BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295C12
Chromosome9 (Build37)
Map Location 112,227,714 - 112,357,841
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC620760
Upstream geneLba1, Dclk3, LOC620615, Stac, 4930545L08Rik, Arpp21, LOC100039341
Downstream geneLOC100043800, EG622110, LOC100039391, LOC100043801
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295C12.bB6Ng01-295C12.g
ACCGA091099GA091100
length1,1271,191
definitionB6Ng01-295C12.b B6Ng01-295C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,356,715 - 112,357,841)(112,227,714 - 112,228,902)
sequence
gaattctcaggttttcatagacatgttaccttctaggaggctgttatttt
ctgtgaagcgttgttaccagagatctctgtctctgagagatataaaatta
gccagagctgcattcctatttatccctggagtaacaggctggctcagatg
ccacacagggcaggacagacctttctctctgccccaaggtagcaataaaa
gagttatcaactcatcttgatcctcctctaggactcaaaaagaaagaaac
aacaacaacaaaaaatctaagtctggcacctagtttctttcctgagtggg
ttgtcatggcaacaggatatagcaactgttttcagtattctggggccttg
gcaatcctcacgagtttctctgcctcagcttctatgtatgcgcagacata
tggacaccagaacccgtgccagcatggaagagagggacggaaattcatgc
caggatccctctggggtgctcgcgacctcagctgaccttagagtttagct
cactgcacaccagtgctctgagcaggacccatctggttcctggcctggag
gaatttgacagcttttgctatgaagtgagggactgagttcattgagctca
aaggtcaatgccagctccagaggcattgaatccagagtccgaatctcagt
agttcaatttcattccagagggccacggttttgtcttgatcgtacttgtt
ctaataaaaggaaaatttccttcattgtgaatattgttgatactactatt
gactcatgatgagtggcttcattttaactcacaaatacatgatgttctgc
attcaatacacatttaagaaggcaagattttgtgcctgtgtgtgtgtgta
tgtgtgtcttgtgtacttccatataaggatctttataaatggcaattaag
attttaaactgtctcatttggatatttgaaagtgcaaaggcgaccttgca
tattcacatgtcacatttcgatgtccacatatttctgttttttccctgtt
ttcacctctcattatcgatgtctattgtggcatgtgtctgtattatttac
tcatattctgtgtctctgcatgtctgtgatgttatctataaatgaactca
tgtgtgggctatgtttcctggaatgtg

gaattcagagacgtagtgctagtgcagaacaagggttaactaaaaagaaa
aaaagatttaaaagatgaaaagagaggaaagaaaataaattttgttctag
tctcttcaaaactaccaaatattgcaagtacctgaacacaagtgtcctta
acatactcaatttcctttgttttatatttctttattttttgagtcatggt
catatgtattcatcccaggttagccttgaactttccatgtaaatatagat
gaccttaaactcctgggccccctgcctccacttctgagtattgtgattac
aagtgtccaccttatacccagttttatgaggcattgagtcaaacccaggg
cttcatgaacattaagctaccagctgagccccatttcagcctttgcctgg
atatatgtgccttgtgaaggtctgacactgactgtggaggacacctatga
cctgcttctaataaacagaacatggccaaatggaaggggcattattgtca
tattaatgtcactaagattacaatgaagttaccaggagagtgtccatcag
acctcgagagaagctagtcatgtttctaaggtcatcacgccaagaaatac
cgtcatttttaggtgataccaagataagtatcatgagtgaatgtacaggt
accaacaatgtgataaccagggatatgaattgtaaggacacagcccagca
aatggactgtgttttatgaaactctgaagctctgaatccaaaagcctgat
aaattacatcaatgcccacaagatcctgagacaaaacacatattctctgt
ttcaagtggatgtattcttacacagaagtatggacatcatattaaatata
tttacatacactgacgatttcagtatgaaatggacttggtgtgtactaaa
caccatgactaaatgatttctaaattacataatctaaaaaaggaccaaac
atactatttaagttaaagggagccttctaccacatagagagttattagaa
cactctgtgatacatactcttttttatatctttgtcctagctaaacagct
tgtcacacaaaacagttaatttagaaagattagtattttggtacaggtgg
tggggaattggactgtattaatatgtaacttaagaactgccatcatggag
gtagaggattcgcttggaataattaaaactagaggaaaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_112356715_112357841
seq2: B6Ng01-295C12.b_50_1176 (reverse)

seq1  CACATACCAGG-AACATAGCCCACACACTGAGGTTCATTTATAGATAAAC  49
      ||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||
seq2  CACATTCCAGGAAACATAGCCCACACA-TGA-GTTCATTTATAGAT-AAC  47

seq1  ATTCACAGACATGCAGAGACACAAGAATATGAGTAAATAATACAGACACA  99
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TCACAGACATGCAGAGACAC-AGAATATGAGTAAATAATACAGACACA  95

seq1  TGCCAC-ATAGACATCGATAATGAGAGGTGAAAACAGGG-AAAAACAGAA  147
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCCACAATAGACATCGATAATGAGAGGTGAAAACAGGGAAAAAACAGAA  145

seq1  ATATGTGGACATCG-AATGTGACATGTGAATATGCAAGGTCGCC-TTGCA  195
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATATGTGGACATCGAAATGTGACATGTGAATATGCAAGGTCGCCTTTGCA  195

seq1  CTTTCAAATATCCAAATGAGACAGTTTAAAATCTTAATTGCCATTTATAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAAATATCCAAATGAGACAGTTTAAAATCTTAATTGCCATTTATAA  245

seq1  AGATCCTTATATGGAAGTACACAAGACACACATACACACACACACAGGCA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTTATATGGAAGTACACAAGACACACATACACACACACACAGGCA  295

seq1  CAAAATCTTGCCTTCTTAAATGTGTATTGAATGCAGAACATCATGTATTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATCTTGCCTTCTTAAATGTGTATTGAATGCAGAACATCATGTATTT  345

seq1  GTGAGTTAAAATGAAGCCACTCATCATGAGTCAATAGTAGTATCAACAAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTAAAATGAAGCCACTCATCATGAGTCAATAGTAGTATCAACAAT  395

seq1  ATTCACAATGAAGGAAATTTTCCTTTTATTAGAACAAGTACGATCAAGAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACAATGAAGGAAATTTTCCTTTTATTAGAACAAGTACGATCAAGAC  445

seq1  AAAACCGTGGCCCTCTGGAATGAAATTGAACTACTGAGATTCGGACTCTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCGTGGCCCTCTGGAATGAAATTGAACTACTGAGATTCGGACTCTG  495

seq1  GATTCAATGCCTCTGGAGCTGGCATTGACCTTTGAGCTCAATGAACTCAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAATGCCTCTGGAGCTGGCATTGACCTTTGAGCTCAATGAACTCAG  545

seq1  TCCCTCACTTCATAGCAAAAGCTGTCAAATTCCTCCAGGCCAGGAACCAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCACTTCATAGCAAAAGCTGTCAAATTCCTCCAGGCCAGGAACCAG  595

seq1  ATGGGTCCTGCTCAGAGCACTGGTGTGCAGTGAGCTAAACTCTAAGGTCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCCTGCTCAGAGCACTGGTGTGCAGTGAGCTAAACTCTAAGGTCA  645

seq1  GCTGAGGTCGCGAGCACCCCAGAGGGATCCTGGCATGAATTTCCGTCCCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGGTCGCGAGCACCCCAGAGGGATCCTGGCATGAATTTCCGTCCCT  695

seq1  CTCTTCCATGCTGGCACGGGTTCTGGTGTCCATATGTCTGCGCATACATA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCATGCTGGCACGGGTTCTGGTGTCCATATGTCTGCGCATACATA  745

seq1  GAAGCTGAGGCAGAGAAACTCGTGAGGATTGCCAAGGCCCCAGAATACTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGAGGCAGAGAAACTCGTGAGGATTGCCAAGGCCCCAGAATACTG  795

seq1  AAAACAGTTGCTATATCCTGTTGCCATGACAACCCACTCAGGAAAGAAAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTTGCTATATCCTGTTGCCATGACAACCCACTCAGGAAAGAAAC  845

seq1  TAGGTGCCAGACTTAGATTTTTTGTTGTTGTTGTTTCTTTCTTTTTGAGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGCCAGACTTAGATTTTTTGTTGTTGTTGTTTCTTTCTTTTTGAGT  895

seq1  CCTAGAGGAGGATCAAGATGAGTTGATAACTCTTTTATTGCTACCTTGGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGGAGGATCAAGATGAGTTGATAACTCTTTTATTGCTACCTTGGG  945

seq1  GCAGAGAGAAAGGTCTGTCCTGCCCTGTGTGGCATCTGAGCCAGCCTGTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAGAAAGGTCTGTCCTGCCCTGTGTGGCATCTGAGCCAGCCTGTT  995

seq1  ACTCCAGGGATAAATAGGAATGCAGCTCTGGCTAATTTTATATCTCTCAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGGGATAAATAGGAATGCAGCTCTGGCTAATTTTATATCTCTCAG  1045

seq1  AGACAGAGATCTCTGGTAACAACGCTTCACAGAAAATAACAGCCTCCTAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGATCTCTGGTAACAACGCTTCACAGAAAATAACAGCCTCCTAG  1095

seq1  AAGGTAACATGTCTATGAAAACCTGAGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAACATGTCTATGAAAACCTGAGAATTC  1127


seq1: chr9_112227714_112228902
seq2: B6Ng01-295C12.g_67_1257

seq1  GAATTCAGAGACGTAGTGCTAGTGCAGAACAAGGGTTAACTAAAAAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGACGTAGTGCTAGTGCAGAACAAGGGTTAACTAAAAAGAAA  50

seq1  AAAAGATTTAAAAGATGAAAAGAGAGGAAAGAAAATAAATTTTGTTCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATTTAAAAGATGAAAAGAGAGGAAAGAAAATAAATTTTGTTCTAG  100

seq1  TCTCTTCAAAACTACCAAATATTGCAAGTACCTGAACACAAGTGTCCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCAAAACTACCAAATATTGCAAGTACCTGAACACAAGTGTCCTTA  150

seq1  ACATACTCAATTTCCTTTGTTTTATATTTCTTTATTTTTTGAGTCATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTCAATTTCCTTTGTTTTATATTTCTTTATTTTTTGAGTCATGGT  200

seq1  CATATGTATTCATCCCAGGTTAGCCTTGAACTTTCCATGTAAATATAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTATTCATCCCAGGTTAGCCTTGAACTTTCCATGTAAATATAGAT  250

seq1  GACCTTAAACTCCTGGGCCCCCTGCCTCCACTTCTGAGTATTGTGATTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTAAACTCCTGGGCCCCCTGCCTCCACTTCTGAGTATTGTGATTAC  300

seq1  AAGTGTCCACCTTATACCCAGTTTTATGAGGCATTGAGTCAAACCCAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCCACCTTATACCCAGTTTTATGAGGCATTGAGTCAAACCCAGGG  350

seq1  CTTCATGAACATTAAGCTACCAGCTGAGCCCCATTTCAGCCTTTGCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGAACATTAAGCTACCAGCTGAGCCCCATTTCAGCCTTTGCCTGG  400

seq1  ATATATGTGCCTTGTGAAGGTCTGACACTGACTGTGGAGGACACCTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTGCCTTGTGAAGGTCTGACACTGACTGTGGAGGACACCTATGA  450

seq1  CCTGCTTCTAATAAACAGAACATGGCCAAATGGAAGGGGCATTATTGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTCTAATAAACAGAACATGGCCAAATGGAAGGGGCATTATTGTCA  500

seq1  TATTAATGTCACTAAGATTACAATGAAGTTACCAGGAGAGTGTCCATCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATGTCACTAAGATTACAATGAAGTTACCAGGAGAGTGTCCATCAG  550

seq1  ACCTCGAGAGAAGCTAGTCATGTTTCTAAGGTCATCACGCCAAGAAATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCGAGAGAAGCTAGTCATGTTTCTAAGGTCATCACGCCAAGAAATAC  600

seq1  CGTCATTTTTAGGTGATACCAAGATAAGTATCATGAGTGAATGTACAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCATTTTTAGGTGATACCAAGATAAGTATCATGAGTGAATGTACAGGT  650

seq1  ACCAACAATGTGATAACCAGGGATATGAATTGTAAGGACACAGCCCAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAATGTGATAACCAGGGATATGAATTGTAAGGACACAGCCCAGCA  700

seq1  AATGGACTGTGTTTTATGAAACTCTGAAGCTCTGAATCCAAAAGCCTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACTGTGTTTTATGAAACTCTGAAGCTCTGAATCCAAAAGCCTGAT  750

seq1  AAATTACATCAATGCCCACAAGATCCTGAGACAAAACACATATTCTCTG-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAATTACATCAATGCCCACAAGATCCTGAGACAAAACACATATTCTCTGT  800

seq1  TTCAAGTGGATGTATTCTTACACAGAAGTATGGACATCATATTAAATATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTGGATGTATTCTTACACAGAAGTATGGACATCATATTAAATATA  850

seq1  TTTACATACACTGACGATTTCAGTATGAAATGGACTTGGTGTGTACTAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACATACACTGACGATTTCAGTATGAAATGGACTTGGTGTGTACTAAA  900

seq1  CACCATGACTAAATGATTTCTAAATTACATAATCTAAAAAAGGACCAAAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACCATGACTAAATGATTTCTAAATTACATAATCTAAAAAAGGACC-AAA  949

seq1  CATACTATTTAAGTTAAAGGGAGCCTTCTACCACATAGAGAGTTATTAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTATTTAAGTTAAAGGGAGCCTTCTACCACATAGAGAGTTATTAGA  999

seq1  ACACTCTGTGATACAATACTC-TTTTTATATCTTTGTCCTAGGCTAAAAC  1048
      |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||  
seq2  ACACTCTGTGATAC-ATACTCTTTTTTATATCTTTGTCCTA-GCTAAA--  1045

seq1  CAGCTTGTCACAC-AAACAGTAAATTTAG-AAGATTAAGTATTTTGGTAC  1096
      ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  CAGCTTGTCACACAAAACAGTTAATTTAGAAAGATT-AGTATTTTGGTAC  1094

seq1  A----GTGTGGGATTTGACTGTA-TAATATGGTACTTAAGAACTTTGCCA  1141
      |    ||| || ||| ||||||| |||||||  ||||||||||  |||||
seq2  AGGTGGTGGGGAATTGGACTGTATTAATATGTAACTTAAGAAC--TGCCA  1142

seq1  TTATAGAAGTAAGAGGATTTCGCTT-GAATTATTAAAACTAGAG--AAAG  1188
      | || || || |||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||||
seq2  TCATGGAGGT-AGAGGA-TTCGCTTGGAATAATTAAAACTAGAGGAAAAG  1190

seq1  G  1189
      |
seq2  G  1191


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |