BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265E23
Chromosome9 (Build37)
Map Location 29,270,509 - 29,394,488
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHnt
Upstream geneOpcml, LOC625222
Downstream geneSnx19, LOC666478
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265E23.bB6Ng01-265E23.g
ACCGA068994GA068995
length1,1051,086
definitionB6Ng01-265E23.b B6Ng01-265E23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,393,389 - 29,394,488)(29,270,509 - 29,271,599)
sequence
gaattcatttcacccaccaagccatctattccaacagtaaggattttaat
caggagatagggggctctatttcatctggcctaccaaacagcagcttatc
accagttctgcctctcagtgcaactttgagaagtaccatgggaatttttt
ggaaagccccctgcaacttctcatatccttgccatcgacatcctgtctct
tttgcatagaaccccttccctatgtttctctacctggcaagctcctagtt
atcctgtaatgtcaggcatgccttcacaagacacagccaacagattacct
catgtcatcgtgattaatgatgggcctctccagtatactggctgccaagg
cagcttctggcacttggcgcttcacacggcgacgctaactttgcctgata
catctttcttagaagatcccagtgatcggattgaagaagttccgatgata
atgtacatgtacgagcaaggtgctacaagctgaattcattcggtatttgt
gttacagcaaattcatagtcattcaagctctgtcaagggtttactgtggt
gaagatactgtagtcgatcctaggtaattcgagggcgtgagacttctcag
tagagctatcagggaaagagactgttgcaggtgtcaagttctggatttga
tgtcctagatattctccatatacacacctaaatgaggacaccagcttgtt
aggcattcaccagtacgagagccaacaaatgcagccatggaggagtctga
gcagcagggggcagtgcagcaaagcagagacctaaatcaggagctctctt
gaattaatatcggtcaaactaaaccttcccgagttatttgtgaaaattta
catccttgcctttggggaccaaactagatctattcatcctccttttgtgg
ctttgtaaacagtgtgcctcctgtgacctgctacctctccctgatacctc
tttctctgccaagcgaggccctgagagcattgcacaaccgctcatatgac
tttctgggttgaaaatgtctccagctggggtgcaaatcatctgaaagcaa
atcaagaacaggaggaacattttcatcttctctcctctctctcgttctct
cctct

gaattccctaagggaaatctcgctgcttcactgtgacgactttccctccc
tgcctgcttggctgcttttcttgaggtgctgggagaggtgtgaacgggtg
ggtgtgcaggtgaatgtgcgtgtacaaactggaagtcaatcttgagggtt
gtttcttaggagccatctggcttacgttttgagacaaggcccctgcctgg
aatctggggctcgttgatggattagtctggactggctgggatccacctgt
ctggctgcctctctctccagccctgcctttctatgtgggttctggagatt
aagcagagaagcttgaatagcaggcgcatattctgagttacctccttggc
tgctttcgaaacaaataatgatttcgcaatctctatggtttcctcatgtt
gtgttttcaggatactatgtatatgtacatgaatgtaatggttcatccgt
gcatacctcagaggagggaacctccgttgagcaatccctttcataagact
agcctgtgggcatgcctgtaaagatttttcttggttgctaaatcatgaag
aggaaggcccagcccactgtaagcatgccattcctggacaggtgcgcctg
ggctgtaatgaaaggacatggaagagagcctgaaaacacatatgtagatt
tcctccatggctcctgcctctgcttctgcttgagtccctgccccgacatt
ccacagcaatggtctgttaactgggaagcataagggaaacaaacgacttg
ctttccaagttggttttggtcagtgtctgatcacggtaactaaaggtaac
taaaagcaaacgtagacaatgagaaccatgcttttgtaaaaggaacagat
tcaggagtgaaagaaagaactctgctatagagacctgggtgggaaatgtt
tgccttttatgtggactgaagggtagcctcctcagtttcctcacttagag
aaaaacctttgacatcatgaccttgatatgccctcagctttgaatttcca
cacacctcagatattttgttgagactctgagatcatggcatagatttcca
ttcctcctctgcgttctccaggaaggctgcagacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_29393389_29394488
seq2: B6Ng01-265E23.b_46_1150 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA-GAGAGA----GAAAATGTTCCT-CTGT-  43
      |||| ||||||  |||||||| ||||||    |||||||||||| |||| 
seq2  AGAG-GAGAGAACGAGAGAGAGGAGAGAAGATGAAAATGTTCCTCCTGTT  49

seq1  -CTGATTTGCTTTTCAGATGATTTTGCA-CTCAGCTGGAGACATTTTCAA  91
        |||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTTGC-TTTCAGATGA-TTTGCACCCCAGCTGGAGACATTTTCAA  97

seq1  CCCAGAAAGTCATATGAGCGGTTGTGCAATGCTCTCAGGGCCTCGCTTGG  141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAAGTCATATGAGCGGTTGTGCAATGCTCTCAGGGCCTCGCTTGG  147

seq1  CAGAGAAAGAGGTATCAGGGAGAGGGTAGCAGGTCACAGGAGGCACACTG  191
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAAGAGGTATCAGGGAGA-GGTAGCAGGTCACAGGAGGCACACTG  196

seq1  TTTACAAAGCCACAAAAGGAGGATGAATAGATCTAGTTTGGTCCCCAAAG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAAAGCCACAAAAGGAGGATGAATAGATCTAGTTTGGTCCCCAAAG  246

seq1  GCAAGGATGTAAATTTTCACAAATAACTCGGGAAGGTTTAGTTTGACCGA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGATGTAAATTTTCACAAATAACTCGGGAAGGTTTAGTTTGACCGA  296

seq1  TATTAATTCAAGAGAGCTCCTGATTTAGGTCTCTGCTTTGCTGCACTGCC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATTCAAGAGAGCTCCTGATTTAGGTCTCTGCTTTGCTGCACTGCC  346

seq1  CCCTGCTGCTCAGACTCCTCCATGGCTGCATTTGTTGGCTCTCGTACTGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTGCTCAGACTCCTCCATGGCTGCATTTGTTGGCTCTCGTACTGG  396

seq1  TGAATGCCTAACAAGCTGGTGTCCTCATTTAGGTGTGTATATGGAGAATA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCCTAACAAGCTGGTGTCCTCATTTAGGTGTGTATATGGAGAATA  446

seq1  TCTAGGACATCAAATCCAGAACTTGACACCTGCAACAGTCTCTTTCCCTG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGACATCAAATCCAGAACTTGACACCTGCAACAGTCTCTTTCCCTG  496

seq1  ATAGCTCTACTGAGAAGTCTCACGCCCTCGAATTACCTAGGATCGACTAC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCTACTGAGAAGTCTCACGCCCTCGAATTACCTAGGATCGACTAC  546

seq1  AGTATCTTCACCACAGTAAACCCTTGACAGAGCTTGAATGACTATGAATT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTTCACCACAGTAAACCCTTGACAGAGCTTGAATGACTATGAATT  596

seq1  TGCTGTAACACAAATACCGAATGAATTCAGCTTGTAGCACCTTGCTCGTA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTAACACAAATACCGAATGAATTCAGCTTGTAGCACCTTGCTCGTA  646

seq1  CATGTACATTATCATCGGAACTTCTTCAATCCGATCACTGGGATCTTCTA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACATTATCATCGGAACTTCTTCAATCCGATCACTGGGATCTTCTA  696

seq1  AGAAAGATGTATCAGGCAAAGTTAGCGTCGCCGTGTGAAGCGCCAAGTGC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATGTATCAGGCAAAGTTAGCGTCGCCGTGTGAAGCGCCAAGTGC  746

seq1  CAGAAGCTGCCTTGGCAGCCAGTATACTGGAGAGGCCCATCATTAATCAC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCTGCCTTGGCAGCCAGTATACTGGAGAGGCCCATCATTAATCAC  796

seq1  GATGACATGAGGTAATCTGTTGGCTGTGTCTTGTGAAGGCATGCCTGACA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACATGAGGTAATCTGTTGGCTGTGTCTTGTGAAGGCATGCCTGACA  846

seq1  TTACAGGATAACTAGGAGCTTGCCAGGTAGAGAAACATAGGGAAGGGGTT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGATAACTAGGAGCTTGCCAGGTAGAGAAACATAGGGAAGGGGTT  896

seq1  CTATGCAAAAGAGACAGGATGTCGATGGCAAGGATATGAGAAGTTGCAGG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCAAAAGAGACAGGATGTCGATGGCAAGGATATGAGAAGTTGCAGG  946

seq1  GGGCTTTCCAAAAAATTCCCATGGTACTTCTCAAAGTTGCACTGAGAGGC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTCCAAAAAATTCCCATGGTACTTCTCAAAGTTGCACTGAGAGGC  996

seq1  AGAACTGGTGATAAGCTGCTGTTTGGTAGGCCAGATGAAATAGAGCCCCC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGGTGATAAGCTGCTGTTTGGTAGGCCAGATGAAATAGAGCCCCC  1046

seq1  TATCTCCTGATTAAAATCCTTACTGTTGGAATAGATGGCTTGGTGGGTGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCCTGATTAAAATCCTTACTGTTGGAATAGATGGCTTGGTGGGTGA  1096

seq1  AATGAATTC  1100
      |||||||||
seq2  AATGAATTC  1105


seq1: chr9_29270509_29271599
seq2: B6Ng01-265E23.g_63_1148

seq1  GAATTCCCTAAGGGAAATCTCGCTGCTTCACTGTGACGACTTTCCCTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTAAGGGAAATCTCGCTGCTTCACTGTGACGACTTTCCCTCCC  50

seq1  TGCCTGCTTGGCTGCTTTTCTTGAGGTGCTGGGAGAGGTGTGAACGGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCTTGGCTGCTTTTCTTGAGGTGCTGGGAGAGGTGTGAACGGGTG  100

seq1  GGTGTGCAGGTGAATGTGCGTGTACAAACTGGAAGTCAATCTTGAGGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGCAGGTGAATGTGCGTGTACAAACTGGAAGTCAATCTTGAGGGTT  150

seq1  GTTTCTTAGGAGCCATCTGGCTTACGTTTTGAGACAAGGCCCCTGCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTAGGAGCCATCTGGCTTACGTTTTGAGACAAGGCCCCTGCCTGG  200

seq1  AATCTGGGGCTCGTTGATGGATTAGTCTGGACTGGCTGGGATCCACCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGGGGCTCGTTGATGGATTAGTCTGGACTGGCTGGGATCCACCTGT  250

seq1  CTGGCTGCCTCTCTCTCCAGCCCTGCCTTTCTATGTGGGTTCTGGAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGCCTCTCTCTCCAGCCCTGCCTTTCTATGTGGGTTCTGGAGATT  300

seq1  AAGCAGAGAAGCTTGAATAGCAGGCGCATATTCTGAGTTACCTCCTTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGAAGCTTGAATAGCAGGCGCATATTCTGAGTTACCTCCTTGGC  350

seq1  TGCTTTCGAAACAAATAATGATTTCGCAATCTCTATGGTTTCCTCATGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCGAAACAAATAATGATTTCGCAATCTCTATGGTTTCCTCATGTT  400

seq1  GTGTTTTCAGGATACTATGTATATGTACATGAATGTAATGGTTCATCCGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTCAGGATACTATGTATATGTACATGAATGTAATGGTTCATCCGT  450

seq1  GCATACCTCAGAGGAGGGAACCTCCGTTGAGCAATCCCTTTCATAAGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACCTCAGAGGAGGGAACCTCCGTTGAGCAATCCCTTTCATAAGACT  500

seq1  AGCCTGTGGGCATGCCTGTAAAGATTTTTCTTGGTTGCTAAATCATGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTGGGCATGCCTGTAAAGATTTTTCTTGGTTGCTAAATCATGAAG  550

seq1  AGGAAGGCCCAGCCCACTGTAAGCATGCCATTCCTGGACAGGTGCGCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGCCCAGCCCACTGTAAGCATGCCATTCCTGGACAGGTGCGCCTG  600

seq1  GGCTGTAATGAAAGGACATGGAAGAGAGCCTGAAAACACATATGTAGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAATGAAAGGACATGGAAGAGAGCCTGAAAACACATATGTAGATT  650

seq1  TCCTCCATGGCTCCTGCCTCTGCTTCTGCTTGAGTCCCTGCCCCGACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCATGGCTCCTGCCTCTGCTTCTGCTTGAGTCCCTGCCCCGACATT  700

seq1  CCACAGCAATGGTCTGTTAACTGGGAAGCATAAGGGAAACAAACGACTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCAATGGTCTGTTAACTGGGAAGCATAAGGGAAACAAACGACTTG  750

seq1  CTTTCCAAGTTGGTTTTGGTCAGTGTCTGATCACGGTAACTAAAGGTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAAGTTGGTTTTGGTCAGTGTCTGATCACGGTAACTAAAGGTAAC  800

seq1  TAAAAGCAAACGTAGACAATGAGAACCATGCTTTTGTAAAAGGAACAGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCAAACGTAGACAATGAGAACCATGCTTTTGTAAAAGGAACAGAT  850

seq1  TCAGGAGTGAAAGAAAGAACTCTGCTATAGAGACCTGGGTGGGAAATGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGTGAAAGAAAGAACTCTGCTATAGAGACCTGGGTGGGAAATGTT  900

seq1  TGCCTTTTATGTGGACTGAAGGGTAGCCTCCTCAGTTTCCTCACTTAAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGCCTTTTATGTGGACTGAAGGGTAGCCTCCTCAGTTTCCTCACTT-AGA  949

seq1  GAAAAA-CTTTGACATCATGACCTTGATATGCCCTCAGCTTTGAAATTCC  999
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAAAACCTTTGACATCATGACCTTGATATGCCCTCAGCTTTGAATTTCC  999

seq1  ACACACCTTCCAGGAATATTTGTGAGACTCTGAGGATCAATGGCATAGAT  1049
      ||||||||  |||  || ||  ||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  ACACACCT--CAGATATTTTGTTGAGACTCTGA-GATC-ATGGCATAGAT  1045

seq1  TTCCATT-CTCCTCCTGCGTTTCTCCAGAAAGGCTGCAGACAC  1091
      ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  TTCCATTCCTCCT-CTGCG-TTCTCCAGGAAGGCTGCAGACAC  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |