BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300H12
Chromosome9 (Build37)
Map Location 23,343,865 - 23,505,132
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBbs9, Bmper
Downstream geneLOC100040866, LOC100040878, LOC100040893, Npsr1, Dpy19l1, Cypt4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300H12.bB6Ng01-300H12.g
ACCGA095038GA095039
length7781,162
definitionB6Ng01-300H12.b B6Ng01-300H12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,504,356 - 23,505,132)(23,343,865 - 23,345,035)
sequence
gaattcagttaataagtatagaataatactcttaattgattctctgggta
tgtgacttacaggatgaatagcaggatctggtatgccccatgagaagtag
attctgttaaaatgtcagactggcttgaaacccctctgccatatacttta
gcataccttgaacaaattagggtagtatggcataatgaaagaagagtaag
atatcagggccttccctctggtaagtgtatgaggagaacaggcccgtata
gaacattaaggcatataatcaatgcaattaggaaatagctcaatacttgc
tatgctacagggtagaaatacagccccttgagacatgaccttttcaactt
gggcccagcaaaatggctcccataaagaagggtagtgagaaaggagaaga
gccattttgccatcaatgagttggtgacctgagaatacaagagtatccgt
gaggtgggtttcaagaagtttgacaagtgggcatgcaaagaaatctagaa
tttttccatgaaggaaatggggacttcagatgtacacattgataccatga
tcaataaagccatctgaatcaaaggaataaggaatgttccatactgcatc
tgagtatgctagtctagaaaacttaatgagtattcaccaaacaagctgta
catattggtaacttaagtgcatattactatgttcaaacatctacagtcaa
cgtacattagaagtaacctgacaaatgtcaaataaaggtgcagaattgcc
aaaataaaggggggggaggggaaagaag

gaattctttgtttttattttttattatttaaaaatttaattttaaatata
cttcaacatactctcctcatttccccaagttcttcaaatgttctcccttt
ccctattcatacaactttacattctttctcaaaaaaaaaaaaatcccaat
acagcaacttccccaccaaaccaataaaataaaatatccacccccacaaa
ataaacaccaaagtgtaataaaataaaacaatgcacacatacacacactg
tctctctcactcacacacatataactgtggagtccattatatgctggtca
acaactcctgaatataaggactgtcctggactggttggtataactagtgt
tactctgttagaggaaatgatttttcctctcctagcaggaataagtgaca
attcaattcttaaccctagtgctagatttttattcattaacatatattag
tatataaaatatataatatattaatatataatatatcaaaataaataata
ataataaaacaaaaccaataaaatcaaagttggaaaagacaaatcagcaa
aaggaaaagagctcaagagaaggcacaagagtgagagaaccactcattaa
cactctcaagaatcccatataaacaccaaatccataatatatagtcaggg
gacctggtgcagaaccttgcaggccctgtgcgtgatgcttcagactgtga
attcatatgagcttttctcacattggttgttagccagatggactctatgt
tgccaagattataggttgctttccacaaactgacatcaaggccccattac
tgtacgacacattgaggatggagatgttgagccagtgactacatagagct
tccaaccttatgtttcagtatccttgttataggaacatactctgaatact
ttttggaagagaaacttaaacaacaaaccagccacaaccctttatatata
atagtgtactgcctataaaatacactagggcaatatggcacagagtcttg
gtgggcataacaacaaccagtaactgatttgactcaaggctactcatgag
atggtatccacacctgacactgccttgatgacagaccttaaccaggagga
gccaagacattgctaaaaccaggaaatactgctctagaaatgcattgata
aatgagtcttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_23504356_23505132
seq2: B6Ng01-300H12.b_44_821 (reverse)

seq1  CTTCTTTCCCCT-CCCCCCCTTTATTTTGGCAATTCTGCACCTTTATTTG  49
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTCCCCTCCCCCCCCTTTATTTTGGCAATTCTGCACCTTTATTTG  50

seq1  ACATTTGTCAGGTTACTTCTAATGTACGTTGACTGTAGATGTTTGAACAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGTCAGGTTACTTCTAATGTACGTTGACTGTAGATGTTTGAACAT  100

seq1  AGTAATATGCACTTAAGTTACCAATATGTACAGCTTGTTTGGTGAATACT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATATGCACTTAAGTTACCAATATGTACAGCTTGTTTGGTGAATACT  150

seq1  CATTAAGTTTTCTAGACTAGCATACTCAGATGCAGTATGGAACATTCCTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGTTTTCTAGACTAGCATACTCAGATGCAGTATGGAACATTCCTT  200

seq1  ATTCCTTTGATTCAGATGGCTTTATTGATCATGGTATCAATGTGTACATC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTTGATTCAGATGGCTTTATTGATCATGGTATCAATGTGTACATC  250

seq1  TGAAGTCCCCATTTCCTTCATGGAAAAATTCTAGATTTCTTTGCATGCCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCCCCATTTCCTTCATGGAAAAATTCTAGATTTCTTTGCATGCCC  300

seq1  ACTTGTCAAACTTCTTGAAACCCACCTCACGGATACTCTTGTATTCTCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCAAACTTCTTGAAACCCACCTCACGGATACTCTTGTATTCTCAG  350

seq1  GTCACCAACTCATTGATGGCAAAATGGCTCTTCTCCTTTCTCACTACCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCAACTCATTGATGGCAAAATGGCTCTTCTCCTTTCTCACTACCCT  400

seq1  TCTTTATGGGAGCCATTTTGCTGGGCCCAAGTTGAAAAGGTCATGTCTCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATGGGAGCCATTTTGCTGGGCCCAAGTTGAAAAGGTCATGTCTCA  450

seq1  AGGGGCTGTATTTCTACCCTGTAGCATAGCAAGTATTGAGCTATTTCCTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCTGTATTTCTACCCTGTAGCATAGCAAGTATTGAGCTATTTCCTA  500

seq1  ATTGCATTGATTATATGCCTTAATGTTCTATACGGGCCTGTTCTCCTCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCATTGATTATATGCCTTAATGTTCTATACGGGCCTGTTCTCCTCAT  550

seq1  ACACTTACCAGAGGGAAGGCCCTGATATCTTACTCTTCTTTCATTATGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTACCAGAGGGAAGGCCCTGATATCTTACTCTTCTTTCATTATGCC  600

seq1  ATACTACCCTAATTTGTTCAAGGTATGCTAAAGTATATGGCAGAGGGGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACCCTAATTTGTTCAAGGTATGCTAAAGTATATGGCAGAGGGGTT  650

seq1  TCAAGCCAGTCTGACATTTTAACAGAATCTACTTCTCATGGGGCATACCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCAGTCTGACATTTTAACAGAATCTACTTCTCATGGGGCATACCA  700

seq1  GATCCTGCTATTCATCCTGTAAGTCACATACCCAGAGAATCAATTAAGAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTGCTATTCATCCTGTAAGTCACATACCCAGAGAATCAATTAAGAG  750

seq1  TATTATTCTATACTTATTAACTGAATTC  777
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTCTATACTTATTAACTGAATTC  778


seq1: chr9_23343865_23345035
seq2: B6Ng01-300H12.g_69_1230

seq1  GAATTCTTTGTTTTTATTTTTTATTATTTAAAAATTTAATTTTAAATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTTTATTTTTTATTATTTAAAAATTTAATTTTAAATATA  50

seq1  CTTCAACATACTCTCCTCATTTCCCCAAGTTCTTCAAATGTTCTCCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACATACTCTCCTCATTTCCCCAAGTTCTTCAAATGTTCTCCCTTT  100

seq1  CCCTATTCATACAACTTTACATTCTTTCTCAAAAAAAAAAAAATCCCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATTCATACAACTTTACATTCTTTCTCAAAAAAAAAAAAATCCCAAT  150

seq1  ACAGCAACTTCCCCACCAAACCAATAAAATAAAATATCCACCCCCACAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAACTTCCCCACCAAACCAATAAAATAAAATATCCACCCCCACAAA  200

seq1  ATAAACACCAAAGTGTAATAAAATAAAACAATGCACACATACACACACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACCAAAGTGTAATAAAATAAAACAATGCACACATACACACACTG  250

seq1  TCTCTCTCACTCACACACATATAACTGTGGAGTCCATTATATGCTGGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCACTCACACACATATAACTGTGGAGTCCATTATATGCTGGTCA  300

seq1  ACAACTCCTGAATATAAGGACTGTCCTGGACTGGTTGGTATAACTAGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTCCTGAATATAAGGACTGTCCTGGACTGGTTGGTATAACTAGTGT  350

seq1  TACTCTGTTAGAGGAAATGATTTTTCCTCTCCTAGCAGGAATAAGTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGTTAGAGGAAATGATTTTTCCTCTCCTAGCAGGAATAAGTGACA  400

seq1  ATTCAATTCTTAACCCTAGTGCTAGATTTTTATTCATTAACATATATTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATTCTTAACCCTAGTGCTAGATTTTTATTCATTAACATATATTAG  450

seq1  TATATAAAATATATAATATATTAATATATAATATATCAAAATAAATAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAAATATATAATATATTAATATATAATATATCAAAATAAATAATA  500

seq1  ATAATAAAACAAAACCAATAAAATCAAAGTTGGAAAAGACAAATCAGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAACAAAACCAATAAAATCAAAGTTGGAAAAGACAAATCAGCAA  550

seq1  AAGGAAAAGAGCTCAAGAGAAGGCACAAGAGTGAGAGAACCACTCATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAAGAGCTCAAGAGAAGGCACAAGAGTGAGAGAACCACTCATTAA  600

seq1  CACTCTCAAGAATCCCATATAAACACCAAATCCATAATATATAGTCAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCAAGAATCCCATATAAACACCAAATCCATAATATATAGTCAGGG  650

seq1  GACCTGGTGCAGAACCTTGCAGGCCCTGTGCGTGATGCTTCAGACTGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGTGCAGAACCTTGCAGGCCCTGTGCGTGATGCTTCAGACTGTGA  700

seq1  ATTCATATGAGCTTTTCTCACATTGGTTGTTAGCCAGATGGACTCTATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATATGAGCTTTTCTCACATTGGTTGTTAGCCAGATGGACTCTATGT  750

seq1  TGCCAAGATTATAGGTTGCTTTCCACAAACTGACATCAAGGCCCCATTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGATTATAGGTTGCTTTCCACAAACTGACATCAAGGCCCCATTAC  800

seq1  TGTACGACACATTGAGGATGGAGATGTTGAGCCAGTGACTACATAGAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACGACACATTGAGGATGGAGATGTTGAGCCAGTGACTACATAGAGCT  850

seq1  TCCAACCTTATGTTTCAGTATCCTTGTTATAGGAACATACTCTGAATAC-  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCCAACCTTATGTTTCAGTATCCTTGTTATAGGAACATACTCTGAATACT  900

seq1  TTTTGGAAGAGAAACTTAAACAACAAACCAGCCACAAACCCTTTATATAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAGAGAAACTTAAACAACAAACCAGCCAC-AACCCTTTATATAT  949

seq1  AATAGTGTACTGCCTATAAAATACACTAGGGCAATAATGGCACAGAG-CT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  AATAGTGTACTGCCTATAAAATACACTAGGGCAAT-ATGGCACAGAGTCT  998

seq1  T-GTGGGCATAACCAACCAACCAGTAACTGATTTGACTCAAGGCCTACTC  1047
      | |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  TGGTGGGCATAAC--AACAACCAGTAACTGATTTGACTCAAGG-CTACT-  1044

seq1  CATGAGATGGTATCCACACCTGACACTGCTTGGATGACCAAGAACCTAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  || |||| ||
seq2  CATGAGATGGTATCCACACCTGACACTGCCTTGATGAC--AG-ACCTTAA  1091

seq1  ACCAGAGAGCCCAAGGACCCATGTAAAACCAAGGAATACTGGTCTAGAAA  1147
       |  |||   |||| |||     |||||||| | ||||||| ||||| ||
seq2  CCAGGAGGAGCCAA-GACATTGCTAAAACCAGGAAATACTGCTCTAG-AA  1139

seq1  ATGCAGTGGTAAAATGAGTCTTAA  1171
      ||||| || | |||||||||||||
seq2  ATGCATTGAT-AAATGAGTCTTAA  1162


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |