BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279G05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 73,413,869 - 73,517,661
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUnc13c
Upstream geneRfxdc2, Nedd4, EG639396, Prtg, LOC100040694, Pygo1, Dyx1c1, EG546143, Ccpg1, LOC100041896, Pigb, Rab27a, 2410004A20Rik, BC003885, EG436081
Downstream geneWdr72, Nr1h2-ps, LOC100040764
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279G05.bB6Ng01-279G05.g
ACCGA079382GA079383
length708987
definitionB6Ng01-279G05.b B6Ng01-279G05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,413,869 - 73,414,576)(73,516,675 - 73,517,661)
sequence
gaattcccccatggtatgctactttgatctacatcagcagaaaacatcac
ccaggtctccctgattagagaaaactagtcctgactctcagatttactag
ccttacagtcaaaacacaggataggctgtgagtgaggaaaagcatgggtc
atagtaggtgtggctagaaaccatatacttggagctgtagagtactacta
ttatagccctgggaattctgtattcctgcaccagtaagcttgaatgaaaa
tcttcaatgcacatttgaagaccaacttctatttcattctaatttattca
ctaaagtaaaccaaccaagtctggtcattgtttctttactccaaattagc
agttgcttggagcatgcctcccaaattactgcttctctgactgtggcact
gagaagtgtcattgaaattccctgcaagtatggaaaagcaaattcttcta
tcctacctcagatctgtgcagtagcagttctggatcctattgtggatggc
cctggtgcttttgtattttgatgttaattctgctttcccaggaggggttg
tctgggacaaggaatgagtcacatactcaggtgactccttgtgaaccatc
ccctaatgaataaaggaatcaatcactgggcgagtaggtgggacttctgg
gttggatgaggaagagaggaagcaggagagagttaggggcttttgggatg
gggatagt
gaattcatttctctgcagaataactccagtttctctactaggacaactgc
accatttcctgtcattcacagggataggtgggtgacttacctgaagaatg
ggatggcattaaagacccagagatggactctgagccactatcatgtcctg
tggttgtgactttggacagtggttgacatcagtgctcccctctctttgta
gaatgggaacagtagtgttcatgaatagctggattacattgagtgtggtt
tgcttcttatttccatctccctgtcttgtgtttccttggtacagagggaa
aaattcataaaactactggaccagttgcataactccttaaggattgacct
gtcaaagtacagggtaggtacaacatgatttcccttcaggtagggaaatc
ttcctttctctggataatttcttcccttaacgtagggaaacctgcctttg
ttctaggtaatttctcaacatagttatcattacctgtcctgaaataggaa
agtaatactgatttttgagtctgatacattggaagcaatcctcaagagat
tctttgttgttctcatactctgggtgcacataaaccctaacaataacaat
aacaatacactgtgtgtgtacagctcactcttggaaatcttaacaaccat
ctggtggaatgcccgtgagccgattcatcgagagaacacaaggtccagcc
ttattttgagaatgtatttattaaaagtctataatcataattgtgaacat
tttctttttcatatattcatctcctacattcatttttaattaatctctta
atgatgaatagttaaatgtcagatagatgcatagataaattgatggatgg
ataaatagatagatgaaaatataagttgataagataaatagatggtgact
gaatagacatatagacagatgaatagattgatgatgaatggatggatgac
aaataaatggatagatgagttgattgatgggtaaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_73413869_73414576
seq2: B6Ng01-279G05.b_45_752

seq1  GAATTCCCCCATGGTATGCTACTTTGATCTACATCAGCAGAAAACATCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCATGGTATGCTACTTTGATCTACATCAGCAGAAAACATCAC  50

seq1  CCAGGTCTCCCTGATTAGAGAAAACTAGTCCTGACTCTCAGATTTACTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCTCCCTGATTAGAGAAAACTAGTCCTGACTCTCAGATTTACTAG  100

seq1  CCTTACAGTCAAAACACAGGATAGGCTGTGAGTGAGGAAAAGCATGGGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACAGTCAAAACACAGGATAGGCTGTGAGTGAGGAAAAGCATGGGTC  150

seq1  ATAGTAGGTGTGGCTAGAAACCATATACTTGGAGCTGTAGAGTACTACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAGGTGTGGCTAGAAACCATATACTTGGAGCTGTAGAGTACTACTA  200

seq1  TTATAGCCCTGGGAATTCTGTATTCCTGCACCAGTAAGCTTGAATGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCCCTGGGAATTCTGTATTCCTGCACCAGTAAGCTTGAATGAAAA  250

seq1  TCTTCAATGCACATTTGAAGACCAACTTCTATTTCATTCTAATTTATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAATGCACATTTGAAGACCAACTTCTATTTCATTCTAATTTATTCA  300

seq1  CTAAAGTAAACCAACCAAGTCTGGTCATTGTTTCTTTACTCCAAATTAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTAAACCAACCAAGTCTGGTCATTGTTTCTTTACTCCAAATTAGC  350

seq1  AGTTGCTTGGAGCATGCCTCCCAAATTACTGCTTCTCTGACTGTGGCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTTGGAGCATGCCTCCCAAATTACTGCTTCTCTGACTGTGGCACT  400

seq1  GAGAAGTGTCATTGAAATTCCCTGCAAGTATGGAAAAGCAAATTCTTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTGTCATTGAAATTCCCTGCAAGTATGGAAAAGCAAATTCTTCTA  450

seq1  TCCTACCTCAGATCTGTGCAGTAGCAGTTCTGGATCCTATTGTGGATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACCTCAGATCTGTGCAGTAGCAGTTCTGGATCCTATTGTGGATGGC  500

seq1  CCTGGTGCTTTTGTATTTTGATGTTAATTCTGCTTTCCCAGGAGGGGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGCTTTTGTATTTTGATGTTAATTCTGCTTTCCCAGGAGGGGTTG  550

seq1  TCTGGGACAAGGAATGAGTCACATACTCAGGTGACTCCTTGTGAACCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGACAAGGAATGAGTCACATACTCAGGTGACTCCTTGTGAACCATC  600

seq1  CCCTAATGAATAAAGGAATCAATCACTGGGCGAGTAGGTGGGACTTCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAATGAATAAAGGAATCAATCACTGGGCGAGTAGGTGGGACTTCTGG  650

seq1  GTTGGATGAGGAAGAGAGGAAGCAGGAGAGAGTTAGGGGCTTTTGGGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGATGAGGAAGAGAGGAAGCAGGAGAGAGTTAGGGGCTTTTGGGATG  700

seq1  GGGATAGT  708
      ||||||||
seq2  GGGATAGT  708

seq1: chr9_73516675_73517661
seq2: B6Ng01-279G05.g_65_1051 (reverse)

seq1  AATTTACCCATCAATCAACTCATCTATCCATTTATTTGTCATCCATCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTACCCATCAATCAACTCATCTATCCATTTATTTGTCATCCATCCAT  50

seq1  TCATCATCAATCTATTCATCTGTCTATATGTCTATTCAGTCACCATCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATCAATCTATTCATCTGTCTATATGTCTATTCAGTCACCATCTAT  100

seq1  TTATCTTATCAACTTATATTTTCATCTATCTATTTATCCATCCATCAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTATCAACTTATATTTTCATCTATCTATTTATCCATCCATCAATT  150

seq1  TATCTATGCATCTATCTGACATTTAACTATTCATCATTAAGAGATTAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATGCATCTATCTGACATTTAACTATTCATCATTAAGAGATTAATT  200

seq1  AAAAATGAATGTAGGAGATGAATATATGAAAAAGAAAATGTTCACAATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGAATGTAGGAGATGAATATATGAAAAAGAAAATGTTCACAATTA  250

seq1  TGATTATAGACTTTTAATAAATACATTCTCAAAATAAGGCTGGACCTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATAGACTTTTAATAAATACATTCTCAAAATAAGGCTGGACCTTGT  300

seq1  GTTCTCTCGATGAATCGGCTCACGGGCATTCCACCAGATGGTTGTTAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTCGATGAATCGGCTCACGGGCATTCCACCAGATGGTTGTTAAGA  350

seq1  TTTCCAAGAGTGAGCTGTACACACACAGTGTATTGTTATTGTTATTGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAGAGTGAGCTGTACACACACAGTGTATTGTTATTGTTATTGTTA  400

seq1  GGGTTTATGTGCACCCAGAGTATGAGAACAACAAAGAATCTCTTGAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTATGTGCACCCAGAGTATGAGAACAACAAAGAATCTCTTGAGGAT  450

seq1  TGCTTCCAATGTATCAGACTCAAAAATCAGTATTACTTTCCTATTTCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCAATGTATCAGACTCAAAAATCAGTATTACTTTCCTATTTCAGG  500

seq1  ACAGGTAATGATAACTATGTTGAGAAATTACCTAGAACAAAGGCAGGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTAATGATAACTATGTTGAGAAATTACCTAGAACAAAGGCAGGTTT  550

seq1  CCCTACGTTAAGGGAAGAAATTATCCAGAGAAAGGAAGATTTCCCTACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACGTTAAGGGAAGAAATTATCCAGAGAAAGGAAGATTTCCCTACCT  600

seq1  GAAGGGAAATCATGTTGTACCTACCCTGTACTTTGACAGGTCAATCCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAAATCATGTTGTACCTACCCTGTACTTTGACAGGTCAATCCTTA  650

seq1  AGGAGTTATGCAACTGGTCCAGTAGTTTTATGAATTTTTCCCTCTGTACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTATGCAACTGGTCCAGTAGTTTTATGAATTTTTCCCTCTGTACC  700

seq1  AAGGAAACACAAGACAGGGAGATGGAAATAAGAAGCAAACCACACTCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAACACAAGACAGGGAGATGGAAATAAGAAGCAAACCACACTCAAT  750

seq1  GTAATCCAGCTATTCATGAACACTACTGTTCCCATTCTACAAAGAGAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCCAGCTATTCATGAACACTACTGTTCCCATTCTACAAAGAGAGGG  800

seq1  GAGCACTGATGTCAACCACTGTCCAAAGTCACAACCACAGGACATGATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGATGTCAACCACTGTCCAAAGTCACAACCACAGGACATGATAG  850

seq1  TGGCTCAGAGTCCATCTCTGGGTCTTTAATGCCATCCCATTCTTCAGGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAGAGTCCATCTCTGGGTCTTTAATGCCATCCCATTCTTCAGGTA  900

seq1  AGTCACCCACCTATCCCTGTGAATGACAGGAAATGGTGCAGTTGTCCTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCCACCTATCCCTGTGAATGACAGGAAATGGTGCAGTTGTCCTAG  950

seq1  TAGAGAAACTGGAGTTATTCTGCAGAGAAATGAATTC  987
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAACTGGAGTTATTCTGCAGAGAAATGAATTC  987