BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333H16
Chromosome9 (Build37)
Map Location 9,666,749 - 9,800,834
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntn5
Upstream geneTrpc6, Pgr, 9030420J04Rik
Downstream geneLOC665154, LOC100039970, LOC665178
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333H16.bB6Ng01-333H16.g
ACCGA119270GA119271
length1,0661,122
definitionB6Ng01-333H16.b B6Ng01-333H16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,666,749 - 9,667,820)(9,799,704 - 9,800,834)
sequence
gaattctgccatccttcaatatcaaaaagatttaggacccccagcatcag
tgacgtctcctaaagcgagcctgctctgtcgaacttacctgaatatgaag
gaaccctgatttgggagctagctgttccatctcctccctcactgtacgct
cgaacttcaataatgtagactccagcctcaggtagaggcactacagcttg
aggtttctgtgtctcaataacttgaccttcgctgtgaccctcttgcctat
aaaaaacctgtgagcaataacagaggcgtgaattatttgttattcagttg
cgcattgtaaatatttcttcactgactactatacattacactccgagtta
ggtaccacactccactgctttgacacatgagcaaatgtgctgcaggtata
acatactgagccagaagtatacgtaagggcacaggtaatgcagaaagaga
gtattacctgtgtatattcaagggaagaagttgaagtgcctaagctcagt
gtttgaagataaattgaaagcagacatggtggttcacatcagtaatccta
gtatttgagtgagcatggcagaaagattgtccttagttcaaggccatcct
gatctacagcaactcagtaaaataacaataactaaaatatctacaaatac
atacagaatttaccagatgaagatttccagatataagagatgattgaaaa
taaggaaaaaaataccctcttaaataagaagccatggcattcatgaaatg
gataggacacatgagaaacaggagaactagattagagaagtaggtagtta
gaagtcatgaataaaagccgaagccttctcattaaacctagcacaggagc
tgatgctctccctgctcatggcggtccctctaaaatcagtggcacaatta
gcagtgtaattgagggcgacatgtactggaagacacatgagcttggagac
acagcaaggcacaggatgacatggaagctccccaaatggaaagtataaga
gacagttgctaaacatttaaaataaaatgctcaatgtagaaatgaacata
gagtcagatttactct

gaattccaaattagggaaaaaaaaagtatctaaaatcggaattcctccct
ttagctaaagaagcatttgaatatgtaaggtcctagtaagagataaatga
ttcctctaaggttaagatatcttccaaaggcaacagaatgttatagaatt
ttttaaaatgtccttttctctaggcaagagattagcattctttattctgt
aaactagcctcctcaagtttcaaatacaaacatggcatccctttcacagg
aaatttttaggtcaaatatgcacaagtgtataataatcagtatcacccca
aattattcattatataaaagtcagcagtgtcagttagcacagtccttcta
tgctgagcacattgatcgtgagtttgactctgaatcactgcatgtaccta
catgcaccagagaccattcgagtctggtgggaatgagacttggcacaact
aagactagtgcccacattggtgacaaggacttgcttttcccagcagtagc
atatcctgggaaagtgcagaatgatgcaggactgcattctctcagtgata
tccaaggtacatgggacaagacgtgaacatacaacacagtgctggcctgg
tgaaactacccaatgggcagatacaaaagtccatctctaggctgcttcag
tatctcaagaaccacagtgacacaggtagatgtagccccaatctattaaa
cttccatagtgaccaatattaactgtggcttgttcagctggctgtggaac
aggagcctacttcatgagttaactgttgtcagcagtgagtcttgatttca
cagcagtgctatcttgccatggcagaatgtggactcagaagtatggcact
ttctgtggcactaacagccatgattgtgctgaaggagtctgttttttgtc
tttccctatggaatctacacccgagatgctggcagaagtgcactggggct
tgaggtcagacctacactatggttgactcatctgtttttacctactccag
agaggactttgggagaaatgaaaattctttctaggatctctcagctcata
tgggcacactttcatggagtataggaaactggcttacatggccgtaggtg
tagaaagtatcgcaagtataag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr9_9666749_9667820
seq2: B6Ng01-333H16.b_46_1111

seq1  GAATTCTGCCATCCTTCAATATCAAAAAGATTTAGGACCCCCAGCATCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCATCCTTCAATATCAAAAAGATTTAGGACCCCCAGCATCAG  50

seq1  TGACGTCTCCTAAAGCGAGCCTGCTCTGTCGAACTTACCTGAATATGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGTCTCCTAAAGCGAGCCTGCTCTGTCGAACTTACCTGAATATGAAG  100

seq1  GAACCCTGATTTGGGAGCTAGCTGTTCCATCTCCTCCCTCACTGTACGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCTGATTTGGGAGCTAGCTGTTCCATCTCCTCCCTCACTGTACGCT  150

seq1  CGAACTTCAATAATGTAGACTCCAGCCTCAGGTAGAGGCACTACAGCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACTTCAATAATGTAGACTCCAGCCTCAGGTAGAGGCACTACAGCTTG  200

seq1  AGGTTTCTGTGTCTCAATAACTTGACCTTCGCTGTGACCCTCTTGCCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCTGTGTCTCAATAACTTGACCTTCGCTGTGACCCTCTTGCCTAT  250

seq1  AAAAAACCTGTGAGCAATAACAGAGGCGTGAATTATTTGTTATTCAGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACCTGTGAGCAATAACAGAGGCGTGAATTATTTGTTATTCAGTTG  300

seq1  CGCATTGTAAATATTTCTTCACTGACTACTATACATTACACTCCGAGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATTGTAAATATTTCTTCACTGACTACTATACATTACACTCCGAGTTA  350

seq1  GGTACCACACTCCACTGCTTTGACACATGAGCAAATGTGCTGCAGGTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCACACTCCACTGCTTTGACACATGAGCAAATGTGCTGCAGGTATA  400

seq1  ACATACTGAGCCAGAAGTATACGTAAGGGCACAGGTAATGCAGAAAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTGAGCCAGAAGTATACGTAAGGGCACAGGTAATGCAGAAAGAGA  450

seq1  GTATTACCTGTGTATATTCAAGGGAAGAAGTTGAAGTGCCTAAGCTCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTACCTGTGTATATTCAAGGGAAGAAGTTGAAGTGCCTAAGCTCAGT  500

seq1  GTTTGAAGATAAATTGAAAGCAGACATGGTGGTTCACATCAGTAATCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAGATAAATTGAAAGCAGACATGGTGGTTCACATCAGTAATCCTA  550

seq1  GTATTTGAGTGAGCATGGCAGAAAGATTGTCCTTAGTTCAAGGCCATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGAGTGAGCATGGCAGAAAGATTGTCCTTAGTTCAAGGCCATCCT  600

seq1  GATCTACAGCAACTCAGTAAAATAACAATAACTAAAATATCTACAAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACAGCAACTCAGTAAAATAACAATAACTAAAATATCTACAAATAC  650

seq1  ATACAGAATTTACCAGATGAAGATTTCCAGATATAAGAGATGATTGAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAATTTACCAGATGAAGATTTCCAGATATAAGAGATGATTGAAAA  700

seq1  TAAGGAAAAAAATACCCTCTTAAATAAGAAGCCATGGCATTCATGAAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAAAAAAATACCCTCTTAAATAAGAAGCCATGGCATTCATGAAATG  750

seq1  GATAGGACACATGAGAAACAGGAGAACTAGATTAGAGAAGTAGGTAGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGACACATGAGAAACAGGAGAACTAGATTAGAGAAGTAGGTAGTTA  800

seq1  GAAGTCATGAATAAAAGCCGAAGCCTTCTCATTAAACCTAGCACAGGAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCATGAATAAAAGCCGAAGCCTTCTCATTAAACCTAGCACAGGAGC  850

seq1  TGATGCTCTCCCTGCTCATGGCGGTCCCTCTAAAATCAGTGGCACAATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTCTCCCTGCTCATGGCGGTCCCTCTAAAATCAGTGGCACAATTA  900

seq1  GCAGTGTAATTGAGGGCGACATGTACTGGAAGACAACATGAGCTTGGAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCAGTGTAATTGAGGGCGACATGTACTGGAAGAC-ACATGAGCTTGGAGA  949

seq1  CACAGCAAGGCACAGGATGACATGGAAGCTCCCCAAATGGAAAGTATAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CACAGCAAGGCACAGGATGACATGGAAGCTCCCCAAATGGAAAGTATAA-  998

seq1  GAGACAGTTGCTAAACATTTAAAATAAAATGCTCAATGTAGGAAATGACC  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  GAGACAGTTGCTAAACATTTAAAATAAAATGCTCAATGTA-GAAATGAAC  1047

seq1  ATAAGAGTCAAGATTTTACTCT  1072
      || |||||| ||| ||||||||
seq2  AT-AGAGTC-AGA-TTTACTCT  1066


seq1: chr9_9799704_9800834
seq2: B6Ng01-333H16.g_64_1185 (reverse)

seq1  CTTATACCTGCGATTACTTTTTCTACACTAGAGGGCCATGTAAGCCCAGG  50
      ||||||| ||||| |||  |||||||||   | ||||||||||| |||| 
seq2  CTTATACTTGCGA-TAC--TTTCTACAC-CTACGGCCATGTAAG-CCAG-  44

seq1  TTTTCCTATACTCATTGAAGGTGTTGCCCATTATGAGCTGGAGAAGATCC  100
       ||||||||||||  |||| ||| |||||| |||||||| ||| ||||||
seq2  -TTTCCTATACTCCATGAAAGTG-TGCCCA-TATGAGCT-GAG-AGATCC  89

