BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300M03
Chromosome9 (Build37)
Map Location 22,052,166 - 22,141,440
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC050092, Zfp810, LOC100041826, EG625603, Anln
Upstream geneAtg4d, BC021438, Cdkn2d, Ap1m2, Slc44a2, Ilf3, Qtrt1, Dnm2, Tmed1, AB124611, Carm1, Yipf2, 1810026J23Rik, EG666043, Smarca4, Ldlr, Spc24, Ankrd25, Dock6, EG624219, Rab3d, BC010787, 2510048L02Rik, BC018242, 2310047B19Rik, Epor, Rgl3, C330001K17Rik, Prkcsh, Elavl3, Zfp653, Ecsit, EG625409, Cnn1, Elof1, Acp5, Pigyl, LOC100034724, 9530015I07Rik, 1810064F22Rik, Zfp809
Downstream gene9530077C05Rik, rp9, LOC100041870, Bbs9, LOC100040805, Bmper
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300M03.bB6Ng01-300M03.g
ACCGA095250GA095251
length1,1961,043
definitionB6Ng01-300M03.b B6Ng01-300M03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,052,166 - 22,053,369)(22,140,397 - 22,141,440)
sequence
gaattcattctcctgccttaacttcccaatagagatcatgattatcaaaa
ggttttcaggccattgacaatggggccatagctattcaaactgccacatt
ctacttccttcccccataggcttgtaaccataatataatgcaaaatgcat
ttagtccaacttcaaaaaatccccacagtctatcagtctcaacaatgttt
taaagtccaaagttcaaagtctcttctgaggtttgtacaacctcttaatt
gtaatcccctataaaataaaataaaattcaaattaaataaataaataaaa
agcagagcacatactttcaatgtatcacggcacaggatacacatcaccat
tctaaaacatagggaagagagcctagtgagaaaagactggaccaaagcag
gactgaaaaccagctggcaaactcccaactctgcatctccatgtttgata
tcaaagtgttcttcagctctccagctcctttcagctttgttgactgcaac
aaacttctttctcttgggctggttgcactccctggtagcagctttcctgg
gcaggtatcccacaggtctggcatatctaacctcttggagtctctaggcc
tccccttcacaatttcatacaatagcctctctggacttccatgcagggac
agggacatgcctagcctcagcaaccttcttcagctgcagagggagattca
aggatgttgaattacctggagctagagttcctggtagcagaagacctggg
aattcaattcaggttttctgtgccaaggaccagcctcagcttggagaggg
gttcctgagagaaggggtgtttgagagcggtaaaaaaaactcaaagtcaa
tcatgggtacaagccgacagccaacctgtgttctgctcaagacagctctc
tctcttgcttgaatacaattttgaaatgctggataactcatctcttcgac
ctatcttttatttacatatcagttcaatcattaccccaggttcacttttg
attatcccatgaatcagcatcccctgactccagccccttgattcttagaa
agagacagcaaaacacctttatcttctttcttctttgtttctttccttct
ttcttcatgcaaatgatcagaagaatctgtcttgtaaaccagaacataaa
ctttagtgggttggatccagtcctggaataccaatcccaccacacc
gaattccattgtccaaacatgtcacagtgaattgagttgttgtgtttgtg
cattgctgcatttaaatgcagccctgtggcttttgataaggccaatgagg
ttgaagatagagggcatgaggaacatgaactgtaatagttcatggagcaa
ggatggaaggtgaagaaatagcacaaagcctcagagaagggtatgtgtgg
aatgcacagagggttgtgcaaaactaactgtttttctctgctacctaagg
atttgtgtgatgctattgatgttgcaaatcaggttgcagttattgtcaga
ggtgtaaagaggagctaggatttgagtcacgtaggtgaagcagactgaat
cagattcattagacatgcttttcctctcttgttagcgctattcatagttg
agtctgtagatgggactgcgtgtgctccaaaggttctccattctcacgaa
cacttttgtatcaccagcttttgtcagtatgagtgagacatacattcttt
gtatttgtctttgtcttcattactagagtagcaccttgtcttctgtgtat
ggcctttgtgatggtttgaatgaggcgcatatatttgaatacatggactc
aggttggtgaaactgtttgggaaggattaggaagtatgctggctagtttt
cttttagcttgattcaagctgaagttatctgaaaagagggaacctcagtt
gaggaaatgcctttataaaatccagctgtagggcattttcttaattagtg
attgatgcaggagggccctgcttattatgggttgtgccatccctggtggt
cctgggtttataaaggaagcagactgagcaagccatgataataagcaagc
cagtaagcagtaccccttccctgggcacctgcttcagctcctgcctccag
gttcctgctctgttgatgaggaactggacgtgtaagtcaaatcaaccctt
tcctcccctagttgtttggccatggtgtcccatcaacagccaatagaaat
ccttactagtgcagagtgtggctttggggatgtgtcactttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_22052166_22053369
seq2: B6Ng01-300M03.b_49_1244

seq1  GAATTCATTCTCCTGCCTTAACTTCCCAATAGAGATCATGATTATCAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTCCTGCCTTAACTTCCCAATAGAGATCATGATTATCAAAA  50

seq1  GGTTTTCAGGCCATTGACAATGGGGCCATAGCTATTCAAACTGCCACATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCAGGCCATTGACAATGGGGCCATAGCTATTCAAACTGCCACATT  100

seq1  CTACTTCCTTCCCCCATAGGCTTGTAACCATAATATAATGCAAAATGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCCTTCCCCCATAGGCTTGTAACCATAATATAATGCAAAATGCAT  150

seq1  TTAGTCCAACTTCAAAAAATCCCCACAGTCTATCAGTCTCAACAATGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCCAACTTCAAAAAATCCCCACAGTCTATCAGTCTCAACAATGTTT  200

seq1  TAAAGTCCAAAGTTCAAAGTCTCTTCTGAGGTTTGTACAACCTCTTAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTCCAAAGTTCAAAGTCTCTTCTGAGGTTTGTACAACCTCTTAATT  250

seq1  GTAATCCCCTATAAAATAAAATAAAATTCAAATTAAATAAATAAATAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCCCCTATAAAATAAAATAAAATTCAAATTAAATAAATAAATAAAA  300

seq1  AGCAGAGCACATACTTTCAATGTATCACGGCACAGGATACACATCACCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGCACATACTTTCAATGTATCACGGCACAGGATACACATCACCAT  350

seq1  TCTAAAACATAGGGAAGAGAGCCTAGTGAGAAAAGACTGGACCAAAGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAACATAGGGAAGAGAGCCTAGTGAGAAAAGACTGGACCAAAGCAG  400

seq1  GACTGAAAACCAGCTGGCAAACTCCCAACTCTGCATCTCCATGTTTGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAAAACCAGCTGGCAAACTCCCAACTCTGCATCTCCATGTTTGATA  450

seq1  TCAAAGTGTTCTTCAGCTCTCCAGCTCCTTTCAGCTTTGTTGACTGCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTGTTCTTCAGCTCTCCAGCTCCTTTCAGCTTTGTTGACTGCAAC  500

seq1  AAACTTCTTTCTCTTGGGCTGGTTGCACTCCCTGGTAGCAGCTTTCCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCTTTCTCTTGGGCTGGTTGCACTCCCTGGTAGCAGCTTTCCTGG  550

seq1  GCAGGTATCCCACAGGTCTGGCATATCTAACCTCTTGGAGTCTCTAGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTATCCCACAGGTCTGGCATATCTAACCTCTTGGAGTCTCTAGGCC  600

seq1  TCCCCTTCACAATTTCATACAATAGCCTCTCTGGACTTCCATGCAGGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTCACAATTTCATACAATAGCCTCTCTGGACTTCCATGCAGGGAC  650

seq1  AGGGACATGCCTAGCCTCAGCAACCTTCTTCAGCTGCAGAGGGAGATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACATGCCTAGCCTCAGCAACCTTCTTCAGCTGCAGAGGGAGATTCA  700

seq1  AGGATGTTGAATTACCTGGAGCTAGAGTTCCTGGTAGCAGAAGACCTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTTGAATTACCTGGAGCTAGAGTTCCTGGTAGCAGAAGACCTGGG  750

seq1  AATTCAATTCAGGTTTTCTGTGCCAAGGACCAGCCTCAGCTTGGAGAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAATTCAGGTTTTCTGTGCCAAGGACCAGCCTCAGCTTGGAGAGGG  800

seq1  GTTCCTGAGAGAAGGGGTGTTTGAGAGCGGTAAAAAAAACTCAAAGTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGAGAGAAGGGGTGTTTGAGAGCGGTAAAAAAAACTCAAAGTCAA  850

seq1  TCATGGGTACAAGCCGACAGCCAACCTGTGTTCTGCTCAAGACAGCTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGTACAAGCCGACAGCCAACCTGTGTTCTGCTCAAGACAGCTCTC  900

seq1  TCTCTTGCTTGAATACAATTTTGAAAATGCTGGATAACTCATCTCTTCGA  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGCTTGAATACAATTTTG-AAATGCTGGATAACTCATCTCTTCGA  949

seq1  CCTATCTTTTATTTACATATCAGTTCAATCATTTACCCCAGGTTCACTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTTTTATTTACATATCAGTTCAATCA-TTACCCCAGGTTCACTTT  998

seq1  TGATTATCCCATGAATCAGCATCCCCTGACTCCAGCCCCTTGATTCTTAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATCCCATGAATCAGCATCCCCTGACTCCAGCCCCTTGATTCTTAG  1048

seq1  AAAGAGACAGC-AAACACCTTTATCTTCTTTCTTTCTTTGTTTCTTTCCT  1099
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  AAAGAGACAGCAAAACACCTTTATCTTCTTTC-TTCTTTGTTTCTTTCC-  1096

seq1  TTCTTTCTTCATTGCAAATGAATTCAGA--GATCTGTCTTTGTTAAACAC  1147
      ||||||||||| |||||||||  |||||   ||||||| |||| || || 
seq2  TTCTTTCTTCA-TGCAAATGA--TCAGAAGAATCTGTC-TTGTAAACCAG  1142

seq1  AGACAATAACTTTAGTTGGGTGGGATCCAGTCCTGAGATTACAATTCCCA  1197
      | |||  |||||||| ||||| ||||||||||||| || ||| | |||||
seq2  A-ACATAAACTTTAG-TGGGTTGGATCCAGTCCTG-GAATACCAATCCCA  1189

seq1  CCACACC  1204
      |||||||
seq2  CCACACC  1196

seq1: chr9_22140397_22141440
seq2: B6Ng01-300M03.g_67_1109 (reverse)

seq1  TCAAAGTGACACATCCCCCAAAAGGCCACACTTCCTGCCCTAGTTAGGGT  50
      ||||||||||||||||||   || ||||||||  |||| ||||| ||| |
seq2  TCAAAGTGACACATCCCC---AAAGCCACACT--CTGCACTAGTAAGGAT  45

seq1  TTCTA-TGGCTG-TGATGGGACACCATGGCCAAACAACTAGGGGAGGAAA  98
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTGGCTGTTGATGGGACACCATGGCCAAACAACTAGGGGAGGAAA  95

seq1  GGGTTGATTTGACTTACACGTCCAGTTCCTCATCAAACAGAGCAGGAACC  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGGTTGATTTGACTTACACGTCCAGTTCCTCATC-AACAGAGCAGGAACC  144

seq1  TGGAGGCAGGAGCTGAAGCAGGTG-CCAGGG-AGGGGTACTGCTTACTGG  196
      |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCAGGAGCTGAAGCAGGTGCCCAGGGAAGGGGTACTGCTTACTGG  194

seq1  CTTGCTTATTATCATGGCTTGCTCAGTCTGCTTCC-TTATAAACCCAGGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTTGCTTATTATCATGGCTTGCTCAGTCTGCTTCCTTTATAAACCCAGGA  244

seq1  CCACCAGGGATGGCACAACCCATAATAAGCAGGGCCCTCCTGCATCAATC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGGGATGGCACAACCCATAATAAGCAGGGCCCTCCTGCATCAATC  294

seq1  ACTAATTAAGAAAATGCCCTACAGCTGGATTTTATAAAGGCATTTCCTCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTAAGAAAATGCCCTACAGCTGGATTTTATAAAGGCATTTCCTCA  344

seq1  ACTGAGGTTCCCTCTTTTCAGATAACTTCAGCTTGAATCAAGCTAAAAGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGGTTCCCTCTTTTCAGATAACTTCAGCTTGAATCAAGCTAAAAGA  394

seq1  AAACTAGCCAGCATACTTCCTAATCCTTCCCAAACAGTTTCACCAACCTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGCCAGCATACTTCCTAATCCTTCCCAAACAGTTTCACCAACCTG  444

seq1  AGTCCATGTATTCAAATATATGCGCCTCATTCAAACCATCACAAAGGCCA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATGTATTCAAATATATGCGCCTCATTCAAACCATCACAAAGGCCA  494

seq1  TACACAGAAGACAAGGTGCTACTCTAGTAATGAAGACAAAGACAAATACA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAAGACAAGGTGCTACTCTAGTAATGAAGACAAAGACAAATACA  544

seq1  AAGAATGTATGTCTCACTCATACTGACAAAAGCTGGTGATACAAAAGTGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGTATGTCTCACTCATACTGACAAAAGCTGGTGATACAAAAGTGT  594

seq1  TCGTGAGAATGGAGAACCTTTGGAGCACACGCAGTCCCATCTACAGACTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGAGAATGGAGAACCTTTGGAGCACACGCAGTCCCATCTACAGACTC  644

seq1  AACTATGAATAGCGCTAACAAGAGAGGAAAAGCATGTCTAATGAATCTGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGAATAGCGCTAACAAGAGAGGAAAAGCATGTCTAATGAATCTGA  694

seq1  TTCAGTCTGCTTCACCTACGTGACTCAAATCCTAGCTCCTCTTTACACCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCTGCTTCACCTACGTGACTCAAATCCTAGCTCCTCTTTACACCT  744

seq1  CTGACAATAACTGCAACCTGATTTGCAACATCAATAGCATCACACAAATC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAATAACTGCAACCTGATTTGCAACATCAATAGCATCACACAAATC  794

seq1  CTTAGGTAGCAGAGAAAAACAGTTAGTTTTGCACAACCCTCTGTGCATTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGTAGCAGAGAAAAACAGTTAGTTTTGCACAACCCTCTGTGCATTC  844

seq1  CACACATACCCTTCTCTGAGGCTTTGTGCTATTTCTTCACCTTCCATCCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATACCCTTCTCTGAGGCTTTGTGCTATTTCTTCACCTTCCATCCT  894

seq1  TGCTCCATGAACTATTACAGTTCATGTTCCTCATGCCCTCTATCTTCAAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCATGAACTATTACAGTTCATGTTCCTCATGCCCTCTATCTTCAAC  944

seq1  CTCATTGGCCTTATCAAAAGCCACAGGGCTGCATTTAAATGCAGCAATGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGGCCTTATCAAAAGCCACAGGGCTGCATTTAAATGCAGCAATGC  994

seq1  ACAAACACAACAACTCAATTCACTGTGACATGTTTGGACAATGGAATTC  1044
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACAACAACTCAATTCACTGTGACATGTTTGGACAATGGAATTC  1043