BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300J19
Chromosome9 (Build37)
Map Location 80,708,183 - 80,837,912
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFilip1, LOC100041218, LOC666490, Senp6, LOC100041249, Myo6, Impg1
Downstream geneEG666534, LOC100039038, Htr1b, LOC671392, 4930486G11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300J19.bB6Ng01-300J19.g
ACCGA095145GA095146
length1,1581,168
definitionB6Ng01-300J19.b B6Ng01-300J19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,836,745 - 80,837,912)(80,708,183 - 80,709,363)
sequence
gaattcttgtgccagcagaagcaggattgtcatgaacagaaagcatgttt
ataataatacatgagagtgaccaccagtttggtcagatagcataatcata
gagcacacacttcagggaaatcctggttgcttgactggactgcagttcct
aagagactcttttatcaaacaaaaaagcatcacttgtggttcagagctta
gcatccaaggccagggcatatgggaacagggagtgagggtgttcacccac
atggagatatactgggtaatcacaaagtcagttctgacccagcgaggact
catgcctctgacagtggaaaggaagagctgtggtggcaaatgagctccct
cttcaccactcatgagcaacctttatgatcagtaaaatcagcgttttcgt
attttgactgcatgtgattgtcaaagacacagcacaccttagttttcaat
ctttatttctataatggaaagtttaacacagaaaattgctgtttacggat
gtctcacagttattgctatttggtcatccatttcctgagactgcttacat
ccccccaacagtagagaaaagatttgctttttgactgttggtcctaacta
taacacggttttaatctctgaaagaaaacctattttgttactatgatcta
tgaaacatgactaacattaattcatagttagaaaaatcattccaactcag
gcaaaataataactcaattcacaacttgtttcaaaattataatatttgca
aagaacaagatatagactgatgctgctaaacatccatatgagaagtgagg
atatttggaaactctaaatttgagttttccatgactttataaatatcagc
ttatactttgttcttattttgaaatattgagattctcaatttggtattaa
aaactacccaaaagtaagaggttttcattttctttgttttaaaatttaag
tgcacacgaatcacactactgtcattctttctttataagatatagaaaat
gtatgtgtgaaattaaggatgaaagtgttagaaatgtgagcatttcttct
aaacaggctttttttttcttaatctgagaataaagagcatttcctcccct
gctgcacttgtgattgattggtatgaacaaacttgaacctgtccaaacta
acatctga

gaattccaaagtcagatttaaaagagttattctcgtagctgaaaatgatg
ccatactttctccttaagtatgacatttcaggctcttcattttctcagcc
tttagtacagtaaggttcttgtaattactctatactgataagtaaagata
atttccattaaaataaaatgcaatttatacagcattttctaaagagattg
gtgtggctttcaagtaagatattccagtgtatgagtcattggaattttga
gacagaatatgtcttgacatgttttagttgaagagctgtcttttgagtta
ggtcatgtaatttgtgagactcttctatgagttattctgaataagttgag
aaattattcccactcaaagaaagttaaggaccaaataatggagaagaatc
agaaataaaagtttcaagtatgccccgggtttctttttatgttcatttta
aaattcaccatttaataaagtggttaattagtgaggttccttcaggctct
gggggcacttgaggatttgacactgtctgtaatatcccggtgaattacaa
aaggacactagatccagggcagtggtgcatactgcatgagtcctggatcc
ttacactgtgtaagatctgagcaaagcaaatctagggttactaatgagta
gtagctccactagggagtatgaggtagtcatgggtcctggacagcaaggt
gactgtcacttcatagacacaaggtatagttctataccctggaagcccca
tctctcctgacatctggtgatctgtgcccagcagatatactttaaattgt
aaccacagagcatctaccctgctgtggacctctctgtgcatgtgtcccac
acctgctttttcctaacattaaataattggtatggggaaaacttgtgcta
tcttatgactgattattaatccttatcacaccttcacactgaccagtgag
tgtgtcaggcaagctgacaaatcctaaggtccttttcagtttgaaaacaa
ttttattttattttctttgacttgagacagtcttatcttactctgtagca
tagctgtcttgactactacacccaagtggctcaatttgtgatatttctaa
cttactcagctctctggcgttggatgtatggtttagttacaatgccaggc
ttgtaatagctcaatggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_80836745_80837912
seq2: B6Ng01-300J19.b_43_1200 (reverse)

seq1  TCAGATGTTATGTTGTGACAGTTTCAGGTTTGGTCATACAAATTCAACCA  50
      |||||||||| |||  ||||| |||| ||||| |||||| || |||| ||
seq2  TCAGATGTTA-GTTTGGACAGGTTCAAGTTTGTTCATACCAA-TCAATCA  48

seq1  CAAGGTGGCAGCAGGGGAGAAAATGCTCTATATTCTCAAGATTAAAGAAA  100
      ||||   |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||||
seq2  CAAG--TGCAGCAGGGGAGGAAATGCTCTTTATTCTC-AGATT-AAGAAA  94

seq1  AAAAAGGCCTGTTTAG-AGAAATGGCTCACATTTCTAACACTTTTCATCC  149
      ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| |
seq2  AAAAAAGCCTGTTTAGAAGAAAT-GCTCACATTTCTAACAC-TTTCAT-C  141

seq1  CTTAATTTCACACATACATTTTCTATATCCTTATAAAGAAAGAATGACAG  199
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTTCACACATACATTTTCTATAT-CTTATAAAGAAAGAATGACAG  190

seq1  TAGTGTTGATTCGTGTGCACTTAAATTTTAAAACAAAGAAAATGAAAACC  249
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTG-TGATTCGTGTGCACTTAAATTTTAAAACAAAGAAAATGAAAACC  239

seq1  TCTTACTTTTGGGTAGTTTTTAATACCAAATTGAGAATCTCAATATTTCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTTTTGGGTAGTTTTTAATACCAAATTGAGAATCTCAATATTTCA  289

seq1  AAATAAGAACAAAGTATAAGCTGATATTTATAAAGTCATGGAAAACTCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGAACAAAGTATAAGCTGATATTTATAAAGTCATGGAAAACTCAA  339

seq1  ATTTAGAGTTTCCAAATATCCTCACTTCTCATATGGATGTTTAGCAGCAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAGTTTCCAAATATCCTCACTTCTCATATGGATGTTTAGCAGCAT  389

seq1  CAGTCTATATCTTGTTCTTTGCAAATATTATAATTTTGAAACAAGTTGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTATATCTTGTTCTTTGCAAATATTATAATTTTGAAACAAGTTGTG  439

seq1  AATTGAGTTATTATTTTGCCTGAGTTGGAATGATTTTTCTAACTATGAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAGTTATTATTTTGCCTGAGTTGGAATGATTTTTCTAACTATGAAT  489

seq1  TAATGTTAGTCATGTTTCATAGATCATAGTAACAAAATAGGTTTTCTTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTAGTCATGTTTCATAGATCATAGTAACAAAATAGGTTTTCTTTC  539

seq1  AGAGATTAAAACCGTGTTATAGTTAGGACCAACAGTCAAAAAGCAAATCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTAAAACCGTGTTATAGTTAGGACCAACAGTCAAAAAGCAAATCT  589

seq1  TTTCTCTACTGTTGGGGGGATGTAAGCAGTCTCAGGAAATGGATGACCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTACTGTTGGGGGGATGTAAGCAGTCTCAGGAAATGGATGACCAA  639

seq1  ATAGCAATAACTGTGAGACATCCGTAAACAGCAATTTTCTGTGTTAAACT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAATAACTGTGAGACATCCGTAAACAGCAATTTTCTGTGTTAAACT  689

seq1  TTCCATTATAGAAATAAAGATTGAAAACTAAGGTGTGCTGTGTCTTTGAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTATAGAAATAAAGATTGAAAACTAAGGTGTGCTGTGTCTTTGAC  739

seq1  AATCACATGCAGTCAAAATACGAAAACGCTGATTTTACTGATCATAAAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACATGCAGTCAAAATACGAAAACGCTGATTTTACTGATCATAAAGG  789

seq1  TTGCTCATGAGTGGTGAAGAGGGAGCTCATTTGCCACCACAGCTCTTCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCATGAGTGGTGAAGAGGGAGCTCATTTGCCACCACAGCTCTTCCT  839

seq1  TTCCACTGTCAGAGGCATGAGTCCTCGCTGGGTCAGAACTGACTTTGTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTGTCAGAGGCATGAGTCCTCGCTGGGTCAGAACTGACTTTGTGA  889

seq1  TTACCCAGTATATCTCCATGTGGGTGAACACCCTCACTCCCTGTTCCCAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCAGTATATCTCCATGTGGGTGAACACCCTCACTCCCTGTTCCCAT  939

seq1  ATGCCCTGGCCTTGGATGCTAAGCTCTGAACCACAAGTGATGCTTTTTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTGGCCTTGGATGCTAAGCTCTGAACCACAAGTGATGCTTTTTTG  989

seq1  TTTGATAAAAGAGTCTCTTAGGAACTGCAGTCCAGTCAAGCAACCAGGAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAAAAGAGTCTCTTAGGAACTGCAGTCCAGTCAAGCAACCAGGAT  1039

seq1  TTCCCTGAAGTGTGTGCTCTATGATTATGCTATCTGACCAAACTGGTGGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGAAGTGTGTGCTCTATGATTATGCTATCTGACCAAACTGGTGGT  1089

seq1  CACTCTCATGTATTATTATAAACATGCTTTCTGTTCATGACAATCCTGCT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCATGTATTATTATAAACATGCTTTCTGTTCATGACAATCCTGCT  1139

seq1  TCTGCTGGCACAAGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGGCACAAGAATTC  1158


seq1: chr9_80708183_80709363
seq2: B6Ng01-300J19.g_68_1235

seq1  GAATTCCAAAGTCAGATTTAAAAGAGTTATTCTCGTAGCTGAAAATGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAGTCAGATTTAAAAGAGTTATTCTCGTAGCTGAAAATGATG  50

seq1  CCATACTTTCTCCTTAAGTATGACATTTCAGGCTCTTCATTTTCTCAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTTTCTCCTTAAGTATGACATTTCAGGCTCTTCATTTTCTCAGCC  100

seq1  TTTAGTACAGTAAGGTTCTTGTAATTACTCTATACTGATAAGTAAAGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTACAGTAAGGTTCTTGTAATTACTCTATACTGATAAGTAAAGATA  150

seq1  ATTTCCATTAAAATAAAATGCAATTTATACAGCATTTTCTAAAGAGATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCATTAAAATAAAATGCAATTTATACAGCATTTTCTAAAGAGATTG  200

seq1  GTGTGGCTTTCAAGTAAGATATTCCAGTGTATGAGTCATTGGAATTTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCTTTCAAGTAAGATATTCCAGTGTATGAGTCATTGGAATTTTGA  250

seq1  GACAGAATATGTCTTGACATGTTTTAGTTGAAGAGCTGTCTTTTGAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAATATGTCTTGACATGTTTTAGTTGAAGAGCTGTCTTTTGAGTTA  300

seq1  GGTCATGTAATTTGTGAGACTCTTCTATGAGTTATTCTGAATAAGTTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATGTAATTTGTGAGACTCTTCTATGAGTTATTCTGAATAAGTTGAG  350

seq1  AAATTATTCCCACTCAAAGAAAGTTAAGGACCAAATAATGGAGAAGAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTCCCACTCAAAGAAAGTTAAGGACCAAATAATGGAGAAGAATC  400

seq1  AGAAATAAAAGTTTCAAGTATGCCCCGGGTTTCTTTTTATGTTCATTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAAAGTTTCAAGTATGCCCCGGGTTTCTTTTTATGTTCATTTTA  450

seq1  AAATTCACCATTTAATAAAGTGGTTAATTAGTGAGGTTCCTTCAGGCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCACCATTTAATAAAGTGGTTAATTAGTGAGGTTCCTTCAGGCTCT  500

seq1  GGGGGCACTTGAGGATTTGACACTGTCTGTAATATCCCGGTGAATTACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCACTTGAGGATTTGACACTGTCTGTAATATCCCGGTGAATTACAA  550

seq1  AAGGACACTAGATCCAGGGCAGTGGTGCATACTGCATGAGTCCTGGATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACACTAGATCCAGGGCAGTGGTGCATACTGCATGAGTCCTGGATCC  600

seq1  TTACACTGTGTAAGATCTGAGCAAAGCAAATCTAGGGTTACTAATGAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTGTGTAAGATCTGAGCAAAGCAAATCTAGGGTTACTAATGAGTA  650

seq1  GTAGCTCCACTAGGGAGTATGAGGTAGTCATGGGTCCTGGACAGCAAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTCCACTAGGGAGTATGAGGTAGTCATGGGTCCTGGACAGCAAGGT  700

seq1  GACTGTCACTTCATAGACACAAGGTATAGTTCTATACCCTGGAAGCCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCACTTCATAGACACAAGGTATAGTTCTATACCCTGGAAGCCCCA  750

seq1  TCTCTCCTGACATCTGGTGATCTGTGCCCAGCAGATATACTTTAAATTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCTGACATCTGGTGATCTGTGCCCAGCAGATATACTTTAAATTGT  800

seq1  AACCACAGAGCATCTACCCTGCTGTGGACCTCTCTGTGCATGTGTCCCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAGAGCATCTACCCTGCTGTGGACCTCTCTGTGCATGTGTCCCAC  850

seq1  ACCTGCTTTTTCCTAACATTAAATAATTGGTATGGGGAAAACTTGTGCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTTTTTCCTAACATTAAATAATTGGTATGGGGAAAACTTGTGCTA  900

seq1  TCTTATGACTGATTATTAATCCTTATCACACCTTCACACTGACCAGTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGACTGATTATTAATCCTTATCACACCTTCACACTGACCAGTGAG  950

seq1  TGTGTCAGGCAAGCTGACAAATCCTAAGGTCCTTTTCAGTTTTGAAAACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTGTCAGGCAAGCTGACAAATCCTAAGGTCCTTTTCAG-TTTGAAAACA  999

seq1  ATTTTATTTTATTTTCCTTTGACTTGAGACAAGGTCTTATCTTACTCTGT  1050
      ||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTTATTTT-CTTTGACTTGAGACA--GTCTTATCTTACTCTGT  1046

seq1  AGCATAGGCTGTCTTGGAACTACTACAACCCAGGTGGCCTCAAATTTGTG  1100
      |||||| |||||||||  |||||||| ||||| |||| ||| ||||||||
seq2  AGCATA-GCTGTCTTG--ACTACTAC-ACCCAAGTGG-CTC-AATTTGTG  1090

seq1  ATA-TTCT-ACTTACTTCAGC-CTCCTGCGTTTGGGATGATGGGTTTAAG  1147
      ||| |||| |||||| ||||| |||  |||||  |||||   ||||| ||
seq2  ATATTTCTAACTTAC-TCAGCTCTCTGGCGTT--GGATGTATGGTTT-AG  1136

seq1  TCACCAAGCCCAGGCTCTGAAATAGCTCAATGGC  1181
      | | |||  ||||||| || ||||||||||||||
seq2  TTA-CAATGCCAGGCT-TGTAATAGCTCAATGGC  1168


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |