BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308I14
Chromosome9 (Build37)
Map Location 15,747,924 - 15,857,302
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFat3
Upstream genePanx1, Hephl1, 2200002K05Rik, Crsp6, 4931406C07Rik, Josd3, 5830418K08Rik, LOC100040375, LOC100039955, BC017612, Ccdc67, LOC665461, LOC330891, Slc36a4, Mtnr1b
Downstream geneEG434373
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308I14.bB6Ng01-308I14.g
ACCGA101011GA101012
length1,1241,175
definitionB6Ng01-308I14.b B6Ng01-308I14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,747,924 - 15,749,059)(15,856,141 - 15,857,302)
sequence
gaattcagttttctaacttcagaaacacatttgtttcatgaagtactgta
tacttgcatggccagtgttatgccagaggtttattcttcttttctgtccc
cagagaggtgtactagtaacacacatgccaggcatgggaagatgacaagc
ttcattttagaatcaagccatccttatctgacatttctgtgcctctcaag
ttcagtgcagtatagagattatttaacagacagtactggtgttatagtaa
tctgttagagcttgaaagaggagagggaaggccagcgacaatagtctgtt
ttcacttaccaggctctgaagacttccgcaacctgtagcctgagcaacta
tagcataaaataaagcccctaaacacagatcagggaaagtctattcctcc
cactctttcattcctgaaagctgggtgtggtctatacatgcacaggatgt
gacctggggagagcttggaggagaggagcagactgggatgcactacagtg
gggtcagccttatcccttggtagctaagcaaccttgggtgaatatgtaaa
accctccagattgttcctgatcaaggaagtggggatagcacatccataga
aaatttgtaataaatttaaaattagaaagatgcagctacatctgttagta
ttcttagtgtaatcacgaaggcactaggcgcctcaagctgcatacaaatg
ccagatttattttgaaggaaatctggctgcttaagaggacttctgaggtc
aggaaatgacttaaaaactgagagacttgggtcatgaaaggatacgtgga
atatttatgcctaagatctcctacttgctctccaagctacagtgtagcta
tccagagagtgtggtgagaacacaatgaacaagcacagagccaacccatt
aaaggattagctttgtcatgggattgattgagacatctgtcctaatgccc
tgtggagtgattgggaatataaaggaggtgaacattcacgcactttctct
aggagatcttctaactctacagcagtttcgaatactaaatatactaaata
ctaaatgagtagatgctgccacacttcagctcatgctcctctctttatcc
tgaggtctgttctgtcttgtaaac
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatcagtacagtattattttatctcttcaaatgaattgtagcctc
ataaagtaaagcctcagtaggagccaaagctcctaaagctggttgatgca
agccgctggagggtccacagagcatgccatgaagggtggaaggtgaggag
agccagcttccctgagggaattaaacaataaaaaacaatgtttaaacttg
aaatttaaataaaccccatcactggtcaaaaaaatgtttaaaggtgggac
ccaggaagaaactgagcacaagttccagatatgcagaagagctattgaag
aagaggtgattagctgggggctctgggaaggagacatggaagaggaagga
gactgggacagtataaacttgagcagttgtcaccaaggcatgaagtggca
tataaagagaatttatatgccttgtcagagactttggatataactgcact
ccctggccagttaacaaatgaatcaactaattctgtggtctagaggcttg
ctgttaaaacaggtgaacttacacaagtctggtcttattcacctaagaca
tgtgtttgaaagttcaagaaatcagttccaatggtttaagctagagtgga
atgtgatgattttggttgtctccctgtttatctgtcaagtgatagaggtt
ttcagaaccatgtgtgtgatgttctatgatggaaagccctggggactgca
tagcagatatgcaactgctccttcatcatcaaattataaacagtataaag
gggggcagctgaaagaaaaatgaaggaatggacagccgacttctaaagag
aagaaccaacagtgtgggaaaggaacgagaagaatgtcccactccacaag
cttggcgaatgaatatgtgaccatcctgcaccacacagacgatgtgcttt
ggaagagaccatatagttttaagtttgacagcttatgttctaagattaca
cagaagcccaaaattattgaaatttccaatgagcactttggatgcatatt
gagcaaaggctatctgagacgttcagactgggaggtccagatgtggcatc
ttcagaatataactgatattaagactacgtaaggactgcctgaattttta
tgtgttcaatttctgtgaaaatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_15747924_15749059
seq2: B6Ng01-308I14.b_45_1168

seq1  GAATTCAGTTTTCTAACTTCAGAAACACATTTGTTTCATGAAGTACTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTTCTAACTTCAGAAACACATTTGTTTCATGAAGTACTGTA  50

seq1  TACTTGCATGGCCAGTGTTATGCCAGAGGTTTATTCTTCTTTTCTGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGCATGGCCAGTGTTATGCCAGAGGTTTATTCTTCTTTTCTGTCCC  100

seq1  CAGAGAGGTGTACTAGTAACACACATGCCAGGCATGGGAAGATGACAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGTGTACTAGTAACACACATGCCAGGCATGGGAAGATGACAAGC  150

seq1  TTCATTTTAGAATCAAGCCATCCTTATCTGACATTTCTGTGCCTCTCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTAGAATCAAGCCATCCTTATCTGACATTTCTGTGCCTCTCAAG  200

seq1  TTCAGTGCAGTATAGAGATTATTTAACAGACAGTACTGGTGTTATAGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGCAGTATAGAGATTATTTAACAGACAGTACTGGTGTTATAGTAA  250

seq1  TCTGTTAGAGCTTGAAAGAGGAGAGGGAAGGCCAGCGACAATAGTCTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAGAGCTTGAAAGAGGAGAGGGAAGGCCAGCGACAATAGTCTGTT  300

seq1  TTCACTTACCAGGCTCTGAAGACTTCCGCAACCTGTAGCCTGAGCAACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTACCAGGCTCTGAAGACTTCCGCAACCTGTAGCCTGAGCAACTA  350

seq1  TAGCATAAAATAAAGCCCCTAAACACAGATCAGGGAAAGTCTATTCCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATAAAATAAAGCCCCTAAACACAGATCAGGGAAAGTCTATTCCTCC  400

seq1  CACTCTTTCATTCCTGAAAGCTGGGTGTGGTCTATACATGCACAGGATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTTCATTCCTGAAAGCTGGGTGTGGTCTATACATGCACAGGATGT  450

seq1  GACCTGGGGAGAGCTTGGAGGAGAGGAGCAGACTGGGATGCACTACAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGGGAGAGCTTGGAGGAGAGGAGCAGACTGGGATGCACTACAGTG  500

seq1  GGGTCAGCCTTATCCCTTGGTAGCTAAGCAACCTTGGGTGAATATGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGCCTTATCCCTTGGTAGCTAAGCAACCTTGGGTGAATATGTAAA  550

seq1  ACCCTCCAGATTGTTCCTGATCAAGGAAGTGGGGATAGCACATCCATAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCCAGATTGTTCCTGATCAAGGAAGTGGGGATAGCACATCCATAGA  600

seq1  AAATTTGTAATAAATTTAAAATTAGAAAGATGCAGCTACATCTGTTAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGTAATAAATTTAAAATTAGAAAGATGCAGCTACATCTGTTAGTA  650

seq1  TTCTTAGTGTAATCACGAAGGCACTAGGCGCCTCAAGCTGCATACAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGTGTAATCACGAAGGCACTAGGCGCCTCAAGCTGCATACAAATG  700

seq1  CCAGATTTATTTTGAAGGAAATCTGGCTGCTTAAGAGGACTTCTGAGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTTATTTTGAAGGAAATCTGGCTGCTTAAGAGGACTTCTGAGGTC  750

seq1  AGGAAATGACTTAAAAACTGAGAGACTTGGGTCATGAAAGGATACGTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGACTTAAAAACTGAGAGACTTGGGTCATGAAAGGATACGTGGA  800

seq1  ATATTTATGCCTAAGATCTCCTACTTGCTCTCCAAGCTACAGTGTAGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATGCCTAAGATCTCCTACTTGCTCTCCAAGCTACAGTGTAGCTA  850

seq1  TCCAGAGAGTGTGGTGAGAACACAATGAACAAGCACAGAGCCAACCCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGAGTGTGGTGAGAACACAATGAACAAGCACAGAGCCAACCCATT  900

seq1  AAAGGATTAGCTTTGTCATGGGATTGATTGAGACATCTGTCCTAATGCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATTAGCTTTGTCATGGGATTGATTGAGACATCTGTCCTAATGCCC  950

seq1  TGTGGAGTGATT-GGAATATAAAGGAGGTGAACATTCACGCACTTTCTCT  999
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGTGATTGGGAATATAAAGGAGGTGAACATTCACGCACTTTCTCT  1000

seq1  AGGGAGATC-TCTAACCTCTACCAGCCAGTTTCGAAATACTAAATATTAC  1048
      | ||||||| ||||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||
seq2  A-GGAGATCTTCTAA-CTCTA-CAG-CAGTTTCG-AATACTAAATA-TAC  1044

seq1  TAAATACTAAAATGGAGTAGGATGCTGCCACACTTTTCAAGCTCATTGCT  1098
      |||||||||||   ||||| |||||||||||||||    |||||| ||||
seq2  TAAATACTAAA--TGAGTA-GATGCTGCCACACTT---CAGCTCA-TGCT  1087

seq1  CTCTCT-TTTATCCTGAAGTCTGTTCTGGTCTTGTAAAC  1136
      | |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  C-CTCTCTTTATCCTGAGGTCTGTTCT-GTCTTGTAAAC  1124

seq1: chr9_15856141_15857302
seq2: B6Ng01-308I14.g_69_1243 (reverse)

seq1  CCCATTT---CAG-AATTG---ACATAAAAA-TCAAGCAGTCCTTATGTA  42
      |||||||   ||| |||||   ||||||||| ||| |||||||||| |||
seq2  CCCATTTTCACAGAAATTGAACACATAAAAATTCAGGCAGTCCTTACGTA  50

seq1  GTCTTTAAATAATCATTTATATTCTGAGGATTCCCACATCTGGGCCT-CC  91
      |||||  ||| |||| ||||||||||| || | |||||||||| ||| ||
seq2  GTCTT--AAT-ATCAGTTATATTCTGAAGA-TGCCACATCTGGACCTCCC  96

seq1  AGTCTGAACGTCTCAGATAG-CTTTGCTC-ATATGCATCCAAAGTGCTCA  139
      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGAACGTCTCAGATAGCCTTTGCTCAATATGCATCCAAAGTGCTCA  146

seq1  TGGGAAATTTCA--TATTTTTGGCTTCTGTGT-ATCTTAG-ACATAAGCT  185
      | ||||||||||   ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TTGGAAATTTCAATAATTTTGGGCTTCTGTGTAATCTTAGAACATAAGCT  196

seq1  GTCAAACTT-AAACTATATGGTCTCTTCCAAAGCACATCGTCTGTGTGGT  234
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAACTTAAAACTATATGGTCTCTTCCAAAGCACATCGTCTGTGTGGT  246

seq1  GCAGGATGGTCACATATTCATTCGCCAAGCTTGTGGAGTGGGACATTCTT  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATGGTCACATATTCATTCGCCAAGCTTGTGGAGTGGGACATTCTT  296

seq1  CTCGTTCCTTT-CCACACTGTTGGTTCTTCTCTTTAGAAGTCGGCTGTCC  333
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTTCCTTTCCCACACTGTTGGTTCTTCTCTTTAGAAGTCGGCTGTCC  346

seq1  ATTCCTTCATTTTTCTTTCAGCTGCCCCCCTTTATACTGTTTATAATTTG  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCATTTTTCTTTCAGCTGCCCCCCTTTATACTGTTTATAATTTG  396

seq1  ATGATGAAGGAGCAGTTGCATATCTGCTATGCAGTCCCCAGGGCTTTCCA  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAAGGAGCAGTTGCATATCTGCTATGCAGTCCCCAGGGCTTTCCA  446

seq1  TCATAGAACATCACACACATGGTTCTGAAAACCTCTATCACTTGACAGAT  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGAACATCACACACATGGTTCTGAAAACCTCTATCACTTGACAGAT  496

seq1  AAACAGGGAGACAACCAAAATCATCACATTCCACTCTAGCTTAAACCATT  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGGAGACAACCAAAATCATCACATTCCACTCTAGCTTAAACCATT  546

seq1  GGAACTGATTTCTTGAACTTTCAAACACATGTCTTAGGTGAATAAGACCA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGATTTCTTGAACTTTCAAACACATGTCTTAGGTGAATAAGACCA  596

seq1  GACTTGTGTAAGTTCACCTGTTTTAACAGCAAGCCTCTAGACCACAGAAT  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTGTAAGTTCACCTGTTTTAACAGCAAGCCTCTAGACCACAGAAT  646

seq1  TAGTTGATTCATTTGTTAACTGGCCAGGGAGTGCAGTTATATCCAAAGTC  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGATTCATTTGTTAACTGGCCAGGGAGTGCAGTTATATCCAAAGTC  696

seq1  TCTGACAAGGCATATAAATTCTCTTTATATGCCACTTCATGCCTTGGTGA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAAGGCATATAAATTCTCTTTATATGCCACTTCATGCCTTGGTGA  746

seq1  CAACTGCTCAAGTTTATACTGTCCCAGTCTCCTTCCTCTTCCATGTCTCC  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCTCAAGTTTATACTGTCCCAGTCTCCTTCCTCTTCCATGTCTCC  796

seq1  TTCCCAGAGCCCCCAGCTAATCACCTCTTCTTCAATAGCTCTTCTGCATA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGAGCCCCCAGCTAATCACCTCTTCTTCAATAGCTCTTCTGCATA  846

seq1  TCTGGAACTTGTGCTCAGTTTCTTCCTGGGTCCCACCTTTAAACATTTTT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAACTTGTGCTCAGTTTCTTCCTGGGTCCCACCTTTAAACATTTTT  896

seq1  TTGACCAGTGATGGGGTTTATTTAAATTTCAAGTTTAAACATTGTTTTTT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCAGTGATGGGGTTTATTTAAATTTCAAGTTTAAACATTGTTTTTT  946

seq1  ATTGTTTAATTCCCTCAGGGAAGCTGGCTCTCCTCACCTTCCACCCTTCA  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTAATTCCCTCAGGGAAGCTGGCTCTCCTCACCTTCCACCCTTCA  996

seq1  TGGCATGCTCTGTGGACCCTCCAGCGGCTTGCATCAACCAGCTTTAGGAG  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGCTCTGTGGACCCTCCAGCGGCTTGCATCAACCAGCTTTAGGAG  1046

seq1  CTTTGGCTCCTACTGAGGCTTTACTTTATGAGGCTACAATTCATTTGAAG  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGCTCCTACTGAGGCTTTACTTTATGAGGCTACAATTCATTTGAAG  1096

seq1  AGATAAAATAATACTGTACTGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCT  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAATAATACTGTACTGATGTTGAACATTTTTTCAGGTGCTTCTCT  1146

seq1  GCCATTCGGTATTCCTCAGGTGAGAATTC  1162
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCGGTATTCCTCAGGTGAGAATTC  1175