BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294N16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 32,770,543 - 32,862,572
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC666619, LOC666622, Grit, Kcnj5, Kcnj1, Fli1, LOC669759, LOC100041398, Ets1, LOC100041426
Downstream geneLOC100042343
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294N16.bB6Ng01-294N16.g
ACCGA090875GA090876
length7671,090
definitionB6Ng01-294N16.b B6Ng01-294N16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,770,543 - 32,771,309)(32,861,484 - 32,862,572)
sequence
gaattccctgtaatcaaatctttggggtggctttgtaatggtttggcttt
ccacaacaagtcaacagttatatatgttgacaccatctgaatggctctgc
cccagagtgaaccctgacttcagtagatgccatctgtctaggaaggaaga
atcttctcacaaaacaaaggccgagaaggtgtttgcgtatgtatgcttat
ctcttcagaggacctgcatataaatttcagatctgtgatatttaggcctt
tgtcattaactctcaaaaaacccagggaatattggaatgtaaatatttct
actattagtctgtgaaccctttaatatatattgctctgttattttttttt
aagatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttattatat
gtaagtacactgtagctgtcctcagacactccagaagagggagtcagatc
tcgttacgtatggttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgaactcc
tgaccttcagaagagcagtcaggtgctcttacccactgagccatctcacc
agccagctctgttatttttagaattaactttaaaccttgcaatgtagtga
atagacgctactctctcttatccaaagcgtcatagtttgaatgagagatg
tctttgaatactcggtcttcagttagtgatgctgcttgggcaaactatag
aacttttatggggtgaagccttgctggagaaaaaacgacattggaagttg
gaagggggagggggaga

gaattctgtaacataagaaaagactttaatagtaatgcaaattttaaaag
caacattaaggccgtagggatgctggtgaccagaccaaatatatggtgtt
ggcagcggactctctctccatgatcccatgctcacatccatctgcacata
accacttgagttcccacatgaacactgacaatttgtaggaaactgttttt
cattagtctgggaaagaatttgttccacattcttttaggacttgaattct
ttacggggaagggatagaagatgggaattgttctgaatattgatttaaaa
catgtaacaccaagtatagagctttttaatacaaagaaatagcctatttc
aaattatgaatacaagacattatctccaaggtgctagagtccactttccc
tagcatgtgagctgtggatgagagttccttacgagatcaatagagtaacc
ataatgacagaaatgacataactcttcctttctctctgatactcagctac
aaatcaacaatactctggtgccttgattgaggaactaagtagataaaatt
ggaaactggacaggtctgtgggtattttcttaattattgatacagaaaga
cccaacctactattagaggcactatctctaagcaggtagcccttgactgt
acaaaaaagttagctaagcatgagccaaataaacaagccagaaaccagtc
agcaagcatcatcaccctgtggtttctactttaagttcctgcttaaaatt
gtacccctgctttcctcagtgaatgagtatgacctggaaagggtaaacca
cataaagaattccctcttttaatttctttgggttagagtgcttgtcatag
ataccaacagagataaagtatatcaaatattacatgttagagcaatatgc
tattatgacatgattacactaattaataaatgggaaattacatttttctc
tctcattaaaatacttatttcactgctagtgaatttgtggtagtagaaaa
tgttattggaaaattgaacaaaaaataatagctatctgatgtagactata
gagaacattaattatggtggcttcaaacactcctgacttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_32770543_32771309
seq2: B6Ng01-294N16.b_49_815

seq1  GAATTCCCTGTAATCAAATCTTTGGGGTGGCTTTGTAATGGTTTGGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGTAATCAAATCTTTGGGGTGGCTTTGTAATGGTTTGGCTTT  50

seq1  CCACAACAAGTCAACAGTTATATATGTTGACACCATCTGAATGGCTCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACAAGTCAACAGTTATATATGTTGACACCATCTGAATGGCTCTGC  100

seq1  CCCAGAGTGAACCCTGACTTCAGTAGATGCCATCTGTCTAGGAAGGAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGTGAACCCTGACTTCAGTAGATGCCATCTGTCTAGGAAGGAAGA  150

seq1  ATCTTCTCACAAAACAAAGGCCGAGAAGGTGTTTGCGTATGTATGCTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTCACAAAACAAAGGCCGAGAAGGTGTTTGCGTATGTATGCTTAT  200

seq1  CTCTTCAGAGGACCTGCATATAAATTTCAGATCTGTGATATTTAGGCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAGAGGACCTGCATATAAATTTCAGATCTGTGATATTTAGGCCTT  250

seq1  TGTCATTAACTCTCAAAAAACCCAGGGAATATTGGAATGTAAATATTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTAACTCTCAAAAAACCCAGGGAATATTGGAATGTAAATATTTCT  300

seq1  ACTATTAGTCTGTGAACCCTTTAATATATATTGCTCTGTTATTTTTTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTAGTCTGTGAACCCTTTAATATATATTGCTCTGTTATTTTTTTTT  350

seq1  AAGATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTATAT  400

seq1  GTAAGTACACTGTAGCTGTCCTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCAGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTACACTGTAGCTGTCCTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCAGATC  450

seq1  TCGTTACGTATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTACGTATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCC  500

seq1  TGACCTTCAGAAGAGCAGTCAGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTCAGAAGAGCAGTCAGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACC  550

seq1  AGCCAGCTCTGTTATTTTTAGAATTAACTTTAAACCTTGCAATGTAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCTCTGTTATTTTTAGAATTAACTTTAAACCTTGCAATGTAGTGA  600

seq1  ATAGACGCTACTCTCTCTTATCCAAAGCGTCATAGTTTGAATGAGAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACGCTACTCTCTCTTATCCAAAGCGTCATAGTTTGAATGAGAGATG  650

seq1  TCTTTGAATACTCGGTCTTCAGTTAGTGATGCTGCTTGGGCAAACTATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAATACTCGGTCTTCAGTTAGTGATGCTGCTTGGGCAAACTATAG  700

seq1  AACTTTTATGGGGTGAAGCCTTGCTGGAGAAAAAACGACATTGGAAGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTATGGGGTGAAGCCTTGCTGGAGAAAAAACGACATTGGAAGTTG  750

seq1  GAAGGGGGAGGGGGAGA  767
      |||||||||||||||||
seq2  GAAGGGGGAGGGGGAGA  767


seq1: chr9_32861484_32862572
seq2: B6Ng01-294N16.g_68_1157 (reverse)

seq1  AAAGTCAGGAGTGTTTGGAG-CAACATAATTAATGTTCTCTAATTAGTCT  49
      ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||  ||||||
seq2  AAAGTCAGGAGTGTTTGAAGCCACCATAATTAATGTTCTCTA--TAGTCT  48

seq1  AACAATCAGATAGCTTATTA-TTTTTGTTCCAATTTTCAATAACATTTTC  98
      |   |||||||||| ||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||
seq2  A--CATCAGATAGC-TATTATTTTTTGTTCAATTTTCCAATAACATTTTC  95

seq1  TACTACCACAAA-TCACTAGCAGTGAAATAAGTA-TTTAATGAGAGAGAA  146
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TACTACCACAAATTCACTAGCAGTGAAATAAGTATTTTAATGAGAGAGAA  145

seq1  AAATGTAATTT-CCATTTAATAATTAGTGTAATCATGTCATAATAGCATA  195
      ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAATTTCCCATTTATTAATTAGTGTAATCATGTCATAATAGCATA  195

seq1  TTGCTCTAACATGTAATATTTGATATACTTTATCTCTGTTGGTATCTATG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTAACATGTAATATTTGATATACTTTATCTCTGTTGGTATCTATG  245

seq1  ACAAGCACTCTAACCCAAAGAAATTAAAAGAGGGAATTCTTTATGTGGTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCACTCTAACCCAAAGAAATTAAAAGAGGGAATTCTTTATGTGGTT  295

seq1  TACCC-TTCCAGGTCATACTCATTCACTGAGGAAAGCAGGGGTACAATTT  344
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTTCCAGGTCATACTCATTCACTGAGGAAAGCAGGGGTACAATTT  345

seq1  TAAGCAGGAACTTAAAGTAGAAACCACAGGGTGATGATGCTTGCTGACTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGGAACTTAAAGTAGAAACCACAGGGTGATGATGCTTGCTGACTG  395

seq1  GTTTCTGGCTTGTTTATTTGGCTCATGCTTAGCTAACTTTTTTGTACAGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGGCTTGTTTATTTGGCTCATGCTTAGCTAACTTTTTTGTACAGT  445

seq1  CAAGGGCTACCTGCTTAGAGATAGTGCCTCTAATAGTAGGTTGGGTCTTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGCTACCTGCTTAGAGATAGTGCCTCTAATAGTAGGTTGGGTCTTT  495

seq1  CTGTATCAATAATTAAGAAAATACCCACAGACCTGTCCAGTTTCCAATTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCAATAATTAAGAAAATACCCACAGACCTGTCCAGTTTCCAATTT  545

seq1  TATCTACTTAGTTCCTCAATCAAGGCACCAGAGTATTGTTGATTTGTAGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTACTTAGTTCCTCAATCAAGGCACCAGAGTATTGTTGATTTGTAGC  595

seq1  TGAGTATCAGAGAGAAAGGAAGAGTTATGTCATTTCTGTCATTATGGTTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATCAGAGAGAAAGGAAGAGTTATGTCATTTCTGTCATTATGGTTA  645

seq1  CTCTATTGATCTCGTAAGGAACTCTCATCCACAGCTCACATGCTAGGGAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTGATCTCGTAAGGAACTCTCATCCACAGCTCACATGCTAGGGAA  695

seq1  AGTGGACTCTAGCACCTTGGAGATAATGTCTTGTATTCATAATTTGAAAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACTCTAGCACCTTGGAGATAATGTCTTGTATTCATAATTTGAAAT  745

seq1  AGGCTATTTCTTTGTATTAAAAAGCTCTATACTTGGTGTTACATGTTTTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTATTTCTTTGTATTAAAAAGCTCTATACTTGGTGTTACATGTTTTA  795

seq1  AATCAATATTCAGAACAATTCCCATCTTCTATCCCTTCCCCGTAAAGAAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATATTCAGAACAATTCCCATCTTCTATCCCTTCCCCGTAAAGAAT  845

seq1  TCAAGTCCTAAAAGAATGTGGAACAAATTCTTTCCCAGACTAATGAAAAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCCTAAAAGAATGTGGAACAAATTCTTTCCCAGACTAATGAAAAA  895

seq1  CAGTTTCCTACAAATTGTCAGTGTTCATGTGGGAACTCAAGTGGTTATGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCCTACAAATTGTCAGTGTTCATGTGGGAACTCAAGTGGTTATGT  945

seq1  GCAGATGGATGTGAGCATGGGATCATGGAGAGAGAGTCCGCTGCCAACAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGGATGTGAGCATGGGATCATGGAGAGAGAGTCCGCTGCCAACAC  995

seq1  CATATATTTGGTCTGGTCACCAGCATCCCTACGGCCTTAATGTTGCTTTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATTTGGTCTGGTCACCAGCATCCCTACGGCCTTAATGTTGCTTTT  1045

seq1  AAAATTTGCATTACTATTAAAGTCTTTTCTTATGTTACAGAATTC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTGCATTACTATTAAAGTCTTTTCTTATGTTACAGAATTC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |