BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302N09
Chromosome9 (Build37)
Map Location 23,289,910 - 23,396,541
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBbs9, Bmper
Downstream geneLOC100040866, LOC100040878, LOC100040893, Npsr1, Dpy19l1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302N09.bB6Ng01-302N09.g
ACCGA096785GA096786
length1,1511,128
definitionB6Ng01-302N09.b B6Ng01-302N09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,289,910 - 23,291,056)(23,395,426 - 23,396,541)
sequence
gaattcctcttgcatttggatctgtacaaagttaatgtaaagtgtcatgg
tgattgctgacaccagagcatctggtcctattgctgctggctgctgtact
tagttcttaacctgcccactgtgtgcaacctgagatagccaaggacttca
tgcagtgaagcactttacatgtgcctgggactgaactgtctgtgtcctga
taaacaatgcttaatcacctggaccacactgcagcctctctgtaacacaa
ggaagtacatagagttgggtattgatcagggtggtgattcacagacctga
acagccttacccctatggccagcttgtcactaaggatacaggaagcccat
attcagagatctgagcagacttgtactcagctttcttctgatgggaggga
tgggcgaactatttctcctgtcctgatttcctcccagctgctgtcaactg
agcggcttcctttaggttgagtttaattccctttctaggttactctgggc
ttttccttcttggaagaaggctgtagaaaggaaatgatacagaaggaaaa
cgtgtgggcagctatttagtctcatgattcattcttggctgcttaacttt
acccaccaagcctaaccaacctctttcccaacattttagtcatggccagt
caggatggatgaatgagaacgtggaccaacttcaccattctgggtggttt
gagttacaattgtgtgacatatccagggattaaattaacatttgtaaatt
taaaaatattaatctaagaagaaagagatatcagatagagcaaaggattt
ttttcaatagacctatgaatccagacatgtggttgatggggagacaatga
taaactcggcagagtggtcacctgcatcctctgctctggccatcaccagt
gcttataaagtgtcactaatagcagacctgctttatttacatgggagatt
ctcaaatccaatgcccggaagtcggtggtatgacataaaaaatgtccctc
ttccttctagactaactcacccggggcgaggtggggagggtcgtccatgg
taagtacaagaagaaggctgggtccacacctactccaatctgcccatgat
gcagacctctccattctgcttagctggaatcctgaactggtgaacaaaac
a

gggctggtccagttcttcacagcatatgatcagtgcaattgttaatgtgc
taatgctgccacagcctctttcttcctgcatttgagaagagagatgaagc
ctgccaaacaatgtgttcagtatatttgctcaaagtatttatattattta
catcatgataaattgtgtagtattttagaaatttgaagtgctgcatatta
ggatacaagaataaatgagtagaattgacagtgtggaaacagtggaaata
tccaaagacaagataaagagacagaaaatacataaaatgatttcataaag
aattagtctccttgtcatcatcttaaacaaacaaacaaaacaaaacaaaa
acaagagtgcatcttttatgccttgttgaaggatgacttttcaacaacgc
tcatgttcaaagcagtttgggtagtggagggacctctaggctctaccatt
gaatagccctgaggtcctgagcaaatgcgtcatggcttctgagcttgcta
caacactaacccaagtagaaataaccagcatagatgatttccacatgcca
ggactctgctcccacaaatacccaccccagatgcctccctctctgattct
ctttcccctctgctatgatttacatgatgttagccttacttcaggtcctc
agaggctgccttttcttccagaagtttccttgacttcccaggcagttagg
tcacccttcaaattcagccataacttacctctgtagagtatttgctacac
tatcaaacaaagaatctatccttccttccaggagttggagcagagagact
gaagagatagacttctctaccatcataggagattagtgggactacccaga
gccctgtgttgagaaaggattctgaggttgtacttaagtgcaacacggga
attgtccaaagcaaactttctgatttgggcattgccagagcctggctcat
atgaaataatagagtagctattccaattatttgtatgaatgaatccctgt
gtgaataatgtcaggctgtagcaagaaggcaaaactggtgacattgattc
aagtatttgctgctcctctagttgctttgaagctcttcaagcacagcaca
tctaagttgtcatacctaatggtattgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_23289910_23291056
seq2: B6Ng01-302N09.b_47_1197

seq1  GAATTCCTCTTGCATTTGGATCTGTACAAAGTTAATGTAAAGTGTCATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTGCATTTGGATCTGTACAAAGTTAATGTAAAGTGTCATGG  50

seq1  TGATTGCTGACACCAGAGCATCTGGTCCTATTGCTGCTGGCTGCTGTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGCTGACACCAGAGCATCTGGTCCTATTGCTGCTGGCTGCTGTACT  100

seq1  TAGTTCTTAACCTGCCCACTGTGTGCAACCTGAGATAGCCAAGGACTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTTAACCTGCCCACTGTGTGCAACCTGAGATAGCCAAGGACTTCA  150

seq1  TGCAGTGAAGCACTTTACATGTGCCTGGGACTGAACTGTCTGTGTCCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGAAGCACTTTACATGTGCCTGGGACTGAACTGTCTGTGTCCTGA  200

seq1  TAAACAATGCTTAATCACCTGGACCACACTGCAGCCTCTCTGTAACACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAATGCTTAATCACCTGGACCACACTGCAGCCTCTCTGTAACACAA  250

seq1  GGAAGTACATAGAGTTGGGTATTGATCAGGGTGGTGATTCACAGACCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTACATAGAGTTGGGTATTGATCAGGGTGGTGATTCACAGACCTGA  300

seq1  ACAGCCTTACCCCTATGGCCAGCTTGTCACTAAGGATACAGGAAGCCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTTACCCCTATGGCCAGCTTGTCACTAAGGATACAGGAAGCCCAT  350

seq1  ATTCAGAGATCTGAGCAGACTTGTACTCAGCTTTCTTCTGATGGGAGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAGATCTGAGCAGACTTGTACTCAGCTTTCTTCTGATGGGAGGGA  400

seq1  TGGGCGAACTATTTCTCCTGTCCTGATTTCCTCCCAGCTGCTGTCAACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCGAACTATTTCTCCTGTCCTGATTTCCTCCCAGCTGCTGTCAACTG  450

seq1  AGCGGCTTCCTTTAGGTTGAGTTTAATTCCCTTTCTAGGTTACTCTGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGGCTTCCTTTAGGTTGAGTTTAATTCCCTTTCTAGGTTACTCTGGGC  500

seq1  TTTTCCTTCTTGGAAGAAGGCTGTAGAAAGGAAATGATACAGAAGGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTCTTGGAAGAAGGCTGTAGAAAGGAAATGATACAGAAGGAAAA  550

seq1  CGTGTGGGCAGCTATTTAGTCTCATGATTCATTCTTGGCTGCTTAACTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGGGCAGCTATTTAGTCTCATGATTCATTCTTGGCTGCTTAACTTT  600

seq1  ACCCACCAAGCCTAACCAACCTCTTTCCCAACATTTTAGTCATGGCCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCAAGCCTAACCAACCTCTTTCCCAACATTTTAGTCATGGCCAGT  650

seq1  CAGGATGGATGAATGAGAACGTGGACCAACTTCACCATTCTGGGTGGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGGATGAATGAGAACGTGGACCAACTTCACCATTCTGGGTGGTTT  700

seq1  GAGTTACAATTGTGTGACATATCCAGGGATTAAATTAACATTTGTAAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTACAATTGTGTGACATATCCAGGGATTAAATTAACATTTGTAAATT  750

seq1  TAAAAATATTAATCTAAGAAGAAAGAGATATCAGATAGAGCAAAGGA-TT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAAAAATATTAATCTAAGAAGAAAGAGATATCAGATAGAGCAAAGGATTT  800

seq1  TTTTCAATAGACCTATGAATCCAGACATGTGGTTGAT-GGGAGACAATGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTTCAATAGACCTATGAATCCAGACATGTGGTTGATGGGGAGACAATGA  850

seq1  TAAACTCGGCAGAGTGGTCACCTGCATCCTCTGCTCTGGCCATCACCAGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCGGCAGAGTGGTCACCTGCATCCTCTGCTCTGGCCATCACCAGT  900

seq1  GCTTATAAAGTGTCACTAATAGCAGACCTGCTTTATTTACAT-GGAGATT  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCTTATAAAGTGTCACTAATAGCAGACCTGCTTTATTTACATGGGAGATT  950

seq1  CTCAAAATCCAATGCCCGG-AGTCGGGTGGTATGACAT-AAAAATGTCCC  995
      ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTC-AAATCCAATGCCCGGAAGTC-GGTGGTATGACATAAAAAATGTCCC  998

seq1  TCTTCCTTCTAGACATACCTCACCC-GGGCGA-GTGGGGAGGGTTGGTCC  1043
      |||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||||| | ||||
seq2  TCTTCCTTCTAGAC-TAACTCACCCGGGGCGAGGTGGGGAGGG-TCGTCC  1046

seq1  ATGGTAAGTACAAAGAGAAAGCCCGGGCCCACA-CTACTCC-ATCTGCAC  1091
      ||||||||||| ||||  ||| | ||| ||||| ||||||| |||||| |
seq2  ATGGTAAGTAC-AAGAAGAAGGCTGGGTCCACACCTACTCCAATCTGCCC  1095

seq1  ATGATGCAGAACTCTTCATTCTGCTTAGCTGTGAATACTGAACCTGGTGA  1141
      |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||
seq2  ATGATGCAGACCTCTCCATTCTGCTTAGCTG-GAATCCTGAA-CTGGTGA  1143

seq1  --AAAACA  1147
        ||||||
seq2  ACAAAACA  1151


seq1: chr9_23395426_23396541
seq2: B6Ng01-302N09.g_79_1206 (reverse)

seq1  ACAATA-------GTATGACAAATTAGATGTGCTGTGCCTTTGAAGAGCT  43
      ||||||       ||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||
seq2  ACAATACCATTAGGTATGACAACTTAGATGTGCTGTGC--TTGAAGAGCT  48

seq1  CCAAGCCAACTAGA-GAGCAGCAAATACCTGAAATCAATGTCACCAATTT  92
       |||  |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| |||
seq2  TCAAAGCAACTAGAGGAGCAGCAAATACTTG-AATCAATGTCACCAGTTT  97

seq1  TGCTTCCTTTGCTACAG-CTGACATTATTCACACA-GGATTCATTCATAC  140
      ||| | | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCCTTC-TTGCTACAGCCTGACATTATTCACACAGGGATTCATTCATAC  146

seq1  AAATA--TTGAATAGCTACTCTAT--ATTCATAATGAGCCAGGCTCTGGC  186
      |||||  | |||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||
seq2  AAATAATTGGAATAGCTACTCTATTATTTCAT-ATGAGCCAGGCTCTGGC  195

seq1  AATGCCCAAATCAG-AAGTTTGCTTTGGACAATT-CCGTGTTGCACTTAA  234
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATGCCCAAATCAGAAAGTTTGCTTTGGACAATTCCCGTGTTGCACTTAA  245

seq1  GTACAACCTCAGAATCC-TTCTCAACACAGGGCTCTGGGTAGTCCCACTA  283
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAACCTCAGAATCCTTTCTCAACACAGGGCTCTGGGTAGTCCCACTA  295

seq1  ATCTCCTATGATGGTAGAGAAGTCTATCTCTTCAGTCTCTCTGCTCCAAC  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTATGATGGTAGAGAAGTCTATCTCTTCAGTCTCTCTGCTCCAAC  345

seq1  TCCTGGAAGGAAGGATAGATTCTTTGTTTGATAGTGTAGCAAATACTCTA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAAGGAAGGATAGATTCTTTGTTTGATAGTGTAGCAAATACTCTA  395

seq1  CAGAGGTAAGTTATGGCTGAATTTGAAGGGTGACCTAACTGCCTGGGAAG  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGTAAGTTATGGCTGAATTTGAAGGGTGACCTAACTGCCTGGGAAG  445

seq1  TCAAGGAAACTTCTGGAAGAAAAGGCAGCCTCTGAGGACCTGAAGTAAGG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAAACTTCTGGAAGAAAAGGCAGCCTCTGAGGACCTGAAGTAAGG  495

seq1  CTAACATCATGTAAATCATAGCAGAGGGGAAAGAGAATCAGAGAGGGAGG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATCATGTAAATCATAGCAGAGGGGAAAGAGAATCAGAGAGGGAGG  545

seq1  CATCTGGGGTGGGTATTTGTGGGAGCAGAGTCCTGGCATGTGGAAATCAT  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGGGTGGGTATTTGTGGGAGCAGAGTCCTGGCATGTGGAAATCAT  595

seq1  CTATGCTGGTTATTTCTACTTGGGTTAGTGTTGTAGCAAGCTCAGAAGCC  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTGGTTATTTCTACTTGGGTTAGTGTTGTAGCAAGCTCAGAAGCC  645

seq1  ATGACGCATTTGCTCAGGACCTCAGGGCTATTCAATGGTAGAGCCTAGAG  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACGCATTTGCTCAGGACCTCAGGGCTATTCAATGGTAGAGCCTAGAG  695

seq1  GTCCCTCCACTACCCAAACTGCTTTGAACATGAGCGTTGTTGAAAAGTCA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTCCACTACCCAAACTGCTTTGAACATGAGCGTTGTTGAAAAGTCA  745

seq1  TCCTTCAACAAGGCATAAAAGATGCACTCTTGTTTTTGTTTTGTTTTGTT  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCAACAAGGCATAAAAGATGCACTCTTGTTTTTGTTTTGTTTTGTT  795

seq1  TGTTTGTTTAAGATGATGACAAGGAGACTAATTCTTTATGAAATCATTTT  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTAAGATGATGACAAGGAGACTAATTCTTTATGAAATCATTTT  845

seq1  ATGTATTTTCTGTCTCTTTATCTTGTCTTTGGATATTTCCACTGTTTCCA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTTCTGTCTCTTTATCTTGTCTTTGGATATTTCCACTGTTTCCA  895

seq1  CACTGTCAATTCTACTCATTTATTCTTGTATCCTAATATGCAGCACTTCA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCAATTCTACTCATTTATTCTTGTATCCTAATATGCAGCACTTCA  945

seq1  AATTTCTAAAATACTACACAATTTATCATGATGTAAATAATATAAATACT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTAAAATACTACACAATTTATCATGATGTAAATAATATAAATACT  995

seq1  TTGAGCAAATATACTGAACACATTGTTTGGCAGGCTTCATCTCTCTTCTC  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCAAATATACTGAACACATTGTTTGGCAGGCTTCATCTCTCTTCTC  1045

seq1  AAATGCAGGAAGAAAGAGGCTGTGGCAGCATTAGCACATTAACAATTGCA  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAGGAAGAAAGAGGCTGTGGCAGCATTAGCACATTAACAATTGCA  1095

seq1  CTGATCATATGCTGTGAAGAACTGGACCAGCCC  1116
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCATATGCTGTGAAGAACTGGACCAGCCC  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |