGCCTGAACTTTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACGTTAACCACACTTTTGGCCTTCATTCGCGGCCTGAACTTTGCA  350

seq1  CTGTTCCATAGCACTTTTCGGGTGCTTCTGTAATTAGAGTCAGAATTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCCATAGCACTTTTCGGGTGCTTCTGTAATTAGAGTCAGAATTGGA  400

seq1  AAAGATGATGGTCAAACTGTACTCTCACATCAGTGCTGAGATCTGTCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGATGGTCAAACTGTACTCTCACATCAGTGCTGAGATCTGTCCTC  450

seq1  ATCTCAGGCTGATGGCTGCTCAGCTCCTGCTTGAGTAACTCCGGTAATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGGCTGATGGCTGCTCAGCTCCTGCTTGAGTAACTCCGGTAATTG  500

seq1  GAATTTCAGAACGTCACAAGGCAACACATTCTATTATTGGATAGCTCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCAGAACGTCACAAGGCAACACATTCTATTATTGGATAGCTCTTA  550

seq1  TCAGTAGATATCTTATTCGTCTGGTTATTGGAAATTTGTCTCCCTGTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGATATCTTATTCGTCTGGTTATTGGAAATTTGTCTCCCTGTAAT  600

seq1  TTCCATGTGTTGGCTCTAGTTCTGCTTCTGGAGAAATCCTTACTATCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTGTTGGCTCTAGTTCTGCTTCTGGAGAAATCCTTACTATCTGT  650

seq1  TTTTCCCCTTTCGCCTTGCCGACTTTCTGAGGCTGTGCTCCTGAGTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCTTTCGCCTTGCCGACTTTCTGAGGCTGTGCTCCTGAGTTCCT  700

seq1  GGCCGCTCCGTCTGGGTATAGCATTCTTAAGGGGGCAAGAAAAGCAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGCTCCGTCTGGGTATAGCATTCTTAAGGGGGCAAGAAAAGCAATGT  750

seq1  ACTCAACACTGTATGGATTTTGGCCACTGCATTCCAGCTCCTCTCTCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAACACTGTATGGATTTTGGCCACTGCATTCCAGCTCCTCTCTCCTA  800

seq1  GGCCTGCATTTCCTTCTGAATCAGCTGAGCGTCTCTAAGCATCTTTGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGCATTTCCTTCTGAATCAGCTGAGCGTCTCTAAGCATCTTTGCTA  850

seq1  GGAAGTCACCTGCTAATTGAGGTCATTTCTGATTACTCTTTGAAATTGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCACCTGCTAATTGAGGTCATTTCTGATTACTCTTTGAAATTGGG  900

seq1  ACAATTTTACCTTGCTATTTATTTTATCTGAGTTGTTCGTAGCTGTTTAT  950
      |||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACAATTTTACCTTGCTATT--ATTTATCTGAG-TGTTCGTAGCTGTTTAT  947

seq1  CACCATCTGAAATATGTACATTCTGCCTATTTTCCTAGAGACTCCTCCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCTGAAATATGTACATTCTGCCTATTTTCCTAGAGACTCCTCCTA  997

seq1  TATGAATTAAAACACTAAATCATCTACCTGCTTCAATTACTGAC-ACAGT  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATGAATTAAAACACTAAATCATCTACCTGCTTCAATTACTGACAACAGT  1047

seq1  CTTTAAGGACTGGGGGA-TATAGTATGTGGCCAACAGA--TACTTGTTAA  1096
      |||||| |||||||||| |||||||||||  | |||||   |||||||||
seq2  CTTTAA-GACTGGGGGATTATAGTATGTG--CCACAGAATAACTTGTTAA  1094

seq1  ATTAATCAGCGAATTGCCTTCACACTTACGTTTTAGGGTGCCGTACCCAC  1146
      ||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  ATT-ATCAGCGAA-TGCTTCCACACTTACGTTTTAGGGGCCCGTACCCAC  1142

seq1  CACAGAGCTCAAGGAGAG-ATGCTGCTCACATTTTAGGTTT  1186
      |||| |||||||||| || ||||||||| || |||||||||
seq2  CACA-AGCTCAAGGAAAGAATGCTGCTC-CA-TTTAGGTTT  1180


seq1: chr9_81938090_81939220
seq2: B6Ng01-263M21.g_66_1199 (reverse)

seq1  TTGAATGATGGAGGAAACAGAAAGGAAAGCAGTGATTGTGGAAAATGGAC  50
      |||||||||||  | |||||||  | |||||||||||   |||| || ||
seq2  TTGAATGATGGGAGGAACAGAATCG-AAGCAGTGATTTGTGAAATTGAAC  49

seq1  ATTGCCTTTAAATGAGA--GGGAAATAATTA-TCTCTGCCTCTGACTTAG  97
      |||||| || |||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  ATTGCCCTTTAATGAGAAGGGGAAATAATTATTCTCTG-CTCTGACTTAG  98

seq1  T-GGGTGGTAGTGAGCTCTCAAAGAATG-TCAGGATCACTGAACAGATAT  145
      | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGGTAGTGAGCTCTCAAAGAATGTTCAGGATCACTGAACAGATAT  148

seq1  TTATTATCCAGCAGAGCCAAGTGGAATTGGCCTCTCATCTGAAATCTGTT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATCCAGCAGAGCCAAGTGGAATTGGCCTCTCATCTGAAATCTGTT  198

seq1  TTATTTGCAAGGAAAATTTTCATGCTCACAGATGTACTCAGCGTTGGCAC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGCAAGGAAAATTTTCATGCTCACAGATGTACTCAGCGTTGGCAC  248

seq1  ACAAATGAGAGCATGTTGAATTTGAATCAATTGCTTCAAACCGTATGCTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGAGAGCATGTTGAATTTGAATCAATTGCTTCAAACCGTATGCTT  298

seq1  TCTGTTAACTGTTAGTCAACAACCCATCTGCTAAATTTGGCAAAATAGCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAACTGTTAGTCAACAACCCATCTGCTAAATTTGGCAAAATAGCA  348

seq1  ATAAATAATACAGTTTAATCTTAAATAAAATGACTAATCATACAAGAGAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAATACAGTTTAATCTTAAATAAAATGACTAATCATACAAGAGAC  398

seq1  CATCACAACAAGACTGAGACTTTTTAAACAACCTTAATTCAAACTCTATC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACAACAAGACTGAGACTTTTTAAACAACCTTAATTCAAACTCTATC  448

seq1  ATGAGACACTTAACATTTGAATGATACATTTCATCTATAAATGCTTTAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACACTTAACATTTGAATGATACATTTCATCTATAAATGCTTTAGA  498

seq1  TGTGAAAACTCACTGAAAATAAGCAAAAAAGGATGTCTGAGTCACTTGAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAACTCACTGAAAATAAGCAAAAAAGGATGTCTGAGTCACTTGAC  548

seq1  TATACTATAAAAGGAAAAAGAACAAAAATATGTAACTCTCCTAATGTAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTATAAAAGGAAAAAGAACAAAAATATGTAACTCTCCTAATGTAAA  598

seq1  ATTTAAACAAACTAACAAAATAAACAACAACACAGGAGAAAAGCTATTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAACAAACTAACAAAATAAACAACAACACAGGAGAAAAGCTATTGG  648

seq1  TGAACAATTCCTTGTGCCTGTGAAGTCTTTCATACTAAGAAACTCCAGAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAATTCCTTGTGCCTGTGAAGTCTTTCATACTAAGAAACTCCAGAG  698

seq1  AAGAAAGTTGCCTAGAGTTATTACACCTGTAGAGTTTCTAAGAAAAGTTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGTTGCCTAGAGTTATTACACCTGTAGAGTTTCTAAGAAAAGTTC  748

seq1  GCATACTTACTCCATCTTCCACCTTCCCCCAGTACCTTCCACTTTGAGAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACTTACTCCATCTTCCACCTTCCCCCAGTACCTTCCACTTTGAGAC  798

seq1  CTGCAGATGGAAGTTTCCTCTTGCCACCCTGTAAAATCTTCAAGTTCCCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGATGGAAGTTTCCTCTTGCCACCCTGTAAAATCTTCAAGTTCCCT  848

seq1  GAGCTTCTAACATCTGGAGCTGTCTGTCACCTTCATCAAACTTGATCTCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCTAACATCTGGAGCTGTCTGTCACCTTCATCAAACTTGATCTCA  898

seq1  CTAGAAAACAACTATAAAACCATCACAGCCAGGGAGAGGTGCCTGTGCCT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAACAACTATAAAACCATCACAGCCAGGGAGAGGTGCCTGTGCCT  948

seq1  GGGACAAATAAAAAGGAAATCTCTGCTCTGAATGCCCTTCTACCTGGACC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAAATAAAAAGGAAATCTCTGCTCTGAATGCCCTTCTACCTGGACC  998

seq1  TCTTCCTTTGACTTTATTTGAACTGTGTCCATGGAATGTTTTAATTCCAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTTGACTTTATTTGAACTGTGTCCATGGAATGTTTTAATTCCAG  1048

seq1  GGAATCTACTGGGGAACAGAAAGTCTGTTTGGTCATCCAGATGGAAGTTG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTACTGGGGAACAGAAAGTCTGTTTGGTCATCCAGATGGAAGTTG  1098

seq1  CGGGTGATCTTGTTAATCTCTATGTATTTTGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTGATCTTGTTAATCTCTATGTATTTTGAATTC  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |