BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300E16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 117,349,746 - 117,478,468
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRbms3
Downstream geneLOC665840, LOC100039650, LOC100039681, Azi2, 2010110K16Rik, Eomes, Golga4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300E16.bB6Ng01-300E16.g
ACCGA094905GA094906
length605248
definitionB6Ng01-300E16.b B6Ng01-300E16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,349,746 - 117,350,346)(117,478,221 - 117,478,468)
sequence
gaattcactgtgtgaacctagcctcagaccttcaaatgatttcaggcatg
cactatcatgctcaactcttgaatggttttatatatatatatatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatacacacatacatatacat
acatatatatatacatacatatatacatacatacatatatatatgtgtgt
gtatatatatatatatgtatatgtatatataaaacttctaatatctcact
ctccatttccaaacattgttttagagacagcttactcaactactgtgggt
gtccacatactcacaatgctacctctaaatacactcttgattgtttatgt
gtataactgctttgtctataagcatgtgtgtatgtatgtgtaccacatgt
gtttctattgcctttgaaaatcacaaaacacatcataagccctggaattg
gatttacacatgggtgtgagccaccctcgagatgctgggagttgatcatg
gatcctctggaagtgcaaagagtgtgcttaactactgagcaataatacca
actctacacttctcatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtg
agaagttcatagacaccatcagcctcataatgacttcaagccttgcttga
tctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtatgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtatgtgtaaagagaggga
gacagatacagactatcacccaagggtgttgtcatacagaggtgttacat
tcagttttgggcagtatgctatatttctacatgaattaacaaaaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_117349746_117350346
seq2: B6Ng01-300E16.b_44_648

seq1  GAATTCACTGTGTGAACCTAGCCTCAGACCTTCAAATGATTTCAGGCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGTGAACCTAGCCTCAGACCTTCAAATGATTTCAGGCATG  50

seq1  CACTATCATGCTCAACTCTTGAATGGTTT----TATATATATATATATAT  96
      |||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||
seq2  CACTATCATGCTCAACTCTTGAATGGTTTTATATATATATATATATATAT  100

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATACACACATACATATACAT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATACACACATACATATACAT  150

seq1  ACATATATATATACATACATATATACATACATACATATATATATGTGTGT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATATATACATACATATATACATACATACATATATATATGTGTGT  200

seq1  GTATATATATATATATGTATATGTATATATAAAACTTCTAATAGCTCACT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTATATATATATATATGTATATGTATATATAAAACTTCTAATATCTCACT  250

seq1  CTCCATTTCCAAACATTGTTTTAGAGACAGCTTACTCAACTACTGTGGTT  296
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCCATTTCCAAACATTGTTTTAGAGACAGCTTACTCAACTACTGTGGGT  300

seq1  GTCCAGATACTCAGAATGCTACCTCTAAATACAGTCTTGATTGTTTATGT  346
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTCCACATACTCACAATGCTACCTCTAAATACACTCTTGATTGTTTATGT  350

seq1  GTATAACTGCTTTGTCTATAAGCATGTGTGTATGTATGTGTACCACATGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAACTGCTTTGTCTATAAGCATGTGTGTATGTATGTGTACCACATGT  400

seq1  GTTTCTATTGCCTTTGAAGATCAGAAGACGCATCATAAGCCCTGGAATTG  446
      |||||||||||||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTATTGCCTTTGAAAATCACAAAACACATCATAAGCCCTGGAATTG  450

seq1  GATTTACAGATGGGTGTGAACCACCATCGAGATGCTGGGAGTTGATCATG  496
      |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACACATGGGTGTGAGCCACCCTCGAGATGCTGGGAGTTGATCATG  500

seq1  GATCCTCTGGAAGTGCAAAGAGTGTGCTTAACTACTGAGCAATAATTCCA  546
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GATCCTCTGGAAGTGCAAAGAGTGTGCTTAACTACTGAGCAATAATACCA  550

seq1  ACTCTACACTTCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTACACTTCTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  600

seq1  GTGTG  601
      |||||
seq2  GTGTG  605

seq1: chr9_117478221_117478468
seq2: B6Ng01-300E16.g_73_320 (reverse)

seq1  TTATTTTTGTTAATTCATGTAGAAATCTAGCATACTGCCCAAAACTGAAT  50
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTGTTAATTCATGTAGAAATATAGCATACTGCCCAAAACTGAAT  50

seq1  CTAACACCTCTGTATGACAACACCCTTGAGTGATAGTCTGTCTCTGTCTC  100
       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  GTAACACCTCTGTATGACAACACCCTTGGGTGATAGTCTGTATCTGTCTC  100

seq1  CCTCTCTTTACACATACACATACACACACACACACACACACACACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTTTACACATACACATACACACACACACACACACACACACACACA  150

seq1  CACATACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATC  200

seq1  AAGCAAGGCTTGAAGTCATTATGAGGCTGATGGTGTCTATGAACTTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGGCTTGAAGTCATTATGAGGCTGATGGTGTCTATGAACTTCT  248