seq1  TAGAAAGGATTTTTCATTTCTCCCAAAGTCCTCTCTGGGAGTAGGGTAAA  150
      |||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  TAGAAA-GAATTTTCATTTCTCCCAAAGTCCTCTCT-GGAGTA-GGTAAA  136

seq1  AACAGATGAGTCAACCATAGTTGTAGGTCTGACCTCAAG-CCCAGTGCAC  199
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AACAGATGAGTCAACCATAG-TGTAGGTCTGACCTCAAGCCCCAGTGCAC  185

seq1  TTCTGCCAGC-TCT-GGGTG--GAGTCACTATGGAAAGACAAAAAACAGA  245
      |||||||||| ||| |||||  || ||  || ||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCAGCATCTCGGGTGTAGATTCCATAGGGAAAGACAAAAAACAGA  235

seq1  CTCCTTCAGCACAATCATGGCTGTTAGTGCCACAGAAAGTGCCATAC-TC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCCTTCAGCACAATCATGGCTGTTAGTGCCACAGAAAGTGCCATACTTC  285

seq1  TGAGTCCACATTCTGCCATGGCAAGATAGCACTGCTGTGAAATCAAGACT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCACATTCTGCCATGGCAAGATAGCACTGCTGTGAAATCAAGACT  335

seq1  CACTGCTGACAACAGTTAACTCATGAAGTAGGCTCCTGTTCCACAGCCAG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTGACAACAGTTAACTCATGAAGTAGGCTCCTGTTCCACAGCCAG  385

seq1  CTGAACAAGCCACAGTTAATATTGGTCACTATGGAAGTTTAATAGATTGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAAGCCACAGTTAATATTGGTCACTATGGAAGTTTAATAGATTGG  435

seq1  GGCTACATCTACCTGTGTCACTGTGGTTCTTGAGATACTGAAGCAGCCTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACATCTACCTGTGTCACTGTGGTTCTTGAGATACTGAAGCAGCCTA  485

seq1  GAGATGGACTTTTGTATCTGCCCATTGGGTAGTTTCACCAGGCCAGCACT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGACTTTTGTATCTGCCCATTGGGTAGTTTCACCAGGCCAGCACT  535

seq1  GTGTTGTATGTTCACGTCTTGTCCCATGTACCTTGGATATCACTGAGAGA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGTATGTTCACGTCTTGTCCCATGTACCTTGGATATCACTGAGAGA  585

seq1  ATGCAGTCCTGCATCATTCTGCACTTTCCCAGGATATGCTACTGCTGGGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTCCTGCATCATTCTGCACTTTCCCAGGATATGCTACTGCTGGGA  635

seq1  AAAGCAAGTCCTTGTCACCAATGTGGGCACTAGTCTTAGTTGTGCCAAGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAGTCCTTGTCACCAATGTGGGCACTAGTCTTAGTTGTGCCAAGT  685

seq1  CTCATTCCCACCAGACTCGAATGGTCTCTGGTGCATGTAGGTACATGCAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTCCCACCAGACTCGAATGGTCTCTGGTGCATGTAGGTACATGCAG  735

seq1  TGATTCAGAGTCAAACTCACGATCAATGTGCTCAGCATAGAAGGACTGTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCAGAGTCAAACTCACGATCAATGTGCTCAGCATAGAAGGACTGTG  785

seq1  CTAACTGACACTGCTGACTTTTATATAATGAATAATTTGGGGTGATACTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGACACTGCTGACTTTTATATAATGAATAATTTGGGGTGATACTG  835

seq1  ATTATTATACACTTGTGCATATTTGACCTAAAAATTTCCTGTGAAAGGGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTATACACTTGTGCATATTTGACCTAAAAATTTCCTGTGAAAGGGA  885

seq1  TGCCATGTTTGTATTTGAAACTTGAGGAGGCTAGTTTACAGAATAAAGAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGTTTGTATTTGAAACTTGAGGAGGCTAGTTTACAGAATAAAGAA  935

seq1  TGCTAATCTCTTGCCTAGAGAAAAGGACATTTTAAAAAATTCTATAACAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAATCTCTTGCCTAGAGAAAAGGACATTTTAAAAAATTCTATAACAT  985

seq1  TCTGTTGCCTTTGGAAGATATCTTAACCTTAGAGGAATCATTTATCTCTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTGCCTTTGGAAGATATCTTAACCTTAGAGGAATCATTTATCTCTT  1035

seq1  ACTAGGACCTTACATATTCAAATGCTTCTTTAGCTAAAGGGAGGAATTCC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGACCTTACATATTCAAATGCTTCTTTAGCTAAAGGGAGGAATTCC  1085

seq1  GATTTTAGATACTTTTTTTTTCCCTAATTTGGAATTC  1131
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAGATACTTTTTTTTTCCCTAATTTGGAATTC  1122


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |