BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269P19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 29,964,037 - 30,093,369
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHnt
Downstream geneSnx19, LOC666478, Adamts15, Adamts8, Zbtb44, BC038156, St14, Aplp2, EG638580, EG666539
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269P19.bB6Ng01-269P19.g
ACCGA072445GA072446
length1,1431,114
definitionB6Ng01-269P19.b B6Ng01-269P19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,964,037 - 29,965,180)(30,092,249 - 30,093,369)
sequence
gaattcactgaggcatgaaatatcaaaatagtttctgttctgttcacaat
tttacaataccacttcccttcagaggaagaacccagaataaatctttccg
tatgtatggaaatgtataccaaagcacattttcctagattgtctgtgttt
ctatccttctgtagccccaaattacagatgaacatgcagataattatagt
cacaacccctgctccccaatatcccacagccagtgagtagcaggccggtg
ggcttagtttctccttcaataagggaagtcaccagagagaggttgggtgt
ccaatcttcttggctggaataaataaaactttaaggaacaatcgcagtga
cttgtattcttaaagcacaggcagtagtagtgcaggggaggccagcttcc
ccagcttggatcaaagcatctaagtgagaagaaaggagaggaaccactct
gacatggggcactgttcttccttccttgtgtcttacaactttcttctctc
ccctttacagagctgagtcccacgatggtggataagttcacacctgaagg
caatcaagcagtcttctggggacctagtaggaccaaactcttaatggtgt
tcttcagggccagagtagcctttgggaagtagtgattcctgagctcctgc
agagtcagctttgaggctgttggctctcatgctcagcaagaggcttggat
ctttgaacttgagcaacaattaatcctgcacgcccggggaaggtgacggt
tgacagggaaggcatacattaattttaaaatttcagttgtagctgccatc
tattgtatccttattatgtgccaggcataatactaagcaatttacatgct
tcatctccattgtctcaacaatcttgcaagatgggaactgtgattataat
tagctcttctttacaggtgaaaaaagaaagaaagaaagaaatcccaggct
cagtaagggaagtaaccagtgaagaagtcataggaccaaacttcatggga
tctaggatttaaccctgatcttctgctcccgtacaataacataataaagt
ccccgtctagaatcctgttagtttaggttctttatagggctgtagagtgg
aacataggagaatgaaggacatgtgtctctacaacatgtcatc

gaattcaggcttcatagacttgccatgactacatcagtcagagacgtttt
catgaaggcctttacaatggagaatacatatgagggcacctttccacgct
ggctgtttaagcttgccttgagaaaaaggcagaaaacgaatgccttggga
accaagccccagacactgagctcaagtagacctttctggtcagtgagaag
aggagttggactttatctactgctgatgttcacttaaaggatgttcatgc
agccatgactttagagctcctgctcggtggggctggcagcttcttatcct
gggctgagactgtttctgtccatacaaaagatggctgtagaatatgagct
ggcctggagttgctgggccccaggcattactgtagctcctctcggggctt
agctcttggcataacaattctatccattctgctagacattcctcttgctg
tcaggactctcatatacataaactcacaaagaactgcctgcaccaatgac
tccatttcccagagaagcggatccccaaagagcaggcaggggtgagctaa
tgaaccagctcggaagggagaatcacaaagaagacctctcctagaggtca
aggtggctcagggctccgcgacccgataaagtcatggagtatgtgaacgg
gagagtctttagcttcgaaccagactgaggaagtggggaagaaggaagag
aggcacaggatctgctttttaccctgtgtgcctcataaaatgaatgatca
aaagtaaattacagacttgcaaatgggtggttaacgactgagacaatatg
agtgcagagagaagctcatcaaaacacactgggcaagagcaggagggaag
ggctgaatacaaatgatgctctataaagccacagcatcaaagcaaacggc
ccccagtggagggtccgggtcattccccacacctgtcggggtggagagac
gtgctgcaagagtcctctttcaaagagagcagatgagcgcctgtgtgaaa
gggagaaagactgacggaaagaggagtgacatgtcagaacacacagcctc
agctgctgatgagagcggccctcttctagaacagtgggggtggggacagc
agccgactccaggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_29964037_29965180
seq2: B6Ng01-269P19.b_50_1192

seq1  GAATTCACTGAGGCATGAAATATCAAAATAGTTTCTGTTCTGTTCACAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAGGCATGAAATATCAAAATAGTTTCTGTTCTGTTCACAAT  50

seq1  TTTACAATACCACTTCCCTTCAGAGGAAGAACCCAGAATAAATCTTTCCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAATACCACTTCCCTTCAGAGGAAGAACCCAGAATAAATCTTTCCG  100

seq1  TATGTATGGAAATGTATACCAAAGCACATTTTCCTAGATTGTCTGTGTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGGAAATGTATACCAAAGCACATTTTCCTAGATTGTCTGTGTTT  150

seq1  CTATCCTTCTGTAGCCCCAAATTACAGATGAACATGCAGATAATTATAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCTTCTGTAGCCCCAAATTACAGATGAACATGCAGATAATTATAGT  200

seq1  CACAACCCCTGCTCCCCAATATCCCACAGCCAGTGAGTAGCAGGCCGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCCCTGCTCCCCAATATCCCACAGCCAGTGAGTAGCAGGCCGGTG  250

seq1  GGCTTAGTTTCTCCTTCAATAAGGGAAGTCACCAGAGAGAGGTTGGGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGTTTCTCCTTCAATAAGGGAAGTCACCAGAGAGAGGTTGGGTGT  300

seq1  CCAATCTTCTTGGCTGGAATAAATAAAACTTTAAGGAACAATCGCAGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCTTCTTGGCTGGAATAAATAAAACTTTAAGGAACAATCGCAGTGA  350

seq1  CTTGTATTCTTAAAGCACAGGCAGTAGTAGTGCAGGGGAGGCCAGCTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATTCTTAAAGCACAGGCAGTAGTAGTGCAGGGGAGGCCAGCTTCC  400

seq1  CCAGCTTGGATCAAAGCATCTAAGTGAGAAGAAAGGAGAGGAACCACTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTGGATCAAAGCATCTAAGTGAGAAGAAAGGAGAGGAACCACTCT  450

seq1  GACATGGGGCACTGTTCTTCCTTCCTTGTGTCTTACAACTTTCTTCTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGGGCACTGTTCTTCCTTCCTTGTGTCTTACAACTTTCTTCTCTC  500

seq1  CCCTTTACAGAGCTGAGTCCCACGATGGTGGATAAGTTCACACCTGAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTACAGAGCTGAGTCCCACGATGGTGGATAAGTTCACACCTGAAGG  550

seq1  CAATCAAGCAGTCTTCTGGGGACCTAGTAGGACCAAACTCTTAATGGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAGCAGTCTTCTGGGGACCTAGTAGGACCAAACTCTTAATGGTGT  600

seq1  TCTTCAGGGCCAGAGTAGCCTTTGGGAAGTAGTGATTCCTGAGCTCCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGGGCCAGAGTAGCCTTTGGGAAGTAGTGATTCCTGAGCTCCTGC  650

seq1  AGAGTCAGCTTTGAGGCTGTTGGCTCTCATGCTCAGCAAGAGGCTTGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAGCTTTGAGGCTGTTGGCTCTCATGCTCAGCAAGAGGCTTGGAT  700

seq1  CTTTGAACTTGAGCAACAATTAATCCTGCACGCCCGGGGAAGGTGACGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAACTTGAGCAACAATTAATCCTGCACGCCCGGGGAAGGTGACGGT  750

seq1  TGACAGGGAAGGCATACATTAATTTTAAAATTTCAGTTGTAGCTGCCATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGGAAGGCATACATTAATTTTAAAATTTCAGTTGTAGCTGCCATC  800

seq1  TATTGTATCCTTATTATGTGCCAGGCATAATACTAAGCAATTTACATGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTATCCTTATTATGTGCCAGGCATAATACTAAGCAATTTACATGCT  850

seq1  TCATCTCCATTGTCTCAACAATCTTGCAAGATGGGAACTGTGATTATAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCCATTGTCTCAACAATCTTGCAAGATGGGAACTGTGATTATAAT  900

seq1  TAGCTCTTCTTTACAGGTGAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAATCCAAGGCT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGCTCTTCTTTACAGGTGAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAATCCCAGGCT  950

seq1  CAGTAAGGGAAGTAACCAGTG-AGAAGTCATAGGACCAAACTTCAT-GGA  998
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAGTAAGGGAAGTAACCAGTGAAGAAGTCATAGGACCAAACTTCATGGGA  1000

seq1  TCTAGGATTTAACCCTGATCTTTCTGGCTCCCGTACAATAACATAATAAA  1048
      |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGATTTAACCCTGATC-TTCT-GCTCCCGTACAATAACATAATAAA  1048

seq1  GTCCCCGTCTAGAAATCCTGTTTAGTTTAGG-TCTTTATAGGGCTGTAGA  1097
      |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCGTCTAG-AATCCTG-TTAGTTTAGGTTCTTTATAGGGCTGTAGA  1096

seq1  GTGAAACATAGGAGAATGAAAGACCT-TGTGTCTACAACAATGTCATC  1144
      ||| |||||||||||||||| ||| | ||| |||||||| ||||||||
seq2  GTGGAACATAGGAGAATGAAGGACATGTGTCTCTACAAC-ATGTCATC  1143


seq1: chr9_30092249_30093369
seq2: B6Ng01-269P19.g_66_1179 (reverse)

seq1  GCCTGAAGTCGGCTGCTGTCCC--ACCCCACTGTCTAAGAAGAGGGCGGC  48
      ||||| ||||||||||||||||   |||||||||   |||||||||| ||
seq2  GCCTGGAGTCGGCTGCTGTCCCCACCCCCACTGTTCTAGAAGAGGGCCGC  50

seq1  TCTCATCAGCAGCTGAGGCTGTGTTGTTCTGACATTGTCACTCCTCTTTC  98
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| 
seq2  TCTCATCAGCAGCTGAGGCTGTG-TGTTCTGACA-TGTCACTCCTCTTT-  97

seq1  CCGTCAGTCTTTCTTCCCCTTTCCACACAGGCGCTTCATCTGCTCCTCCT  148
      ||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||   ||
seq2  CCGTCAGTCTTTCT--CCCTTT-CACACAGGCGC-TCATCTGCTC--TCT  141

seq1  TTGAAAGAGGACTCTTGCAGCACGTTCTCTCCA-CCCGACAGGTGTGGGG  197
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGAGGACTCTTGCAGCACG-TCTCTCCACCCCGACAGGTGTGGGG  190

seq1  AATGACCCGGACCCTCCACTGGGGGCCGTTTGCTTTGATGCTGTGGCTTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACCCGGACCCTCCACTGGGGGCCGTTTGCTTTGATGCTGTGGCTTT  240

seq1  ATAGAGCATCATTTGTATTCAGCCCTTCCCTCCTGCTCTTGCCCAGTGTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGCATCATTTGTATTCAGCCCTTCCCTCCTGCTCTTGCCCAGTGTG  290

seq1  TTTTGATGAGCTTCTCTCTGCACTCATATTGTCTCAGTCGTTAACCACCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATGAGCTTCTCTCTGCACTCATATTGTCTCAGTCGTTAACCACCC  340

seq1  ATTTGCAAGTCTGTAATTTACTTTTGATCATTCATTTTATGAGGCACACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCAAGTCTGTAATTTACTTTTGATCATTCATTTTATGAGGCACACA  390

seq1  GGGTAAAAAGCAGATCCTGTGCCTCTCTTCCTTCTTCCCCACTTCCTCAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAAAAGCAGATCCTGTGCCTCTCTTCCTTCTTCCCCACTTCCTCAG  440

seq1  TCTGGTTCGAAGCTAAAGACTCTCCCGTTCACATACTCCATGACTTTATC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTCGAAGCTAAAGACTCTCCCGTTCACATACTCCATGACTTTATC  490

seq1  GGGTCGCGGAGCCCTGAGCCACCTTGACCTCTAGGAGAGGTCTTCTTTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCGCGGAGCCCTGAGCCACCTTGACCTCTAGGAGAGGTCTTCTTTGT  540

seq1  GATTCTCCCTTCCGAGCTGGTTCATTAGCTCACCCCTGCCTGCTCTTTGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCCCTTCCGAGCTGGTTCATTAGCTCACCCCTGCCTGCTCTTTGG  590

seq1  GGATCCGCTTCTCTGGGAAATGGAGTCATTGGTGCAGGCAGTTCTTTGTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCGCTTCTCTGGGAAATGGAGTCATTGGTGCAGGCAGTTCTTTGTG  640

seq1  AGTTTATGTATATGAGAGTCCTGACAGCAAGAGGAATGTCTAGCAGAATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATGTATATGAGAGTCCTGACAGCAAGAGGAATGTCTAGCAGAATG  690

seq1  GATAGAATTGTTATGCCAAGAGCTAAGCCCCGAGAGGAGCTACAGTAATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAATTGTTATGCCAAGAGCTAAGCCCCGAGAGGAGCTACAGTAATG  740

seq1  CCTGGGGCCCAGCAACTCCAGGCCAGCTCATATTCTACAGCCATCTTTTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGCCCAGCAACTCCAGGCCAGCTCATATTCTACAGCCATCTTTTG  790

seq1  TATGGACAGAAACAGTCTCAGCCCAGGATAAGAAGCTGCCAGCCCCACCG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACAGAAACAGTCTCAGCCCAGGATAAGAAGCTGCCAGCCCCACCG  840

seq1  AGCAGGAGCTCTAAAGTCATGGCTGCATGAACATCCTTTAAGTGAACATC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAGCTCTAAAGTCATGGCTGCATGAACATCCTTTAAGTGAACATC  890

seq1  AGCAGTAGATAAAGTCCAACTCCTCTTCTCACTGACCAGAAAGGTCTACT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTAGATAAAGTCCAACTCCTCTTCTCACTGACCAGAAAGGTCTACT  940

seq1  TGAGCTCAGTGTCTGGGGCTTGGTTCCCAAGGCATTCGTTTTCTGCCTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCAGTGTCTGGGGCTTGGTTCCCAAGGCATTCGTTTTCTGCCTTT  990

seq1  TTCTCAAGGCAAGCTTAAACAGCCAGCGTGGAAAGGTGCCCTCATATGTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAAGGCAAGCTTAAACAGCCAGCGTGGAAAGGTGCCCTCATATGTA  1040

seq1  TTCTCCATTGTAAAGGCCTTCATGAAAACGTCTCTGACTGATGTAGTCAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCATTGTAAAGGCCTTCATGAAAACGTCTCTGACTGATGTAGTCAT  1090

seq1  GGCAAGTCTATGAAGCCTGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTCTATGAAGCCTGAATTC  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |