BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266I06
Chromosome9 (Build37)
Map Location 93,612,333 - 93,765,652
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC674371
Upstream geneLOC100039944, LOC667009, LOC100040114
Downstream geneLOC384967, EG384968, 1190002N15Rik, EG667601, Slc9a9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266I06.bB6Ng01-266I06.g
ACCGA069893GA069894
length1,0921,109
definitionB6Ng01-266I06.b B6Ng01-266I06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,612,333 - 93,613,435)(93,764,529 - 93,765,652)
sequence
gaattctttgttcagctctgagccccatttttttaatggggttatttgat
tttctggagtccaccttcttgagttctttatatatattggatattagtcc
cctatccgatttgggataggtaaagatcctttcccaatctgtttgtggtc
tttttgtcttattgacagtgtcttttgccttgctgaagctgtgcaatttt
atgaggtcccatttgtcaattctcgatcttacagcacaagccattgctgt
tctattcaggaatttttcccctgtacccatatcttcaaggcttttcccta
ctttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgttgagttcctta
atccacttagatttgaccttagtacaaggagataggaatggatcaattca
cattcttctacatgttaactgccagttgtgccatttttatttaatatttt
attagtgaaataatcgggagctgttctggtaaaaataacaactctttgta
aatatatattcattaatttaaaattaatatatcacttattacacaaatct
actttatatgagcctataaagttaagacaagatctcacctgagaatgtaa
aaattgtattcccctctcgcaattttaacaagtctgtacaagacctgtat
tagaactgttttcctatttgcagtgaggtaaaaagtaacaatacatgact
tcagcttttttttttccagcatactggcttattctgtttttatttaatta
agtgtgtaaagtacagggtctagagcaggtgtttagtatctatgggttgg
gacctttttgtttgggggggtcacatgtccctttcttggggtcatatatt
agacatataccttacaattcataatagtagcaaaattacaataggaaata
gcacaaaacattttatgggttgagggttaccacatgagaaactatgctaa
gagtctcagccttagaagtctgaggagcattggtctaagagatggctcag
ctgattaaacacttgtccttgcatgcacccaatttcaggtatcaaaacac
tcctaatctctgaatgcacaaggtgtgtatttggatgcaggt

gaattcaatggcacgcttggtgatgagggatactgagttgtggagccggg
taggagcagcaggtcactgagaagatacatttgaaggctttattttccat
ggccctgcccagtgcccttcacattttaagaactatgagataagaagctc
tttgcaccatgattagggatcttgccttgggagcccagcacagaaaccag
gcaagcatgcattgaaacctttgaagctctaatgcaaataactctttctt
cattgagattgattttcccaggcattttgtaatagtgacaaaagtgaact
agcagaggttttaagcaaagggtaatttgcttttaaaatgcagttgtgta
agctcactaagagaagaagtctgtgcatttagcacttgccattaacaaat
tcaatcaaaatttctgacaaagacaaagtcgttgctaagcagattggtgt
taattgaagtgttttttttttttttactaaaaattagatgataataaaaa
caaaggggatttttgaggagataggtagttaaaatattttgtaacaaaaa
tggattcatagttttatatctccaaactcattgagctatgtgccttatat
acagcttaagctaataaccttttatgaattaaaataaaatgtccaaaatt
tcctctaactatatcatctattatcacaatcatagagcagtaagtaggtc
tggagaactagccttgtagcatgtgtactaccccacttcagtgtgtatta
tacccatactaccaggtgttgttcagatcactcagcaactacattcaccc
acacccatgactgacccagaccactgtactataccagcttgagtcatgta
gcatgcacattagaacacccttatgaatgaatctacataccatttctcct
gcatgattcccagtataagctctttttcatgcatcctgcatacctgtcta
ggcttgtgagtacccagatctagcccacctgatgacatcctcacagtccg
gaggccctgtgggtagcatattttgcacaatagtcaaacagacccactca
gactcacatctaagatttttgctgcagatttatcccctgatatctaatga
ttgacctac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_93612333_93613435
seq2: B6Ng01-266I06.b_45_1136

seq1  GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATTTTTTTAATGGGGTTATTTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCAGCTCTGAGCCCCATTTTTTTAATGGGGTTATTTGAT  50

seq1  TTTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGTCC  100

seq1  CCTATCCGATTTGGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTTGTGGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCGATTTGGGATAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTTGTGGTC  150

seq1  TTTTTGTCTTATTGACAGTGTCTTTTGCCTTGCTGAAGCTGTGCAATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTCTTATTGACAGTGTCTTTTGCCTTGCTGAAGCTGTGCAATTTT  200

seq1  ATGAGGTCCCATTTGTCAATTCTCGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGTCCCATTTGTCAATTCTCGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGT  250

seq1  TCTATTCAGGAATTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCAGGAATTTTTCCCCTGTACCCATATCTTCAAGGCTTTTCCCTA  300

seq1  CTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTTGAGTTCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTTGAGTTCCTTA  350

seq1  ATCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAGGAATGGATCAATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAGGAATGGATCAATTCA  400

seq1  CATTCTTCTACATGTTAACTGCCAGTTGTGCCATTTTTATTTAATATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTCTACATGTTAACTGCCAGTTGTGCCATTTTTATTTAATATTTT  450

seq1  ATTAGTGAAATAATCGGGAGCTGTTCTGGTAAAAATAACAACTCTTTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGAAATAATCGGGAGCTGTTCTGGTAAAAATAACAACTCTTTGTA  500

seq1  AATATATATTCATTAATTTAAAATTAATATATCACTTATTACACAAATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATATTCATTAATTTAAAATTAATATATCACTTATTACACAAATCT  550

seq1  ACTTTATATGAGCCTATAAAGTTAAGACAAGATCTCACCTGAGAATGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATATGAGCCTATAAAGTTAAGACAAGATCTCACCTGAGAATGTAA  600

seq1  AAATTGTATTCCCCTCTCGCAATTTTAACAAGTCTGTACAAGACCTGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTATTCCCCTCTCGCAATTTTAACAAGTCTGTACAAGACCTGTAT  650

seq1  TAGAACTGTTTTCCTATTTGCAGTGAGGTAAAAAGTAACAATACATGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTGTTTTCCTATTTGCAGTGAGGTAAAAAGTAACAATACATGACT  700

seq1  TCAGCTTTTTTTTTTCCAGCATACTGGCTTATTCTGTTTTTATTTAATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTTTTTTTTTCCAGCATACTGGCTTATTCTGTTTTTATTTAATTA  750

seq1  AGTGTGTAAAGTACAGGGTCTAGAGCAGGTGTTTAGTATCTATGGGTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTAAAGTACAGGGTCTAGAGCAGGTGTTTAGTATCTATGGGTTGG  800

seq1  GACCTTTTTGTTTGGGGGGGTCACATGTCCCTTTCTTGGGGTCATATATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTTTGTTTGGGGGGGTCACATGTCCCTTTCTTGGGGTCATATATT  850

seq1  AGACATATACCTTACAATTCATAATAGTAGCAAAATTACAAATAGGAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGACATATACCTTACAATTCATAATAGTAGCAAAATTAC-AATAGGAAAT  899

seq1  AGCAACAAAACAATTTTAT-GGTTGAGGGTTACCACATGAGAAACTATGC  949
      ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGC-ACAAAAC-ATTTTATGGGTTGAGGGTTACCACATGAGAAACTATGC  947

seq1  TAAAGAGTCTCAGCCTTAGGAAGTCTGAGGAGCATTGGTCTAAAGAGATG  999
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  T-AAGAGTCTCAGCCTTA-GAAGTCTGAGGAGCATTGGTCT-AAGAGATG  994

seq1  GCTCAGCTGATTAAAACACTTGTCCTTGCATGCACCCATTTCCAGGGTAT  1049
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||
seq2  GCTCAGCTGATT-AAACACTTGTCCTTGCATGCACCCAATTTCA-GGTAT  1042

seq1  CCAAAACCACCTTCTAATCTCTGAATGCACAAAGTGTGTATTTGGAATGC  1099
       ||||||   || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  -CAAAAC--ACTCCTAATCTCTGAATGCACAAGGTGTGTATTTGG-ATGC  1088

seq1  AGGT  1103
      ||||
seq2  AGGT  1092


seq1: chr9_93764529_93765652
seq2: B6Ng01-266I06.g_68_1176 (reverse)

seq1  GTAGGTCAATCATTAAGATAATCAGGGGGATTAAAATTCTTGGCAGCAAA  50
      |||||||||||||| |||| ||||||||    | || |||  ||||||||
seq2  GTAGGTCAATCATT-AGAT-ATCAGGGG----ATAAATCT--GCAGCAAA  42

seq1  AATTCTTAAGAATGTGAGTTCTTGAGTGGGTCTGTTTGGACTATTGTGCA  100
      || |||||   ||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AA-TCTTA--GATGTGAGT--CTGAGTGGGTCTGTTT-GACTATTGTGCA  86

seq1  AAATATGCTACCCAACAGGGCCT-CGGACTGTGAGGATGTCATCAGGGTG  149
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AAATATGCTACCC-ACAGGGCCTCCGGACTGTGAGGATGTCATCA-GGTG  134

seq1  GGCTAAGATCTGGGTACTCACAAGCCTAGACAGGTATGCAGGATGCATG-  198
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGCT-AGATCTGGGTACTCACAAGCCTAGACAGGTATGCAGGATGCATGA  183

seq1  AAAAGAGCTTATACTGGGAATCATGCAGGAGAAATGGTATGTAGATTCAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGCTTATACTGGGAATCATGCAGGAGAAATGGTATGTAGATTCAT  233

seq1  TCATAAGGGTGTTCTAATGTGCATGCTACATGACTCAAGCTGGTATAGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAGGGTGTTCTAATGTGCATGCTACATGACTCAAGCTGGTATAGTA  283

seq1  CAGTGGTCTGGGTCAGTCATGGGTGTGGGTGAATGTAGTTGCTGAGTGAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTCTGGGTCAGTCATGGGTGTGGGTGAATGTAGTTGCTGAGTGAT  333

seq1  CTGAACAACACCTGGTAGTATGGGTATAATACACACTGAAGTGGGGTAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAACACCTGGTAGTATGGGTATAATACACACTGAAGTGGGGTAGT  383

seq1  ACACATGCTACAAGGCTAGTTCTCCAGACCTACTTACTGCTCTATGATTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCTACAAGGCTAGTTCTCCAGACCTACTTACTGCTCTATGATTG  433

seq1  TGATAATAGATGATATAGTTAGAGGAAATTTTGGACATTTTATTTTAATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATAGATGATATAGTTAGAGGAAATTTTGGACATTTTATTTTAATT  483

seq1  CATAAAAGGTTATTAGCTTAAGCTGTATATAAGGCACATAGCTCAATGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAGGTTATTAGCTTAAGCTGTATATAAGGCACATAGCTCAATGAG  533

seq1  TTTGGAGATATAAAACTATGAATCCATTTTTGTTACAAAATATTTTAACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGATATAAAACTATGAATCCATTTTTGTTACAAAATATTTTAACT  583

seq1  ACCTATCTCCTCAAAAATCCCCTTTGTTTTTATTATCATCTAATTTTTAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATCTCCTCAAAAATCCCCTTTGTTTTTATTATCATCTAATTTTTAG  633

seq1  TAAAAAAAAAAAAAACACTTCAATTAACACCAATCTGCTTAGCAACGACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAAAAAAAAACACTTCAATTAACACCAATCTGCTTAGCAACGACT  683

seq1  TTGTCTTTGTCAGAAATTTTGATTGAATTTGTTAATGGCAAGTGCTAAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTTGTCAGAAATTTTGATTGAATTTGTTAATGGCAAGTGCTAAAT  733

seq1  GCACAGACTTCTTCTCTTAGTGAGCTTACACAACTGCATTTTAAAAGCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGACTTCTTCTCTTAGTGAGCTTACACAACTGCATTTTAAAAGCAA  783

seq1  ATTACCCTTTGCTTAAAACCTCTGCTAGTTCACTTTTGTCACTATTACAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCCTTTGCTTAAAACCTCTGCTAGTTCACTTTTGTCACTATTACAA  833

seq1  AATGCCTGGGAAAATCAATCTCAATGAAGAAAGAGTTATTTGCATTAGAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTGGGAAAATCAATCTCAATGAAGAAAGAGTTATTTGCATTAGAG  883

seq1  CTTCAAAGGTTTCAATGCATGCTTGCCTGGTTTCTGTGCTGGGCTCCCAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAGGTTTCAATGCATGCTTGCCTGGTTTCTGTGCTGGGCTCCCAA  933

seq1  GGCAAGATCCCTAATCATGGTGCAAAGAGCTTCTTATCTCATAGTTCTTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGATCCCTAATCATGGTGCAAAGAGCTTCTTATCTCATAGTTCTTA  983

seq1  AAATGTGAAGGGCACTGGGCAGGGCCATGGAAAATAAAGCCTTCAAATGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGAAGGGCACTGGGCAGGGCCATGGAAAATAAAGCCTTCAAATGT  1033

seq1  ATCTTCTCAGTGACCTGCTGCTCCTACCCGGCTCCACAACTCAGTATCCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTCAGTGACCTGCTGCTCCTACCCGGCTCCACAACTCAGTATCCC  1083

seq1  TCATCACCAAGCGTGCCATTGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCACCAAGCGTGCCATTGAATTC  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |