BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310B05
Chromosome9 (Build37)
Map Location 63,175,513 - 63,340,012
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap2k5, 2300009A05Rik, Iqch, LOC621763
Upstream geneAnp32a, Coro2b, Itga11, EG665478, Fem1b, Cln6, Calml4, Pias1, LOC100039976, Ppia-ps9_818.1, Lbxcor1
Downstream gene2310007F21Rik, Smad3, LOC100040009, Smad6, 2600006L11Rik, Lctl, Zwilch, Rpl4, Snapc5, Map2k1, Uchl4, Tipin, Dis3l, Megf11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310B05.bB6Ng01-310B05.g
ACCGA102154GA102155
length1,1481,083
definitionB6Ng01-310B05.b B6Ng01-310B05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,175,513 - 63,176,660)(63,338,918 - 63,340,012)
sequence
gaattccttatgaaatctaagtggaggctagtgggaaggcaaatcattat
taatgcttgagagttaaaccactaaaataaaactacattcaagtgttcaa
gtatcgttaaatgtgacttacaccttccatagcaaacggtgtcagtgttc
atccgtgagatttactgatgcccacgccaccctcggtacttcactgcaat
gcaatctcacccttgcttagttactccacagcaccaagggagggccgagg
acaagcaggtgttctgaaagcttaagagggagcaatacccttccttgtct
ctcatctttatttatttatttatttattttactgatttatttttgagcaa
aagtaaacacaagataagctttcttttaaaaagaaaaaaaatctgtcaca
ttgtttactgtggggttagcacatccccaagagaaagcaataaacaatag
ttaagtgtcaaaaccattgctgtgccaatctccactacagagaccctcat
aacactactctgatatttgtggggctctatttcagaatgctgatgtggtg
cgtgcgtgcttgtgtgcatgcgtgcgcacagtgaacatgaagtgtttttc
atttaggaaagaagactgtatgacaggctacttattctccactgcctagg
ttgaataatgtagttaaaacttcttaatttatgtctattttgaaatatat
tttacagctgagaaacccaagtgacttgtccataaactgtaattagtaac
tagaatgcaagcaggctgaacatgtgtctgcacacggcctggctcagtgt
cccagcttttgttcacactgctgccagtgtgaaccaggcacaggggagcc
agccagacctcagcctaagcacacctttggtgcttcaaggtaacaggtgt
cggtaaatgctatctaacagttggaggctgacgatatagcaccggctcaa
aatgttggaggagctgggtttgatccctagcaagcacagcctatcgcaga
atttgagactaccagaattagacacacatcaacaccatgccagaattctt
cttccactgtacgtggaacattaagaactagagctcacaccacactgact
gaaagaactgtcagaacagatcaactcaattttttgtactcttcaaaa
gaattctatgtattaccttttgcccagttacagagagatacacttatttg
aatcagcctataaattatcacatattgaatagcctaccttcacaatcaga
tatagcactaaaaccaagagaagcaattcaacttattcttcatttacaca
cacaagccaccagaaatgttctttgtttttgtcttacttgtttctagaca
taattcaggtttatgtggtaagccttttaaagcagagggtagctggcctc
acgagccccacagatctgcctctctcagatcttcctgggaaacagccaca
accaaatcaccatgactctttaagttgccgtttgtttatctggaaataga
taacagtacaggtgtacatggagctgtgatgagggttaagtgtatcctgt
gacttggccagcaatagtcttagcatgtggacgtttaagatattgttgct
ttgttgctttttattatgaatattaattaaagttctattatgagaaaata
taagcaatagtgagcaaataaatacaaagtagcagttctttggcaattca
caaggttatttaggaggctttgtagccttcaagactactgtagtgtacat
caattactattatacaagatgctatcaaaacctcagcataatgatctaat
tctctctctgttatgattttcctaattaatacctttaaaagaataacact
agatagcatcctggcctcttaccatttgaggatagaaaacaatgtgtttc
ttagagctttcttcatgttgaataaagaggcttgatatagtagagattat
tctgaccaaaacattgggtctggatgcttctggttccagttggcatattt
tctaattagtatagcagcatgtcaccaagatcactggaaagtcttaatca
tgtacatatttttccttagctctgaagaatgacttagaacgttttcttcc
agttgagtggttattttcatggtgctgccagggatgtgtttgagtgcttc
tctgtgcctgagatgatgacagagaaggaaattgcctcccagtaaatgaa
gctggcacccttccgagactataatatcagcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_63175513_63176660
seq2: B6Ng01-310B05.b_48_1195

seq1  GAATTCCTTATGAAATCTAAGTGGAGGCTAGTGGGAAGGCAAATCATTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTATGAAATCTAAGTGGAGGCTAGTGGGAAGGCAAATCATTAT  50

seq1  TAATGCTTGAGAGTTAAACCACTAAAATAAAACTACATTCAAGTGTTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTTGAGAGTTAAACCACTAAAATAAAACTACATTCAAGTGTTCAA  100

seq1  GTATCGTTAAATGTGACTTACACCTTCCATAGCAAACGGTGTCAGTGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCGTTAAATGTGACTTACACCTTCCATAGCAAACGGTGTCAGTGTTC  150

seq1  ATCCGTGAGATTTACTGATGCCCACGCCACCCTCGGTACTTCACTGCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGTGAGATTTACTGATGCCCACGCCACCCTCGGTACTTCACTGCAAT  200

seq1  GCAATCTCACCCTTGCTTAGTTACTCCACAGCACCAAGGGAGGGCCGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCTCACCCTTGCTTAGTTACTCCACAGCACCAAGGGAGGGCCGAGG  250

seq1  ACAAGCAGGTGTTCTGAAAGCTTAAGAGGGAGCAATACCCTTCCTTGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCAGGTGTTCTGAAAGCTTAAGAGGGAGCAATACCCTTCCTTGTCT  300

seq1  CTCATCTTTATTTATTTATTTATTTATTTTACTGATTTATTTTTGAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTTTATTTATTTATTTATTTATTTTACTGATTTATTTTTGAGCAA  350

seq1  AAGTAAACACAAGATAAGCTTTCTTTTAAAAAGAAAAAAAATCTGTCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAACACAAGATAAGCTTTCTTTTAAAAAGAAAAAAAATCTGTCACA  400

seq1  TTGTTTACTGTGGGGTTAGCACATCCCCAAGAGAAAGCAATAAACAATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTACTGTGGGGTTAGCACATCCCCAAGAGAAAGCAATAAACAATAG  450

seq1  TTAAGTGTCAAAACCATTGCTGTGCCAATCTCCACTACAGAGACCCTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGTCAAAACCATTGCTGTGCCAATCTCCACTACAGAGACCCTCAT  500

seq1  AACACTACTCTGATATTTGTGGGGCTCTATTTCAGAATGCTGATGTGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTACTCTGATATTTGTGGGGCTCTATTTCAGAATGCTGATGTGGTG  550

seq1  CGTGCGTGCTTGTGTGCATGCGTGCGCACAGTGAACATGAAGTGTTTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCGTGCTTGTGTGCATGCGTGCGCACAGTGAACATGAAGTGTTTTTC  600

seq1  ATTTAGGAAAGAAGACTGTATGACAGGCTACTTATTCTCCACTGCCTAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGAAAGAAGACTGTATGACAGGCTACTTATTCTCCACTGCCTAGG  650

seq1  TTGAATAATGTAGTTAAAACTTCTTAATTTATGTCTATTTTGAAATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATAATGTAGTTAAAACTTCTTAATTTATGTCTATTTTGAAATATAT  700

seq1  TTTACAGCTGAGAAACCCAAGTGACTTGTCCATAAACTGTAATTAGTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGCTGAGAAACCCAAGTGACTTGTCCATAAACTGTAATTAGTAAC  750

seq1  TAGAATGCAAGCAGGCTGAACATGTGTCTGCACACGGCCTGGCTCAGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGCAAGCAGGCTGAACATGTGTCTGCACACGGCCTGGCTCAGTGT  800

seq1  CCCAGCTTTTGTTCACACTGCTGCCAGTGTGAACCAGGCACAGGGGAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTTTTGTTCACACTGCTGCCAGTGTGAACCAGGCACAGGGGAGCC  850

seq1  AGCCAGACCTCAGCCTAAGCACACCTTTGGTGCTTCAAGGTAACAGGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGACCTCAGCCTAAGCACACCTTTGGTGCTTCAAGGTAACAGGTGT  900

seq1  CGGTAAATGCTATCTAACAGTTGGAGGCTGACGATATAGCACCGGCTCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTAAATGCTATCTAACAGTTGGAGGCTGACGATATAGCACCGGCTCAA  950

seq1  AATGTTGGAGGAGCTGGGTTTGATCCCTAGCAAGCACAGCCTATCGCAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGGAGGAGCTGGGTTTGATCCCTAGCAAGCACAGCCTATCGCAGA  1000

seq1  ATTTGAGACTACCAGAATTAGACACACAATCAACACCATGCCAG-ATTC-  1048
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| 
seq2  ATTTGAGACTACCAGAATTAGACACAC-ATCAACACCATGCCAGAATTCT  1049

seq1  TCTTCCACTGTACGTGGAACATTTAAGAACTAGAGCTCACA-CACACTGA  1097
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTTCCACTGTACGTGGAACA-TTAAGAACTAGAGCTCACACCACACTGA  1098

seq1  CTGACAG-ACTGTCAGAACCAGATCAACTCAATTTTTTGTAACTCTTCAA  1146
      |||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGAAAGAACTGTCAGAA-CAGATCAACTCAATTTTTTGT-ACTCTTCAA  1146

seq1  AA  1148
      ||
seq2  AA  1148

seq1: chr9_63338918_63340012
seq2: B6Ng01-310B05.g_68_1150 (reverse)

seq1  TAGCTGATTATTATAGGTCCTCGGAAGGGGTGCCCAGGCTTTCATTTAAC  50
      ||||||| ||||||||   ||||||| ||||| ||||   ||||||| ||
seq2  TAGCTGA-TATTATAG--TCTCGGAA-GGGTG-CCAG--CTTCATTT-AC  42

seq1  TGGGGAGGCAATTTTCCTTCTCCTGTCATCATCCTCAGGCACAGAGAAGC  100
      | ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  T-GGGAGGCAA-TTTCCTTCT-CTGTCATCAT-CTCAGGCACAGAGAAGC  88

seq1  ACCTCAAACACATCCCTGGCAGCACCATGAAAATAACCACTCAACTGGAA  150
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTCAAACACATCCCTGGCAGCACCATGAAAATAACCACTCAACTGGAA  137

seq1  GAAAACGTTCTAAGTCATTC-TCAGAGCTAAGGAAAAATATGTACATGAT  199
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACGTTCTAAGTCATTCTTCAGAGCTAAGGAAAAATATGTACATGAT  187

seq1  TAAGACTTTCCAGTGATCTTGGTGACATGCTGCTATACTAATTAGAAAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTTTCCAGTGATCTTGGTGACATGCTGCTATACTAATTAGAAAAT  237

seq1  ATGCCAACTGGAACCAGAAGCATCCAGACCCAATGTTTTGGTCAGAATAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAACTGGAACCAGAAGCATCCAGACCCAATGTTTTGGTCAGAATAA  287

seq1  TCTCTACTATATCAAGCCTCTTTATTCAACATGAAGAAAGCTCTAAGAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACTATATCAAGCCTCTTTATTCAACATGAAGAAAGCTCTAAGAAA  337

seq1  CACATTGTTTTCTATCCTCAAATGGTAAGAGGCCAGGATGCTATCTAGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGTTTTCTATCCTCAAATGGTAAGAGGCCAGGATGCTATCTAGTG  387

seq1  TTATTCTTTTAAAGGTATTAATTAGGAAAATCATAACAGAGAGAGAATTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTTTTAAAGGTATTAATTAGGAAAATCATAACAGAGAGAGAATTA  437

seq1  GATCATTATGCTGAGGTTTTGATAGCATCTTGTATAATAGTAATTGATGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATTATGCTGAGGTTTTGATAGCATCTTGTATAATAGTAATTGATGT  487

seq1  ACACTACAGTAGTCTTGAAGGCTACAAAGCCTCCTAAATAACCTTGTGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACAGTAGTCTTGAAGGCTACAAAGCCTCCTAAATAACCTTGTGAA  537

seq1  TTGCCAAAGAACTGCTACTTTGTATTTATTTGCTCACTATTGCTTATATT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAAAGAACTGCTACTTTGTATTTATTTGCTCACTATTGCTTATATT  587

seq1  TTCTCATAATAGAACTTTAATTAATATTCATAATAAAAAGCAACAAAGCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATAATAGAACTTTAATTAATATTCATAATAAAAAGCAACAAAGCA  637

seq1  ACAATATCTTAAACGTCCACATGCTAAGACTATTGCTGGCCAAGTCACAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATCTTAAACGTCCACATGCTAAGACTATTGCTGGCCAAGTCACAG  687

seq1  GATACACTTAACCCTCATCACAGCTCCATGTACACCTGTACTGTTATCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACTTAACCCTCATCACAGCTCCATGTACACCTGTACTGTTATCTA  737

seq1  TTTCCAGATAAACAAACGGCAACTTAAAGAGTCATGGTGATTTGGTTGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGATAAACAAACGGCAACTTAAAGAGTCATGGTGATTTGGTTGTG  787

seq1  GCTGTTTCCCAGGAAGATCTGAGAGAGGCAGATCTGTGGGGCTCGTGAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTCCCAGGAAGATCTGAGAGAGGCAGATCTGTGGGGCTCGTGAGG  837

seq1  CCAGCTACCCTCTGCTTTAAAAGGCTTACCACATAAACCTGAATTATGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTACCCTCTGCTTTAAAAGGCTTACCACATAAACCTGAATTATGTC  887

seq1  TAGAAACAAGTAAGACAAAAACAAAGAACATTTCTGGTGGCTTGTGTGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACAAGTAAGACAAAAACAAAGAACATTTCTGGTGGCTTGTGTGTG  937

seq1  TAAATGAAGAATAAGTTGAATTGCTTCTCTTGGTTTTAGTGCTATATCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAAGAATAAGTTGAATTGCTTCTCTTGGTTTTAGTGCTATATCTG  987

seq1  ATTGTGAAGGTAGGCTATTCAATATGTGATAATTTATAGGCTGATTCAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGAAGGTAGGCTATTCAATATGTGATAATTTATAGGCTGATTCAAA  1037

seq1  TAAGTGTATCTCTCTGTAACTGGGCAAAAGGTAATACATAGAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTATCTCTCTGTAACTGGGCAAAAGGTAATACATAGAATTC  1083