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Target CDS Information

Gene Symbol (Gene ID) A830018L16Rik (ENSMUSG00000057715)
Cross Reference
CCDS CCDS48220.1
Clone_based_vega_transcript AC103635.1-003
EMBL AK034391, AK081222, AK081622, ...show all
Fantom 9330002C10, 9330185L09, C030011I11, ...show all
GO GO:0003674, GO:0005575, GO:0008150
goslim_goa GO:0003674, GO:0005575, GO:0008150
MGI_trans_name A830018L16Rik-003
OTTP OTTMUSP00000046230
OTTT OTTMUST00000085551
protein_id BAC28694.1, BAC38170.1, BAC38273.1, ...show all
RefSeq_mRNA NM_001160370.2
RefSeq_peptide NP_001153842
UCSC uc007ahw.2
UniParc UPI00001EDC9A
Uniprot/SWISSPROT Q8BZJ8
Vega_transcript AC103635.1-003, OTTMUST00000085551
Vega_translation 178715, OTTMUSP00000046230
Definition protein_id:ENSMUSP00000119143
translation:
MASRQQTRIQAYLEKNKIGPLFEELMTKLITETPDQPIPFLIDHLQSKQGNQGQLQRALS
GSAALWAESESSEPKGTRRDFRSYDKPWQMNAKKPKKSKSDLAVSNISPPSPDSKSLPRS
VDHLKWNWRTKPQSRDFDELNHILQESKKLGKALENLSRSIAISDELDKETLAFNSSLLR
PRVIGEWIGRAENDADPLAAEMLQPPVPRSKNDSWESEDSSSSPAGSLKMEPKTKGLKQQ
QQQHKKLLAAMLSQDSFESIHSPTPSVIEEDIDNEDDAMELLGNFKN

Chromosome 1
Length
Position(start - end)
181764
11414569 - 11596334
Orient to Chromosome plus
Link Location : (1:11414569-11596334)
/

Detail Map


 

Report

Polymorphisms Report

Target Strain  MSMv4  JF1v3  KJRv1  SWNv1  CHDv1  NJLv1  BLG2v1  HMIv1  BFMv1  PGN2v1
Gene Symbol (Gene ID) A830018L16Rik (ENSMUSG00000057715)
Transcript ID ENSMUST00000135014
Reports
substitution
cSNPs3
Insertion95
Deletion144
SNPs
-1kb
5'UTR
CDS
3'UTR
INTRON
+1kb
Insertions
-1kb
5'UTR
CDS
3'UTR
INTRON
+1kb
Deletions
-1kb
5'UTR
CDS
3'UTR
INTRON
+1kb
coding sequence substitutions
premature termination by the nucleotide substitution0
synonymous num3
non-synonymous num0
synonymous substitutions 11518591 (p.Thr77Thr), 11588451 (p.Ala195Ala), 11588532 (p.Ser222Ser),
non-synonymous substitutions
B6 transcript
(ENSMUST00000135014)
MASRQQTRIQAYLEKNKIGPLFEELMTKLITETPDQPIPFLIDHLQSKQGNQGQLQRALS
GSAALWAESESSEPKGTRRDFRSYDKPWQMNAKKPKKSKSDLAVSNISPPSPDSKSLPRS
VDHLKWNWRTKPQSRDFDELNHILQESKKLGKALENLSRSIAISDELDKETLAFNSSLLR
PRVIGEWIGRAENDADPLAAEMLQPPVPRSKNDSWESEDSSSSPAGSLKMEPKTKGLKQQ
QQQHKKLLAAMLSQDSFESIHSPTPSVIEEDIDNEDDAMELLGNFKN*
MSMv4 transcript
MASRQQTRIQAYLEKNKIGPLFEELMTKLITETPDQPIPFLIDHLQSKQGNQGQLQRALS
GSAALWAESESSEPKGTRRDFRSYDKPWQMNAKKPKKSKSDLAVSNISPPSPDSKSLPRS
VDHLKWNWRTKPQSRDFDELNHILQESKKLGKALENLSRSIAISDELDKETLAFNSSLLR
PRVIGEWIGRAENDADPLAAEMLQPPVPRSKNDSWESEDSSSSPAGSLKMEPKTKGLKQQ
QQQHKKLLAAMLSQDSFESIHSPTPSVIEEDIDNEDDAMELLGNFKN*
homology100.00 (288 / 288)

Exon Detail Report

Target Strain  MSMv4  JF1v3  KJRv1  SWNv1  CHDv1  NJLv1  BLG2v1  HMIv1  BFMv1  PGN2v1
Gene Symbol (Gene ID) A830018L16Rik (ENSMUSG00000057715)
Transcript ID ENSMUST00000135014
No. Exon / Intron Start End Start Phase End Phase Length Sequence
5' upstream sequence
..........TACAGGTCACAGAAACCTGAACACAGTGCAGAAAAAGAAGAAATCTACAC
TGTCGCAGTTGGTTTTAAAGAAACCCGTGCCTATTATTGTAGAGACAGCCAACAGTTTTA
GTATAAACGTTCTGATTTGGCAATACAAAATGGTTTAGAACCAGACAACTCATCTTTGGG
GTTTTAGTGCTTTATATCGTTTTTTGGTTTTTTAAATGCAAAGAACTCTACACGGAACCT
TGTGATAACTGCAGATCTTAACCTTGAAAAGTCGTCTCATAGTAAGAAGGTATGAGGTAA
AGTTGATGTGCTTCTGAAGTATCTGGAGGAATAACTGTTGGGTGGGAGCTCAGAGCCCCT
GAGCTGTAGCCAGAGGTGTAGCAGACAGAGCTGAAGGTGTAGGCAAACTTGGAAGCAGAG
AGAGCTGGCTTGCTTTTGTTTCATCTCCCTGCCAAATGCCTAAGGGTTGCTTCCAGCCTT
TGGGTGTCTGTACTTCGGGAATTTTCAATCAGTTCTCAGGCAGCAACGCCGGTTGTGGCT
GACTTGCTCAAGGCCAAGATAGATATATCTGTTCCTTTCTTTTTTCTTTTTAACATAAGC
AACTTTGTTTTCGCGGCAAAACCCACCCATAGTTCTCATCTCCGGCTTTTTCTCATCCCA
GGCTAGTGAAGGCAGAGCGCTGGGCCAGGAGAAGATCAAGCTGAGTGGTTTGGAACTGCG
GGTGTAGCTGCCAAGGAGTAGCCAACAAGCACCAGATTTATGTGCACTTTGAAAGAAGCA
CCTTTACCATTGGCTTTTTGAGCGGCTCTGTCGCTAGGGAGCGAGCACCGCCTCGGGGAG
CAGCTTGGGTGCTGGTTCCTGGCAGCCAGGAGCTGGGCGCACACCCTGGCGCGCTCTGGG
CGGTTCCGCGCGCTGTCGCCCCTGCGGCCCGCGCGGTCCCCCGCTCGGCTCGCGGAGGCG
CTGCACAGACACTCGCCTTCGGCCACCGGCTCCTGCTGCTGCTGCCGCCC
1 EXON 1 11414269 11414637 - 0 369
AGAGGACAGACCAGCCTCTGCCCGCGATTTCGCCTCGGCGGCGGCGCTGCGGAAAGCGGA
GAGCGGGTGGGCGCGAGCTGCAGGATGCGATGTAGTTCTCTCCTTGCCTCGGAGTTGTCT
GAGTTGGTAGAGCCTCGCCCGGGTTCCCTGAGCCCTGCTCCCTTCGGGCTCGCTGCTAAC
GGAGTTGCTAGCCATCGCTGTGCCAGAAAGCTCAGGCTCGGAGCTCCTGCCCTGGGGTAG
AGTAGAGCTGTCCCCAGCCGAGGCGCATTGTCTTCTCTCTGCTGACCCATCTGTTTTCTC
ATGGCATCTCGTCAACAAACCCGAATCCAGGCTTACCTGGAGAAAAACAAGATCGGTCCT
CTGTTTGAG
INTRON 1 - 2 11414638 11511917 97280
GTAAGGAGCCCTGGTGGGGAATGGT..........AATGCTTGTCTTGTTCTGTCTTTAG
2 EXON 2 11511918 11512065 0 1 148
GAATTAATGACCAAGTTAATAACTGAGACACCTGACCAGCCAATTCCATTTCTCATTGAC
CATCTTCAATCTAAACAAGGAAACCAAGGACAACTGCAAAGAGCTTTGTCAGGGTCAGCA
GCTCTCTGGGCAGAAAGTGAATCATCAG
INTRON 2 - 3 11512066 11518577 6512
GTAATTGGGTGGAGGAAACCAAACT..........ATCTGTTTATATTTTGTTTTAACAG
3 EXON 3 11518578 11518709 1 1 132
AACCCAAAGGAACAAGAAGGGATTTTAGAAGCTATGATAAACCTTGGCAGATGAATGCAA
AGAAGCCTAAAAAATCAAAAAGTGATCTGGCTGTATCTAATATTTCTCCTCCATCACCAG
ACTCCAAATCAT
INTRON 3 - 4 11518710 11545153 26444
GTAAGTTTGTTACTTAAATGTTATT..........AAATAACCGTTTCTTTTAAACATAG
4 EXON 4 11545154 11545282 1 1 129
TGCCAAGGTCAGTAGACCATCTTAAGTGGAACTGGCGGACTAAACCACAAAGCCGTGATT
TTGATGAATTGAACCACATCCTTCAAGAGAGCAAGAAGCTGGGGAAAGCCCTTGAGAATC
TCTCTCGAA
INTRON 4 - 5 11545283 11562962 17680
GTAAGTTCGTTTTCTTGACAATAAT..........CTTGTAAATCTCTTTTGAATCCCAG
5 EXON 5 11562963 11562991 1 0 29
GTATCGCGATTTCAGATGAACTTGATAAG
INTRON 5 - 6 11562992 11588373 25382
GTAAGCTGTGCTCTGTATCTAAAGA..........GCTTTTTCTCTCTTTGCACCTGCAG
6 EXON 6 11588374 11588546 0 2 173
GAAACATTGGCTTTCAATTCCTCTCTTCTGAGACCTCGTGTGATTGGGGAGTGGATCGGC
AGGGCAGAAAATGATGCCGATCCCCTTGCAGCTGAAATGCTGCAGCCGCCGGTTCCGCGG
AGTAAGAATGACTCATGGGAAAGTGAAGACAGCAGCTCTAGTCCAGCAGGAAG
INTRON 6 - 7 11588547 11596150 7604
GTGAGGATCTCCTTCGTGAATCCGT..........AACTAACCTATCAATATTTCTTCAG
7 EXON 7 11596151 11601621 2 - 5471
CTTAAAGATGGAGCCCAAGACGAAAGGATTAAAACAGCAGCAGCAGCAGCACAAGAAACT
CCTGGCTGCAATGCTTTCCCAGGACTCCTTCGAGTCCATCCATAGCCCCACACCATCTGT
AATAGAAGAAGACATTGATAATGAAGACGATGCAATGGAGTTGCTGGGTAATTTTAAAAA
TTAATAACTTCTCTTTTTCGTCTTTTCTGGCATTGTAAAATGTGCAATAATTGGGGGATT
TTAAACCTTTAAAATAGTCTTGTCTAGGGCAAAGGGATCTCTTTAACATACACTTTCTTT
CCATTAGAACTTTATGAAGTTGCATGTAAGAACTAACCTATGGAAGCATGTGAAACATTC
CCTAGACTGTACTATGTGCTTTGCATATGCAGCGCTCTATCCTCTGGCATCAGTGAGCTT
TATTCTGTGTGCAATTGTGATAGGATGCAAACCTGTCTGTTTTATTTTCTTGACTACACC
TATTGTCTATAAAATACATCCTCTTCCTAAGAAAGTTTTGTGGCTATAAGGTTGCTTTAG
AAGAATATCATAGAGTTGAAAGATGTTGGCAGTAGATTAATGTTGAATGCCTTTCAATAA
TGATATGGAGTCTTACAGATATTTCAGTCTAGAGACTCATTACCTTCACTCAACTTCATT
AACATTGTAGATACAGTTTTTCTTTTAATAGTTTTTCATATTTTAATTTTTAGTGATTCA
AGTATGTGCTCCTGTTTCAGTAGAAATATTCTCATATAAATTATCTTTTTATAAATTATT
AATTGATACTCACTTTGGGAAATTTTTTTTTCAGAACAGATTTTCTCTGTGTAGTCCTAG
ATGTCCTGGAACTCACTCTGTTGACCAGGCTGACCTTGAGCTCAGAGATCCACCTGCCTC
TACTTCCTAAGTGTTGGGATTAAAGGTGTGGACCACCATGCCTGGCTGGAAAATCATTTT
TGTAAAAGGATATGAACTTTTCTTTGCAAGCAGTCCACAAGTAAAATGTTTTTTTTTTTT
AATTGAGTGGTACTAGCTATTCTATAGAGAATTAAAATAATTGGTATATGCTTTTATAGC
AACATTCTATTATATTTGAGCTGAAAAAAGAATAAATAATATATTTATATGTAAAATATC
AATGCATTGCAAAAGTACTTTATTTAAAATTCTAAAACAGATTTCTTGGAATTGAGTGTT
GATAGCAGTAAATTATGTTCTATATGAATGATAAGTCTCCATGCATATACCTGCAAAGGT
GTTACTCAGTAGATGATGGCAGGGTTCCAGATCTTTTCTAGTCGTCTAATAGCTTCCTAG
AGTCAAGATTTAAGGAGACCGAATTATCGCACTTTCGGTTAGATACTATTGGCACTTGTT
TTCTTTTAAGCAATTGAGTCTTATTCCTCTAACTTCTAATCGTAAAGTGACAGGGCTTCT
GGAAACTCTGGCACCTTTATCCATCCTTCATTCACTACCAAGGACTTTGATAAGGTCATA
AAATAAAATCATTTCTGTTACAGGCATTTTCCAGTCATGTTAAAAATATAAACTCATCAC
TTCCGCCATTTTCTTTACCTATGCTATTACAGTCAAATATAATGGTGACTCCTCGTGCAG
AAGAGGGGGCAGAGGTCACCACCGCATACTTGTTTCAAGAAGCTGGTTCCTCAGCTTAGT
CTTGCAGGACAAGGGGGTGTAAACCTGGGAGGTGGAGTGTGCCCAGACTTCTGGGGACTT
GTTCACGTACATATGGGGTCTTTGGTAACTGTGTCTGTCAATTGCTTCTCTGCTGGTCAG
GGATAGTGAAAGACATGATCGAGAGACTCTTAAGAGATTCATATGTCTACTTTATGCTGA
TTGTCCTGAAACCTCGCCTGCTCTGTTCAAAGTTTCTAGCTTTCTAAGCTAAATACCAGA
GGGTTGGATCTTGGCATCTACCTTGTGATAAGCCATTAGCGATTGGCTCTCATTAATCCT
TCTTCTCCTTTTAGATATTAAGCCTGCATTCTAACCAGGCTTAACAATAAAAAATTGTAG
AAGCTTTGGGCATTCTCTGTGTAGTCTCACATATCTTTGCCCAGGTGGCTGAAAGAGATG
CTGCTCTCTTAGTGATGAGCATTTCTTGTAATGGCATGCAATGCTCAAGCACACAGCAGT
AGCATTAAATAACTCCACATGCATTTTCCCTGGTTTTGAAAATGATTTCAGAGAAACATG
AGATTGCATTTAGCTGAAGAAAACACAAATGCTAACTACTTGACAGTTTATGCGAAATCA
AAATTTAGTACATAGAATCAGTGTTGTGATGTAACAGACATTGTTTAAAATATTATTTGG
GAATCTATGACACGTTGCTGAATGAGCTTGCTGTAATGTGTTCTTAAGGGTTTAATTTTT
TATTATCTATGCCATAATAAAATCAGCTGAAAATGTGTCATGCATGGAAAAGTAATCTGT
AAATGTGAATTGATACGTAAAATATATGACTTTATTTAATATTTATATAAAAATGAATTG
CCCATCAATATAACTGGTTGACTTAAGCAGAAAATCTTTTAGTGTAGATAGTACATATAA
ATAAACTTAGTCCTTCTGTCTTTATTGAAATGCAGTGTTGTTAATACATGTTGATTATAT
ATTCACAGTTATTCAAATGTATGTCTGTGGATTTATTTCATAAACATCCTAGGCATGAGG
AAATATATTTAAGGATCCATTTCATATTAAAGTCTATGACTATTTTAAATTCTATTTATA
AATTCCCACTTATGAAATAATATCATCTAGCAAATAATGAACTATCTGTACGTGGAGATT
TAAAAACATACCAACATAAGCCTCTATGGGTTTTTTTTCCCTTACAGCACTGATCATTTA
GAACATCAGAATAGCAAAATAAACTGAAGATTCTTCATTATAAATGATTCTTTATAAAAA
TTTTGAGGACTTTAAGACATTCAACCACTGAGTATTTCAATATTATGTGTAAGATTGCTT
AAAACATTAATTCATTCAGTGTAGTATAAAAGCAAGTTAATCTAAATTAGTGCCCATTAT
AGATAAAATATCCAAATGGGGATTACTTTAACATATAGTAATTAAAACACTCAGAAGATT
AATTTTTAAGGCATTGAAAAGAGTTACCTCAATTCAAGTCATTTTTTTTCCACAATATAA
GATATTCTAACAAATCCCATTAATTATTCTTCAGCTACTACCAAAAGTTAACCAAACCTT
ACGGAGATGCACCAAATCAATCAATACAGCCGCAGACCTAAGACATCCTGACACTGTGTG
AGGTATCTGTCACTTCTCACAATATCTCCCCTGGGACGGAAGCTCAGTAGAAGGTCCCAT
CTTGTGTTAGCACCCATGCTCTGAGCTATGACTTCAGTTGGCTTCCATGTTGTCATCGCC
TTTATGAAATACGCATAGACACAATCACCCTGTAGTTCAAGGACTTGAATAAGGACTTGC
TGAACTCATAAGAACACTGATAGAAAGGATATAAGCAACACCTGAGAAGGCTCACTGATC
ATTGTTTACAGCCAGAGATCAAGAAGTGGAAGTTTCTGAGTCATCCACACTCACTAATTT
GTTTTGTGTTTGGAATTCTATGCATGGTTTGTTCTCTTTATTTGTTATTTTTATTTCTTT
CCAAAGATACCAGAATTTTTGCTAATAGTAATGAATACTCTGTGTGGAGTATTCATGATT
TTTAAAATAAGTATAATACAAGAAGATGTCACCAAAACCGTACATACCACTTGATATCAC
CTGTACAGCATGTGATAAATGCTTTGCTTTCCACATATAAATAAACAATTCCAACTCTAA
AGCACATTGATCCGGGAGAATAAAGTTAATAGTTTGCGAATAATTCCTAAACATGCAGAC
AAATCCTTTGTAGTGCTGATTGTACTTCAGGTGAAAATTTCTTCACTCAGGAGACAACTG
CTTCCAGGTATTTCTGTGTCGGTTTACTTAAACTATATTGGTTAGTTACACAAAAGTGTG
AAGTGATTGACACCTACCAACGGCAGCATTTAGTGTGGTTTTCATACATGCACTGTGACT
TTTCCCTGAGCATAGTGGGAACTGTGGGCCACTGTGATGCACTGTAGGTGACCTGGTCAA
AGACCTGTGCTCCAATTCTAAGATCCAAATCTCCCATGCTACCTCTTTCTAGTTTTTTTC
CCCACATTTTTGCTGTTAAGGGAATTGCTTTTTAATCTTTTGCTAATCTCTGAGCTTCAA
GCAATTAGTTCTAAATTGCTAGATGCACCATGTGCCCTCTCTACTGCACAGGCATGGTAT
GAGGTATTCTCAGAAAATGACACATTCCTCTTCCATCACAGCTGACAGGAATACTTGGGA
AAAAGGACACAAATTTATGTATAAAACTCTTCTCCCAACCAGTTATGTTCTCTCACCATG
GCTGTGTTATGCAATTGGAGGCATAAGAAAATAAGTGCTTTCTTTAACTATGGAGAAAAT
CCTTTCAACAGTAAGAAACAGTGTTTCTCAGAGCATCAAAAAATACTTGGGGCTGGAGAG
ATGGCTCAGAGGTTAAGAGCACTGACTGTTCTTTCGAAGATCCTGAGTTCAAATCCCAGC
AACCACATGGTGGTTTACAACCATCCGTAATGACATCTGTCACCCTCTACTGTTGTGTCT
GAAGATAGTGTACTTACATATAAATAATAAATAAATCTTTAAAAAAACAAAAAACCTTGG
AAAGCCAAGCTCTGAAACCCCAAGTGTAGCCACAGCCAAGCATGCAAACAGCTTGCTGCC
TGCCAGCTCACAGCACCTCATCTTTCACGTGACTCATGGAGATTTAAGCAGGGGCAGTGA
CTTCTGTGACTGGTTAAAAATGGGGAGGTGGAACACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAG
GCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAATGAGCTCCAGGA
CAGCCAGGGCTACAAAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAAAAACAAAAAACAAACAACA
ACAACAACAACAAAACAAAAAAAATGTGGAGGAGATTGCTAGACTGTACGATTTATAAGA
GAAGAAAGAAGTTATTTTGTATATATGCAGAGGTTCACACTAGCAGACACAGCTTGGGAA
AGAAGAGAAAGGGGTGTTGGGTCAAATTCAGTAAAGCTAAAACTGTAATTCATGTTTACG
TGTTTCTGCAAAGATCAATTACTAAACTTGTTATTGATATGATATAGCAGGATTATTTGT
TCAGCCTTGTACTTATTTTTATGTATTTTGAATATGAACTTTTGCTTTATATAAGACTAA
TTTAAAATTCACACTGAATCACAACTTTGTTATATTTTTCTTGGTTGATACAAATGAATT
GTAATTAATTTAGCAATTGTTTGCAGATTAATGTCAAAATCAATAGCATATTAAAGACAT
GTTGCAATTCC
3' upstream sequence
TCTGATTCCTTTACATCTTGTTTTATAGCTAAAACTGTGTTTAGATATTTCTATATCATG
ATATACTTAGTCACATGTTTAATTATTTTCAAAGAAACACTTAAGTGAAACAGAATGCTA
AGAAGAATGTTCACAAAACTTGACAACTATTTCCCCAAACTGTTGTTTTTGTAAAATAAA
ACTTTGTTTTAAAAAATTAACATTATGTTATATGTATGTTTTTGGGAATCCTTAACAACA
ATAAGTACATCCATTTATTGATGTAAAGATTTTAAGTGAAAGATTGCCAAGAAGTACAGT
GGAGAACTTAAGGTCGTTACAATGGAAATCAGTGAAGATTAATCTTTTCTATTATATTTT
TTAACTTATGTCCTTCCTGCTGAATGCCTTTGTCATGTTGGATAGATTTGTCCATGTTAA
AAAAATTCTCCTGAGATTTTATTTAAAATTTTAATTTCTTTTAAAGCTTGCTTTTCTAAG
CATCAGCGGAAGAGTTCATTTTATGGGTCATTTATGAGTCATTTTAATTATTGACATTCA
GTAAATATGTGTTTCAAAATATTAACATAAGTGGTATTAGTACAATAAAGCAAAAATCAC
AGTAAGCTTAGAAACTTGACTTTTCAAGAATGGCAAAGTGTGTGAAGTCAGGAATGAGAG
AGCCTTGATGCGCACTTCCCCGCTGTTGCAGATTGTAGGGCTAGGAACAGGGACACTCTG
CAGATTTGTTGCTAGAAAAATAAGATTAATAAAAATGTTCACTTTTTTGTAAGATTAAGT
AAAATAATTCATGCTAAAGTTCTCAACCATCAGGTAAGCTAGAAAACTAATACAATTCTT
AAGTGGATTCTTTTCTTCTTTCCTTTTAATGTGTGAAATTGAGTTCACATAAACAATAAA
GTGAGATACAGAAAAACTTAGGTTTGCCCCATATATTTAGAAAACATTTCTACAACCTCT
TCATCTTGGTCATTTAATTACCTTTTAAAGATGAATACTG..........

Sequence Detail Report

Gene Symbol (Gene ID) A830018L16Rik (ENSMUSG00000057715)
Transcript ID ENSMUST00000135014
SNP Information
Strain :
Sequence Retrieve :
Exon translate :
CDS Start ( 1 ) - End ( 288 )
-
Strand : forward reverse
Show sequence : nucleotide amino acid
Color information