BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306O15
Chromosome9 (Build37)
Map Location 110,602,130 - 110,749,790
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc12, Pthr1, Myl3, 9430025E04Rik, LOC665549, Tessp2, 1700036D21Rik, Tessp3, BC107230, 1700112C13Rik
Upstream geneC85627, EG382109, 1700124P09Rik, Spink8, 3000002C10Rik, Nme6, Camp, Cdc25a, LOC100043782, Mtap4, LOC100049540, Dhx30, Smarcc1, Rn4.5s-ps2, Cspg5, Tmem103, Scap, Ptpn23, Ngp, Klhl18, Kif9, Setd2, Nradd, Nbeal2
Downstream geneTsp50, Tmie, Als2cl, Gm590, Tdgf1, Lrrc2, Rtp3, ENSMUSG00000057802, Ltf, Ccrl2, LOC100039275, Lrrfip2, Mlh1, Epm2aip1, Lba1, Dclk3, LOC620615, Stac
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306O15.bB6Ng01-306O15.g
ACCGA099824GA099825
length1,110910
definitionB6Ng01-306O15.b B6Ng01-306O15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,748,672 - 110,749,790)(110,602,130 - 110,603,031)
sequence
gaattccaggttcagggaaagaccttgtctcaaaaaatatggtggaaaag
tgatttagaggaacatcttgatgtcaacccccagcctacacatgtgccta
cataggtgcacatgctcacacggaggtgggatctggtgaggggctttaac
atcagtagagacatgtcctcaaaggagtctaggactcaccaagcctctct
ctgcttcctgactttatataaaggacaggcagttctaccttcattaggag
gttcttctcccatccccaacctccacctcgtgtgacaaatctttaaactc
cccagctcctgctatcagaggtaactgttcccttgtcatagacccctgtg
ggcagaatgttctttcaactactggccttccacaggggttacaggcaccg
tgcagacccctaagtctccacacagtactgccttcttctctggatgctca
gctcatgcctgcatcccatctccatgcctgtctcctctctcctttatccc
cacccctaccacagagagccacattcctggactttctcatacacaatggt
aagctcacggccatccattgttgctgctattgtttcttctttatggacac
tggtggtttttaatgagtatgctcccccccccaataggctcatatatttg
aatgcttttccatagtaactgtttgagaaggattaggaggtgtggccttg
ttggaggaagtgtgtcactgggggtgagctttgaggtttcaaaagcccac
accaggcccagtctctgcctgcaactcaaggatcaaatgtgagtctcagg
tactgctccagcactatggcggccttcctgtggccgtgtgtccctccatg
atgatcatagtctaaccctctgaaactgtaagcaagccctcaatcaaacg
cttcctctgataacttgtcttggcatggtgtttcatcacagcaataggac
agtgactagacctttctgtttctgatttcagtctatcttaccaagactgc
tcagtgtgaatagtcagggaccagtttagaagtttgcccttctcccccct
ccccctataaacaacctccgagaaagagccaaggttctgggaaaaaaact
tcactagtcc
gaattctttaaacacctgttaactggattttcaggtggaatgggtagaga
actcagctagtctgtgagggaatgagggtggagtctgtatagcaggtggg
atggcagtactcactgggcagaggctgatggaaccagtgactagcctgga
atggctgctagctgttgataagctgtccttgggtgtggcagtacacacct
ataaacctagcactcgggaggctaaggctgaagattgggagatttcgagg
cctgcagtttgagaatacccacttccctgaaatctgggagacagctgtaa
gacactcctctgccttggagtgacaccaccactgagctgttacaaagttt
gcttgtctgtcaagcagccacttgatggtgaaggaaagcgtttagcacca
gtgacagaagcatcccttccttctgctgtttgcagtgtccatgttctgga
cccaccttgaacattacctactctgatttttttggagccaggcactgtga
ttgctccattctgagctggtcccctcccctgggatggcactttcagccca
ggtctgggtctggggtggaagtctgcctcccagctcgctcttcgtcccac
ttaccactgtatggtgctgttgcccacagtgatctccccagcgtggggct
gctgggccaagggtttgaccactttcgcgggtcttgagagaagccatggt
caccctctagagcactaagatctctgcctctcccttcatttttgtggtta
tttatttatgtagagatgtgtgtgaggtaggccttagagctctggtggtc
tctgttactttgggacgtaaaactggaaagccttggggctgggagagatg
gttcagcctggtaagagcactcctgcttgctccttcctaaaggaccttga
attctgttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_110748672_110749790
seq2: B6Ng01-306O15.b_51_1160 (reverse)

seq1  GGACTGGTGAAGTTTTTTTCCCCAGAACTTTGGCTCTCTCTGGGGTTGTT  50
      ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||  |||
seq2  GGACTAGTGAAGTTTTTTT-CCCAGAACCTTGGCTCTTTCT-CGGAGGTT  48

seq1  GTTTTATGGGGGGGAGGGGGAGGAAAGGGCAAACTTCTTAAACTGTCCCC  100
      | ||||| |||||  |||||||  ||||||||||||| |||||||  |||
seq2  G-TTTATAGGGGGAGGGGGGAG--AAGGGCAAACTTC-TAAACTGGTCCC  94

seq1  TGACTATCAACACTGAACAGTCTTGGTTAAGATAGACTGAAATCAGAAAC  150
      |||||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATTCACACTGAGCAGTCTTGG-TAAGATAGACTGAAATCAGAAAC  143

seq1  AGAAAGGTCTTAGTCACTGTCCTATTGCTGTGATGAAACACCATGCCCAA  200
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGAAAGGTC-TAGTCACTGTCCTATTGCTGTGATGAAACACCATG-CCAA  191

seq1  GACAAGTTATCAGAGGAAGCGTTTGATTGAGGGCTTGCTTACAGTTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTTATCAGAGGAAGCGTTTGATTGAGGGCTTGCTTACAGTTTCAG  241

seq1  AGGGTTAGACTATGATCATCATGGAGGGACACACGGCCACAGGAAGGCCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTAGACTATGATCATCATGGAGGGACACACGGCCACAGGAAGGCCG  291

seq1  CCATAGTGCTGGAGCAGTACCTGAGACTCACATTTGATCCTTGAGTTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGTGCTGGAGCAGTACCTGAGACTCACATTTGATCCTTGAGTTGCA  341

seq1  GGCAGAGACTGGGCCTGGTGTGGGCTTTTGAAACCTCAAAGCTCACCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGACTGGGCCTGGTGTGGGCTTTTGAAACCTCAAAGCTCACCCCC  391

seq1  AGTGACACACTTCCTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATCCTTCTCAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACACACTTCCTCCAACAAGGCCACACCTCCTAATCCTTCTCAAACA  441

seq1  GTTACTATGGAAAAGCATTCAAATATATGAGCCTATTGGGGGGGGGAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTATGGAAAAGCATTCAAATATATGAGCCTATTGGGGGGGGGAGCA  491

seq1  TACTCATTAAAAACCACCAGTGTCCATAAAGAAGAAACAATAGCAGCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATTAAAAACCACCAGTGTCCATAAAGAAGAAACAATAGCAGCAAC  541

seq1  AATGGATGGCCGTGAGCTTACCATTGTGTATGAGAAAGTCCAGGAATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATGGCCGTGAGCTTACCATTGTGTATGAGAAAGTCCAGGAATGTG  591

seq1  GCTCTCTGTGGTAGGGGTGGGGATAAAGGAGAGAGGAGACAGGCATGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTGTGGTAGGGGTGGGGATAAAGGAGAGAGGAGACAGGCATGGAG  641

seq1  ATGGGATGCAGGCATGAGCTGAGCATCCAGAGAAGAAGGCAGTACTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATGCAGGCATGAGCTGAGCATCCAGAGAAGAAGGCAGTACTGTGT  691

seq1  GGAGACTTAGGGGTCTGCACGGTGCCTGTAACCCCTGTGGAAGGCCAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACTTAGGGGTCTGCACGGTGCCTGTAACCCCTGTGGAAGGCCAGTA  741

seq1  GTTGAAAGAACATTCTGCCCACAGGGGTCTATGACAAGGGAACAGTTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAAGAACATTCTGCCCACAGGGGTCTATGACAAGGGAACAGTTACC  791

seq1  TCTGATAGCAGGAGCTGGGGAGTTTAAAGATTTGTCACACGAGGTGGAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATAGCAGGAGCTGGGGAGTTTAAAGATTTGTCACACGAGGTGGAGG  841

seq1  TTGGGGATGGGAGAAGAACCTCCTAATGAAGGTAGAACTGCCTGTCCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGATGGGAGAAGAACCTCCTAATGAAGGTAGAACTGCCTGTCCTTT  891

seq1  ATATAAAGTCAGGAAGCAGAGAGAGGCTTGGTGAGTCCTAGACTCCTTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAGTCAGGAAGCAGAGAGAGGCTTGGTGAGTCCTAGACTCCTTTG  941

seq1  AGGACATGTCTCTACTGATGTTAAAGCCCCTCACCAGATCCCACCTCCGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATGTCTCTACTGATGTTAAAGCCCCTCACCAGATCCCACCTCCGT  991

seq1  GTGAGCATGTGCACCTATGTAGGCACATGTGTAGGCTGGGGGTTGACATC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCATGTGCACCTATGTAGGCACATGTGTAGGCTGGGGGTTGACATC  1041

seq1  AAGATGTTCCTCTAAATCACTTTTCCACCATATTTTTTGAGACAAGGTCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTTCCTCTAAATCACTTTTCCACCATATTTTTTGAGACAAGGTCT  1091

seq1  TTCCCTGAACCTGGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTGAACCTGGAATTC  1110

seq1: chr9_110602130_110603031
seq2: B6Ng01-306O15.g_68_977

seq1  GAATTCTTTAAACACCTGTTAACTGGATTTTCAGGTGGAATGGGTAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAACACCTGTTAACTGGATTTTCAGGTGGAATGGGTAGAGA  50

seq1  ACTCAGCTAGTCTGTGAGGGAATGAGGGTGGAGTCTGTATAGCAGGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCTAGTCTGTGAGGGAATGAGGGTGGAGTCTGTATAGCAGGTGGG  100

seq1  ATGGCAGTACTCACTGGGCAGAGGCTGATGGAACCAGTGACTAGCCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGTACTCACTGGGCAGAGGCTGATGGAACCAGTGACTAGCCTGGA  150

seq1  ATGGCTGCTAGCTGTTGATAAGCTGTCCTTGGGTGTGGCAGTACACACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGCTAGCTGTTGATAAGCTGTCCTTGGGTGTGGCAGTACACACCT  200

seq1  ATAAACCTAGCACTCGGGAGGCTAAGGCTGAAGATTGGGAGATTTCGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACCTAGCACTCGGGAGGCTAAGGCTGAAGATTGGGAGATTTCGAGG  250

seq1  CCTGCAGTTTGAGAATACCCACTTCCCTGAAATCTGGGAGACAGCTGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGTTTGAGAATACCCACTTCCCTGAAATCTGGGAGACAGCTGTAA  300

seq1  GACACTCCTCTGCCTTGGAGTGACACCACCACTGAGCTGTTACAAAGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTCCTCTGCCTTGGAGTGACACCACCACTGAGCTGTTACAAAGTTT  350

seq1  GCTTGTCTGTCAAGCAGCCACTTGATGGTGAAGGAAAGCGTTTAGCACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCTGTCAAGCAGCCACTTGATGGTGAAGGAAAGCGTTTAGCACCA  400

seq1  GTGACAGAAGCATCCCTTCCTTCTGCTGTTTGCAGTGTCCATGTTCTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGAAGCATCCCTTCCTTCTGCTGTTTGCAGTGTCCATGTTCTGGA  450

seq1  CCCACCTTGAACATTACCTACTCTGATTTTTTTGGAGCCAGGCACTGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTTGAACATTACCTACTCTGATTTTTTTGGAGCCAGGCACTGTGA  500

seq1  TTGCTCCATTCTGAGCTGGTCCCCTCCCCTGGGATGGCACTTTCAGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCATTCTGAGCTGGTCCCCTCCCCTGGGATGGCACTTTCAGCCCA  550

seq1  GGTCTGGGTCTGGGGTGGAAGTCTGCCTCCCAGCTCGCTCTTCGTCCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGGGTCTGGGGTGGAAGTCTGCCTCCCAGCTCGCTCTTCGTCCCAC  600

seq1  TTACCACTGTATGGTGCTGTTGCCCACAGTGATCTCCCCAGCGTGGGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCACTGTATGGTGCTGTTGCCCACAGTGATCTCCCCAGCGTGGGGCT  650

seq1  GCTGGGCCAAGGGTTTGACCACTTTCGCGGGTCTTGAGAGAAGCCATGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCCAAGGGTTTGACCACTTTCGCGGGTCTTGAGAGAAGCCATGGT  700

seq1  CACCCTCTAGAGCACTAAGATCTCTGCCTCTCCCTTCATTTTTGTGGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCTAGAGCACTAAGATCTCTGCCTCTCCCTTCATTTTTGTGGTTA  750

seq1  TTTATTTATGTAGAGATGTGTGTGAGGTAGGCCTTAGAGCTCTGGT-GTC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTATTTATGTAGAGATGTGTGTGAGGTAGGCCTTAGAGCTCTGGTGGTC  800

seq1  TCTG-TACTTT-GGACGTTAAAACT-GAGAGCCTTGGGGCT-GGAGAGAT  845
      |||| |||||| ||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||
seq2  TCTGTTACTTTGGGACG-TAAAACTGGAAAGCCTTGGGGCTGGGAGAGAT  849

seq1  GGTTCAG-CTGGTAAGAGCACTCCTGCTTGCT-CTTCC-AGAGGACC-TG  891
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||
seq2  GGTTCAGCCTGGTAAGAGCACTCCTGCTTGCTCCTTCCTAAAGGACCTTG  899

seq1  AGTTCTGTTCC  902
      | |||||||||
seq2  AATTCTGTTCC  910