BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296B21
Chromosome9 (Build37)
Map Location 22,844,841 - 22,990,217
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneElavl3, Zfp653, Ecsit, EG625409, Cnn1, Elof1, Acp5, Pigyl, LOC100034724, 9530015I07Rik, 1810064F22Rik, Zfp809, BC050092, Zfp810, LOC100041826, EG625603, Anln, 9530077C05Rik, rp9, LOC100041870, Bbs9, LOC100040805
Downstream geneBmper, LOC100040866, LOC100040878, LOC100040893, Npsr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296B21.bB6Ng01-296B21.g
ACCGA091808GA091809
length1,0431,115
definitionB6Ng01-296B21.b B6Ng01-296B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,989,174 - 22,990,217)(22,844,841 - 22,845,960)
sequence
gaattcagtgaccacagaaatctacttcctaagcaaagttttctgtgata
agtcaggcatggtgcatatacctgcaacccctaaactaaggtgactaaag
caggtagaaagaccaatatggtctatatagcaagaccttgtctaaaaaaa
acaaacaaacaaacaaaaaatgctgtttttgttataatgcaaatataaat
cctatatgttattaaaaatgtagacaaagttggggagagtttctttgcat
aaacatgtgacacatggcaaaggatacactgaaatacaaaggtctgtctt
gctctaggtctgtatcccaaaatgaaaagccaaatggaagcaggaacaga
aaacagatgccagaagtcagcccagagcagatcaagcctggacaggattt
ggaatgatgtggagtagggaggggaggatgactgaaagcaccgcaggacc
agaatccagttcccagcaccatcatccatctgttaacaacctcctataac
ttcaattccaagggatcatctggtctcagaaggcatcgcgcgcgcacaca
tacatacatacatacatgcacacgcagacacatgcacacacccacaaaca
aacacacacacagacacatgcacacacccacacacaaaacacatgcgtag
acacatgtacacacagacatgtggacacatgaacacatagacacatacac
agaaaagacatatacacatacaaaaccacacagagacacacgcaagcaca
cacacacatgcagacacatgcacacacatacatgcacacatccacataca
gacacatgcacacagagacatttgtatacacagacacatgaacatacacc
caaatgacaaataaagtaaaccctaactattaaaaggagtacagaaataa
tgaaacagagcagtgagggtttgggggtttgagtaaaaattgccctcata
gtttatgtatttaaatgcctagtcaccagagagttgcgctattgaaggat
tgtaagggttaagaaggtgttgaggggataaggaagcctggtg
gaattcagttctgacgatccacagggaaggagagaactgactcttgtgag
ttgtcctcttgtgcacagccacacctaaacacacacacacacacacacac
atgcacacacatatgcacatgcacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacatgcacacacatatgcacatgcacatacacacactcacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaatccc
ctggtgtaggttttctttagtaacacctctgtcctgtaccagtaggtgga
aatcagccaccatgcagggtgaactccctgatgtggctcttgccacaaca
gacacaggtttgggaggggagctgagcccatttgtcagtaaatgtaagtt
tcacctttgaactccgaaataattgtttggttttccttcttaagtactaa
gattgatttctcagtagcaattagccacatctatacaggaataatagaat
aaataactggagaggaaagtttgggccaagtgtttgtgtttccccttgag
tccttacaatgttggggaaggctgcgtgggtttactgtgtagagagcaag
tgagtttgtctcaaatgaacaaatgctaatgtcagagcctgaggaaactg
gctctccagacccagtttcctcacataaaaaccgagagcagttctgatct
ctgccttaggggatcattaggaggctgttgtgaaatgttttgaagatgct
gtgtaaatacaacactgcagagccttcctatggccctgctgcagttctga
ccctgggaaaagcactgagggttcttatacaggcctgccattggtctttc
tcctcccagctactccatttcccaacaccatctcggcttttctcacttct
gccttggggcttccagacacatcatcaggccgcaggaagacctgcctcca
gccatccttgccagcacttttctttctcaaaccagccctgggatgctcgg
cctgtccctcatataaggcgtttattatgatctaggagagctgaacttct
ggtcttacccaacataaaatctgttctctctgttgtcaaaagagaggaga
ggagaggaagaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_22989174_22990217
seq2: B6Ng01-296B21.b_46_1088 (reverse)

seq1  CACCAAGGCCTCCTAATCCCCTCAACACC-TCCTAACCCTTACAATCCTT  49
      |||| |||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
seq2  CACC-AGGCTTCCTTATCCCCTCAACACCTTCTTAACCCTTACAATCCTT  49

seq1  TCAAATAGCGCAACTCTCTGGTGACTAGGCATTTAAATACATAAACCTAT  99
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  --CAATAGCGCAACTCTCTGGTGACTAGGCATTTAAATACATAAA-CTAT  96

seq1  GAGGGCCATTTTTACTCAAACCCCCAAACCCTCACTGCTCTTGTTTCATT  149
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAGGGCAATTTTTACTCAAACCCCCAAACCCTCACTGCTC-TGTTTCATT  145

seq1  ATTTCTGTACTCC-TTTAATAGTTAGGGTTTACTTTATTTGTCATTTGGG  198
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGTACTCCTTTTAATAGTTAGGGTTTACTTTATTTGTCATTTGGG  195

seq1  TGTATGTTCATGTGTCTGTGTATACAAATGTCTCTGTGTGCATGTGTCTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTCATGTGTCTGTGTATACAAATGTCTCTGTGTGCATGTGTCTG  245

seq1  TATGTGGATGTGTGCATGTATGTGTGTGCATGTGTCTGCATGTGTGTGTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGATGTGTGCATGTATGTGTGTGCATGTGTCTGCATGTGTGTGTG  295

seq1  TGCTTGCGTGTGTCTCTGTGTGGTTTTGTATGTGTATATGTC-TTTCTGT  347
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGCTTGCGTGTGTCTCTGTGTGGTTTTGTATGTGTATATGTCTTTTCTGT  345

seq1  GTATGTGTCTATGTGTTCATGTGTCCACATGTCTGTGTGTACATGTGTCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTCTATGTGTTCATGTGTCCACATGTCTGTGTGTACATGTGTCT  395

seq1  ACGCATGTG-TTTGTGTGTGGGTGTGTGCATGTGTCTGTGTGTGTGTTTG  446
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATGTGTTTTGTGTGTGGGTGTGTGCATGTGTCTGTGTGTGTGTTTG  445

seq1  TTTGTGGGTGTGTGCATGTGTCTGCGTGTGCATGTATGTATGTATGTATG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGGTGTGTGCATGTGTCTGCGTGTGCATGTATGTATGTATGTATG  495

seq1  TGTGCGCGCGCGATGCCTTCTGAGACCAGATGATCCCTTGGAATTGAAGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCGCGCGCGATGCCTTCTGAGACCAGATGATCCCTTGGAATTGAAGT  545

seq1  TATAGGAGGTTGTTAACAGATGGATGATGGTGCTGGGAACTGGATTCTGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGAGGTTGTTAACAGATGGATGATGGTGCTGGGAACTGGATTCTGG  595

seq1  TCCTGCGGTGCTTTCAGTCATCCTCCCCTCCCTACTCCACATCATTCCAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCGGTGCTTTCAGTCATCCTCCCCTCCCTACTCCACATCATTCCAA  645

seq1  ATCCTGTCCAGGCTTGATCTGCTCTGGGCTGACTTCTGGCATCTGTTTTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTCCAGGCTTGATCTGCTCTGGGCTGACTTCTGGCATCTGTTTTC  695

seq1  TGTTCCTGCTTCCATTTGGCTTTTCATTTTGGGATACAGACCTAGAGCAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTGCTTCCATTTGGCTTTTCATTTTGGGATACAGACCTAGAGCAA  745

seq1  GACAGACCTTTGTATTTCAGTGTATCCTTTGCCATGTGTCACATGTTTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACCTTTGTATTTCAGTGTATCCTTTGCCATGTGTCACATGTTTAT  795

seq1  GCAAAGAAACTCTCCCCAACTTTGTCTACATTTTTAATAACATATAGGAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAAACTCTCCCCAACTTTGTCTACATTTTTAATAACATATAGGAT  845

seq1  TTATATTTGCATTATAACAAAAACAGCATTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTTGCATTATAACAAAAACAGCATTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTT  895

seq1  TTTTTAGACAAGGTCTTGCTATATAGACCATATTGGTCTTTCTACCTGCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGACAAGGTCTTGCTATATAGACCATATTGGTCTTTCTACCTGCT  945

seq1  TTAGTCACCTTAGTTTAGGGGTTGCAGGTATATGCACCATGCCTGACTTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCACCTTAGTTTAGGGGTTGCAGGTATATGCACCATGCCTGACTTA  995

seq1  TCACAGAAAACTTTGCTTAGGAAGTAGATTTCTGTGGTCACTGAATTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAAAACTTTGCTTAGGAAGTAGATTTCTGTGGTCACTGAATTC  1043

seq1: chr9_22844841_22845960
seq2: B6Ng01-296B21.g_67_1181

seq1  GAATTCAGTTCTGACGATCCACAGGGAAGGAGAGAACTGACTCTTGTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCTGACGATCCACAGGGAAGGAGAGAACTGACTCTTGTGAG  50

seq1  TTGTCCTCTTGTGCACAGCCACACCTAAACACACACACACACACACACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTCTTGTGCACAGCCACACCTAAACACACACACACACACACACAC  100

seq1  ATGCACACACATATGCACATGCACACACACACACACACACACACACACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACACATATGCACATGCACACACACACACACACACACACACACAC  150

seq1  ACACACACACATGCACACACATATGCACATGCACATACACACACTCACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACATGCACACACATATGCACATGCACATACACACACTCACAC  200

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAATCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAATCCC  250

seq1  CTGGTGTAGGTTTTCTTTAGTAACACCTCTGTCCTGTACCAGTAGGTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTAGGTTTTCTTTAGTAACACCTCTGTCCTGTACCAGTAGGTGGA  300

seq1  AATCAGCCACCATGCAGGGTGAACTCCCTGATGTGGCTCTTGCCACAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGCCACCATGCAGGGTGAACTCCCTGATGTGGCTCTTGCCACAACA  350

seq1  GACACAGGTTTGGGAGGGGAGCTGAGCCCATTTGTCAGTAAATGTAAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGGTTTGGGAGGGGAGCTGAGCCCATTTGTCAGTAAATGTAAGTT  400

seq1  TCACCTTTGAACTCCGAAATAATTGTTTGGTTTTCCTTCTTAAGTACTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTTGAACTCCGAAATAATTGTTTGGTTTTCCTTCTTAAGTACTAA  450

seq1  GATTGATTTCTCAGTAGCAATTAGCCACATCTATACAGGAATAATAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGATTTCTCAGTAGCAATTAGCCACATCTATACAGGAATAATAGAAT  500

seq1  AAATAACTGGAGAGGAAAGTTTGGGCCAAGTGTTTGTGTTTCCCCTTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACTGGAGAGGAAAGTTTGGGCCAAGTGTTTGTGTTTCCCCTTGAG  550

seq1  TCCTTACAATGTTGGGGAAGGCTGCGTGGGTTTACTGTGTAGAGAGCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACAATGTTGGGGAAGGCTGCGTGGGTTTACTGTGTAGAGAGCAAG  600

seq1  TGAGTTTGTCTCAAATGAACAAATGCTAATGTCAGAGCCTGAGGAAACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTGTCTCAAATGAACAAATGCTAATGTCAGAGCCTGAGGAAACTG  650

seq1  GCTCTCCAGACCCAGTTTCCTCACATAAAAACCGAGAGCAGTTCTGATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCCAGACCCAGTTTCCTCACATAAAAACCGAGAGCAGTTCTGATCT  700

seq1  CTGCCTTAGGGGATCATTAGGAGGCTGTTGTGAAATGTTTTGAAGATGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTAGGGGATCATTAGGAGGCTGTTGTGAAATGTTTTGAAGATGCT  750

seq1  GTGTAAATACAACACTGCAGAGCCTTCCTATGGCCCTGCTGCAGTTCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAATACAACACTGCAGAGCCTTCCTATGGCCCTGCTGCAGTTCTGA  800

seq1  CCCTGGGAAAAGCACTGAGGGTTCTTATACAGGCCTGCCATTGGTCTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGAAAAGCACTGAGGGTTCTTATACAGGCCTGCCATTGGTCTTTC  850

seq1  TCCTCCCAGCTACTCCATTTCCCAACACCATCTCGGCTTTTCTCACTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCAGCTACTCCATTTCCCAACACCATCTCGGCTTTTCTCACTTCT  900

seq1  GCCTT-GGGCTTCCAGACACATCATCAGGCCGCAGGAAGACCCTGCCTCC  949
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCCTTGGGGCTTCCAGACACATCATCAGGCCGCAGGAAGA-CCTGCCTCC  949

seq1  AGCCATCCTTGCCAGCACTTTTCTTTCTCCAACCAGCCCT-GGATGCTCG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  AGCCATCCTTGCCAGCACTTTTCTTTCTCAAACCAGCCCTGGGATGCTCG  999

seq1  GCCTGTCCCTCCATATAAAGCCGTTTATTATGATCTAGGAAGAAGCTGAA  1048
      |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||   |||||||
seq2  GCCTGTCCCT-CATAT-AAGGCGTTTATTATGATCTAGGA--GAGCTGAA  1045

seq1  C-TCTGGTCCTTTACCCAACATAAAATCTG-TCTCTCTG-TGTCAAAAGA  1095
      | |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  CTTCTGGTC--TTACCCAACATAAAATCTGTTCTCTCTGTTGTCAAAAGA  1093

seq1  GAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAAAA  1120
      | |||| ||||| ||||| ||||||
seq2  G-AGGA-GAGGA-GAGGAAGAAAAA  1115